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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  19 <html>
  20 <head>
  21 <title>Web Services</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Web services</strong></p>
  25
  26 <p>Jalview includes clients for a variety of web services for both
  27 bioinformatic data retrieval and analysis.
  28 <ul>
  29         <li>The <a href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>
  30         utilises web services for sequence, alignment and structure retrieval
  31         provided by the European Bioinformatics Institute (EBI) and Distributed
  32         Annotation System servers that are capable of serving sequences.</li>
  33         <li>The <a href="../features/dasfeatures.html">DAS Feature
  34         Fetcher</a> enables the retrieval and visualization of features from DAS
  35         annotation sources</li>
  36         <li>The <a href="dbreffetcher.html">Database Reference Fetcher</a>
  37         transfers database references from records available from DAS or the
  38         public sequence databases.</li>
  39         <li>The <strong>Web Services</strong> menu in each alignment
  40         window also provides access to the following:
  41         <ul>
  42                 <li>Jalview SOAP Web Services for sequence alignment and
  43                 secondary structure prediction based at the University of Dundee.</li>
  44                 <li>Services for submitting IDs and sequences to external
  45                 bioinformatics services such as <a href="#envision2">Envision2</a>.</li>
  46                 <li>Programs for multiple sequence alignment, made available <em>via</em>
  47                 <a href="JABAWS.html">Java Bioinformatic
  48                 Analysis Web Service (JABAWS)</a> servers.</li>
  49         </ul>
  50         The <a href="webServicesPrefs.html">Web Services Preference panel</a>
  51         controls the display and appearance of the submission and analysis
  52         services in the <strong>Web Services</strong> menu.</li>
  53
  54 </ul>
  55 </p>
  56 <p>Jalview's distributed computations are SOAP based services
  57 exposing protein sequence alignment and secondary structure prediction
  58 programs. These services actually run on the cluster based in the School
  59 of Life Sciences, University of Dundee, and are maintained by the Barton
  60 group.</p>
  61 <p><strong><a name="envision2">Envision2 Services</a></strong></p>
  62 <p>Since version 2.5, Jalview has included a client to enable the
  63 user to submit one or more sequences or sequence IDs to analysis
  64 workflows provided by the <a
  65         href="http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2">EnVision2 web
  66 application</a>. This allows Jalview users to easily access the EnCore
  67 network of databases and analysis services developed by ENFIN (<a
  68         href="http://www.enfin.org">www.enfin.org</a>).</p>
  69 <br />
  70 <p><strong>Web Service Dialog Box</strong></p>
  71 <img src="clwqueued.gif">
  72 <p>This dialog box is displayed when a web service job is submitted.
  73 It gives the name of the service and any method citation information,
  74 and monitors the progress of the calculation. The cancel button will
  75 permanently cancel the job, but this is only possible for some services.
  76 </p>
  77 <p>Current services:
  78 <ul>
  79         <a href="msaclient.html"><strong>Multiple Sequence
  80         Alignment Services</strong></a>
  81         <ul>
  82                 <li><a href="clustalw.html">ClustalW Multiple Alignment and
  83                 re-alignment</a><br>
  84                 The clustal W service remains one of the more popular Jalview
  85                 features.</li>
  86                 <li><a href="muscle.html">Muscle Multiple Alignment</a><br>
  87                 High Quality and High Throughput multiple alignments of proteins. This
  88                 method can sometimes be more accurate than ClustalW when dealing with
  89                 diverse sets of sequences.</li>
  90                 <li><a href="mafft.html">MAFFT</a><br>
  91                 Multiple Alignment with Fast Fourier Transforms - a highly accurate
  92                 and high throughput dna and amino acid alignment method, performing at
  93                 least as well as ClustalW and Muscle.</li>
  94                 <li>Other alignment methods are also available via <a
  95                         href="JABAWS.html">JABAWS</a>. For more information about a
  96                 particular service, see the documentation available via the <a
  97                         href="webServicesParams.html">web services parameter dialog box</a>.</li>
  98         </ul>
  99         </li>
 100         <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
 101         <ul>
 102                 <li><a href="jnet.html">JNet</a><br>
 103                 This is a front end to the <a
 104                         href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/">JNet www server</a>
 105                 allowing single sequence or profile based prediction.</li>
 106         </ul>
 107         </li>
 108 </ul>
 109 </p>
 110
 111 </body>
 112 </html>