help/html/webServices/index.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <!--
  19  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  20  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  21  *
  22  * This file is part of Jalview.
  23  *
  24  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  25  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  26  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  27  *
  28  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  29  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  30  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  31  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  32  *
  33  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  34 -->
  35 <html>
  36 <head>
  37 <title>Web Services</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40 <p><strong>Web services</strong></p>
  41
  42 <p>Jalview includes clients for a variety of web services for both
  43 bioinformatic data retrieval and analysis.
  44 <ul>
  45         <li>The <a href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>
  46         utilises web services for sequence, alignment and structure retrieval
  47         provided by the European Bioinformatics Institute (EBI) and Distributed
  48         Annotation System servers that are capable of serving sequences.</li>
  49         <li>The <a href="../features/dasfeatures.html">DAS Feature
  50         Fetcher</a> enables the retrieval and visualization of features from DAS
  51         annotation sources</li>
  52         <li>The <a href="dbreffetcher.html">Database Reference Fetcher</a>
  53         transfers database references from records available from DAS or the
  54         public sequence databases.</li>
  55         <li>Jalview SOAP Web Services for sequence and alignment analysis
  56         are provided by the University of Dundee, and are available from the
  57         Alignment window's <strong> Web Service</strong> menu.</li>
  58 </ul>
  59 </p>
  60 <p>Jalview's distributed computations are SOAP based services
  61 exposing protein sequence alignment and secondary structure prediction
  62 programs. These services actually run on the cluster based in the School
  63 of Life Sciences, University of Dundee, and are maintained by the Barton
  64 group.</p>
  65 <p><strong><a name="envision2">Envision2 Services</a></strong></p>
  66 <p>Jalview 2.5 includes a client to enable the user to submit one or
  67 more sequences or sequence IDs to analysis workflows provided by the <a
  68         href="http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2">EnVision2 web
  69 application</a>. This allows Jalview users to easily access the EnCore
  70 network of databases and analysis services developed by members of <a
  71         href="http://www.enfin.org">ENFIN</a>.</p>
  72 <br />
  73 <p><strong>Web Service Dialog Box</strong></p>
  74 <img src="clwqueued.gif">
  75 <p>This dialog box is displayed when a web service job is submitted.
  76 It gives the name of the service and any method citation information,
  77 and monitors the progress of the calculation. The cancel button will
  78 permanently cancel the job, but this is only possible for some services.
  79 </p>
  80 <p>Current services:
  81 <ul>
  82         <a href="msaclient.html"><strong>Multiple Sequence
  83         Alignment Services</strong></a>
  84         <ul>
  85                 <li><a href="clustalw.html">ClustalW Multiple Alignment and
  86                 re-alignment</a><br>
  87                 The clustal W service remains one of the more popular Jalview
  88                 features.</li>
  89                 <li><a href="muscle.html">Muscle Multiple Alignment</a><br>
  90                 High Quality and High Throughput multiple alignments of proteins. This
  91                 method can sometimes be more accurate than ClustalW when dealing with
  92                 diverse sets of sequences.</li>
  93                 <li><a href="mafft.html">MAFFT</a><br>
  94                 Multiple Alignment with Fast Fourier Transforms - a highly accurate
  95                 and high throughput dna and amino acid alignment method, performing at
  96                 least as well as ClustalW and Muscle.</li>
  97         </ul>
  98         </li>
  99         <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
 100         <ul>
 101                 <li><a href="jnet.html">JNet</a><br>
 102                 This is a front end to the existing <a
 103                         href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/">JNet www server</a>
 104                 allowing single sequence or profile based prediction.</li>
 105         </ul>
 106         </li>
 107 </ul>
 108 </p>
 109 <!--                   <p>Watch this space! These are some of the services
 110                   planned to be released soon:<ul>
 111                   <li>More alignment services: PROBCONS, T-COFFEE</li>
 112                   <li>Repeat analysis
 113                   </li>
 114                   <li>Remote Homology Detection<br>
 115                   </li>
 116                   </ul>
 117                   In the future, Jalview will also be able to new discover services
 118                   dynamically, and distribute expensive analysis functions like <a
 119                   href="../calculations/pca.html">PCA</a> to the Dundee machines.</p>-->
 120 </body>
 121 </html>