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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  19 <html>
  20 <head>
  21 <title>Web Services</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Web services</strong></p>
  25
  26 <p>Jalview includes clients for a variety of web services for both
  27 bioinformatic data retrieval and analysis.
  28 <ul>
  29         <li>The <a href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>
  30         utilises web services for sequence, alignment and structure retrieval
  31         provided by the European Bioinformatics Institute (EBI) and Distributed
  32         Annotation System servers that are capable of serving sequences.</li>
  33         <li>The <a href="../features/dasfeatures.html">DAS Feature
  34         Fetcher</a> enables the retrieval and visualization of features from DAS
  35         annotation sources</li>
  36         <li>The <a href="dbreffetcher.html">Database Reference Fetcher</a>
  37         transfers database references from records available from DAS or the
  38         public sequence databases.</li>
  39         <li>The <strong>Web Services</strong> menu in each alignment
  40         window also provides access to the following:
  41         <ul>
  42                 <li>Jalview SOAP Web Services for sequence alignment and
  43                 secondary structure prediction based at the University of Dundee.</li>
  44                 <li>Services for submitting IDs and sequences to external
  45                 bioinformatics services such as <a href="#envision2">Envision2</a>.</li>
  46                 <li>Programs for multiple sequence alignment, made available <em>via</em>
  47                 <a href="JABAWS.html">Java Bioinformatic Analysis Web Service
  48                 (JABAWS)</a> servers.</li>
  49         </ul>
  50         The <a href="webServicesPrefs.html">Web Services Preference panel</a>
  51         controls the display and appearance of the submission and analysis
  52         services in the <strong>Web Services</strong> menu.</li>
  53         <li>If Jalview encounters problems accessing any services, it may
  54         display a <a href="webServicesPrefs.html#wswarnings">warning dialog
  55         box</a> (this can be turned off using the web services preferences tab).</li>
  56 </ul>
  57 </p>
  58 <p><strong>More about Jalview's Web Services</strong> <br>
  59 Jalview's distributed computations are SOAP based services exposing
  60 protein sequence alignment and secondary structure prediction programs.
  61 These services actually run on the cluster based in the School of Life
  62 Sciences, University of Dundee, and are maintained by the Barton group.</p>
  63 <p><strong><a name="envision2">Envision2 Services</a></strong></p>
  64 <p>Since version 2.5, Jalview has included a client to enable the
  65 user to submit one or more sequences or sequence IDs to analysis
  66 workflows provided by the <a
  67         href="http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2">EnVision2 web
  68 application</a>. This allows Jalview users to easily access the EnCore
  69 network of databases and analysis services developed by ENFIN (<a
  70         href="http://www.enfin.org">www.enfin.org</a>).</p>
  71 <br />
  72 <p><strong>Web Service Dialog Box</strong></p>
  73 <img src="clwqueued.gif">
  74 <p>This dialog box is displayed when a web service job is submitted.
  75 It gives the name of the service and any method citation information,
  76 and monitors the progress of the calculation. The cancel button will
  77 permanently cancel the job, but this is only possible for some services.
  78 </p>
  79 <p>Current services:
  80 <ul>
  81         <a href="msaclient.html"><strong>Multiple Sequence
  82         Alignment Services</strong></a>
  83         <ul>
  84                 <li><a href="clustalw.html">ClustalW Multiple Alignment and
  85                 re-alignment</a><br>
  86                 The clustal W service remains one of the more popular Jalview
  87                 features.</li>
  88                 <li><a href="muscle.html">Muscle Multiple Alignment</a><br>
  89                 High Quality and High Throughput multiple alignments of proteins. This
  90                 method can sometimes be more accurate than ClustalW when dealing with
  91                 diverse sets of sequences.</li>
  92                 <li><a href="mafft.html">MAFFT</a><br>
  93                 Multiple Alignment with Fast Fourier Transforms - a highly accurate
  94                 and high throughput dna and amino acid alignment method, performing at
  95                 least as well as ClustalW and Muscle.</li>
  96                 <li>Other alignment methods are also available via <a
  97                         href="JABAWS.html">JABAWS</a>. For more information about a
  98                 particular service, see the documentation available via the <a
  99                         href="webServicesParams.html">web services parameter dialog box</a>.</li>
 100         </ul>
 101         </li>
 102         <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
 103         <ul>
 104                 <li><a href="jnet.html">JNet</a><br>
 105                 This is a front end to the <a
 106                         href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/">JNet www server</a>
 107                 allowing single sequence or profile based prediction.</li>
 108         </ul>
 109         </li>
 110 </ul>
 111 </p>
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 113 </body>
 114 </html>