help/html/webServices/index.html

   1
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <html>
  20 <head>
  21 <title>Web Services</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Web services</strong></p>
  25
  26 <p>Jalview includes clients for a variety of web services for both
  27 bioinformatic data retrieval and analysis.
  28 <ul>
  29         <li>The <a href="../features/seqfetcher.html">Sequence Fetcher</a>
  30         utilises web services for sequence, alignment and structure retrieval
  31         provided by the European Bioinformatics Institute (EBI) and Distributed
  32         Annotation System servers that are capable of serving sequences.</li>
  33         <li>The DAS Feature Fetcher enables the retrieval and
  34         visualization of features from DAS annotation sources</li>
  35         <li>Jalview SOAP Web Services for sequence and alignment analysis
  36         are provided by the University of Dundee, and are available from the
  37         Alignment window's <strong> Web Service</strong> menu.</li>
  38 </ul>
  39 </p>
  40 <p>Jalview's distributed computations are SOAP based services
  41 exposing protein sequence alignment and secondary structure prediction
  42 programs. These services actually run on the cluster based in the School
  43 of Life Sciences, University of Dundee, and are maintained by the Barton
  44 group.</p>
  45 <p><strong><a name="envision2">Envision2 Services</a></strong></p>
  46 <p>Jalview 2.5 includes a client to enable the user to
  47 submit one or more sequences or sequence IDs to analysis workflows provided
  48 by the <a href="http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2">EnVision2
  49 web application</a>. This allows Jalview users to easily access the EnCore network of
  50 databases and analysis services developed by members of <a href="http://www.enfin.org">ENFIN</a>.</p>
  51 <br/>
  52 <p><strong>Web Service Dialog Box</strong></p>
  53 <img src="clwqueued.gif">
  54 <p>This dialog box is displayed when a web service job is submitted.
  55 It gives the name of the service and any method citation information,
  56 and monitors the progress of the calculation. The cancel button will
  57 permanently cancel the job, but this is only possible for some services.
  58 </p>
  59 <p>Current services:
  60 <ul>
  61         <a href="msaclient.html"><strong>Multiple Sequence
  62         Alignment Services</strong></a>
  63         <ul>
  64                 <li><a href="clustalw.html">ClustalW Multiple Alignment and
  65                 re-alignment</a><br>
  66                 The clustal W service remains one of the more popular Jalview
  67                 features.</li>
  68                 <li><a href="muscle.html">Muscle Multiple Alignment</a><br>
  69                 High Quality and High Throughput multiple alignments of proteins. This
  70                 method can sometimes be more accurate than ClustalW when dealing with
  71                 diverse sets of sequences.</li>
  72                 <li><a href="mafft.html">MAFFT</a><br>
  73                 Multiple Alignment with Fast Fourier Transforms - a highly accurate
  74                 and high throughput dna and amino acid alignment method, performing at
  75                 least as well as ClustalW and Muscle.</li>
  76         </ul>
  77         </li>
  78         <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
  79         <ul>
  80                 <li><a href="jnet.html">JNet</a><br>
  81                 This is a front end to the existing <a
  82                         href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/">JNet www server</a>
  83                 allowing single sequence or profile based prediction.</li>
  84         </ul>
  85         </li>
  86 </ul>
  87 </p>
  88 <!--                   <p>Watch this space! These are some of the services
  89                   planned to be released soon:<ul>
  90                   <li>More alignment services: PROBCONS, T-COFFEE</li>
  91                   <li>Repeat analysis
  92                   </li>
  93                   <li>Remote Homology Detection<br>
  94                   </li>
  95                   </ul>
  96                   In the future, Jalview will also be able to new discover services
  97                   dynamically, and distribute expensive analysis functions like <a
  98                   href="../calculations/pca.html">PCA</a> to the Dundee machines.</p>-->
  99 </body>
 100 </html>