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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   6  * This file is part of Jalview.
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  18 -->
  19 <html>
  20 <head>
  21 <title>Web Services</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Web services</strong></p>
  25
  26 <p>Jalview includes clients for a variety of web services for both
  27 bioinformatic data retrieval and analysis.
  28 <ul>
  29         <li>The <a href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>
  30         utilises web services for sequence, alignment and structure retrieval
  31         provided by the European Bioinformatics Institute (EBI) and Distributed
  32         Annotation System servers that are capable of serving sequences.</li>
  33         <li>The <a href="../features/dasfeatures.html">DAS Feature
  34         Fetcher</a> enables the retrieval and visualization of features from DAS
  35         annotation sources</li>
  36         <li>The <a href="dbreffetcher.html">Database Reference Fetcher</a>
  37         transfers database references from records available from DAS or the
  38         public sequence databases.</li>
  39         <li>Jalview SOAP Web Services for sequence and alignment analysis
  40         are provided by the University of Dundee, and are available from the
  41         Alignment window's <strong> Web Service</strong> menu.</li>
  42 </ul>
  43 </p>
  44 <p>Jalview's distributed computations are SOAP based services
  45 exposing protein sequence alignment and secondary structure prediction
  46 programs. These services actually run on the cluster based in the School
  47 of Life Sciences, University of Dundee, and are maintained by the Barton
  48 group.</p>
  49 <p><strong><a name="envision2">Envision2 Services</a></strong></p>
  50 <p>Jalview 2.5 includes a client to enable the user to submit one or
  51 more sequences or sequence IDs to analysis workflows provided by the <a
  52         href="http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2">EnVision2 web
  53 application</a>. This allows Jalview users to easily access the EnCore
  54 network of databases and analysis services developed by members of <a
  55         href="http://www.enfin.org">ENFIN</a>.</p>
  56 <br />
  57 <p><strong>Web Service Dialog Box</strong></p>
  58 <img src="clwqueued.gif">
  59 <p>This dialog box is displayed when a web service job is submitted.
  60 It gives the name of the service and any method citation information,
  61 and monitors the progress of the calculation. The cancel button will
  62 permanently cancel the job, but this is only possible for some services.
  63 </p>
  64 <p>Current services:
  65 <ul>
  66         <a href="msaclient.html"><strong>Multiple Sequence
  67         Alignment Services</strong></a>
  68         <ul>
  69                 <li><a href="clustalw.html">ClustalW Multiple Alignment and
  70                 re-alignment</a><br>
  71                 The clustal W service remains one of the more popular Jalview
  72                 features.</li>
  73                 <li><a href="muscle.html">Muscle Multiple Alignment</a><br>
  74                 High Quality and High Throughput multiple alignments of proteins. This
  75                 method can sometimes be more accurate than ClustalW when dealing with
  76                 diverse sets of sequences.</li>
  77                 <li><a href="mafft.html">MAFFT</a><br>
  78                 Multiple Alignment with Fast Fourier Transforms - a highly accurate
  79                 and high throughput dna and amino acid alignment method, performing at
  80                 least as well as ClustalW and Muscle.</li>
  81         </ul>
  82         </li>
  83         <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
  84         <ul>
  85                 <li><a href="jnet.html">JNet</a><br>
  86                 This is a front end to the existing <a
  87                         href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/">JNet www server</a>
  88                 allowing single sequence or profile based prediction.</li>
  89         </ul>
  90         </li>
  91 </ul>
  92 </p>
  93 <!--                   <p>Watch this space! These are some of the services
  94                   planned to be released soon:<ul>
  95                   <li>More alignment services: PROBCONS, T-COFFEE</li>
  96                   <li>Repeat analysis
  97                   </li>
  98                   <li>Remote Homology Detection<br>
  99                   </li>
 100                   </ul>
 101                   In the future, Jalview will also be able to new discover services
 102                   dynamically, and distribute expensive analysis functions like <a
 103                   href="../calculations/pca.html">PCA</a> to the Dundee machines.</p>-->
 104 </body>
 105 </html>