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   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
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  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  -->
  21 <html>
  22 <head>
  23 <title>Web Services</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Web services</strong>
  28   </p>
  29
  30   <p>Jalview includes clients for a variety of web services for both
  31     bioinformatic data retrieval and analysis.
  32   <ul>
  33     <li>The <a href="../features/seqfetch.html">Sequence
  34         Fetcher</a> utilises web services for sequence, alignment and
  35       structure retrieval provided by the European Bioinformatics
  36       Institute (EBI) and Distributed Annotation System servers that are
  37       capable of serving sequences.
  38     </li>
  39     <li>The <a href="../features/dasfeatures.html">DAS Feature
  40         Fetcher</a> enables the retrieval and visualization of features from
  41       DAS annotation sources
  42     </li>
  43     <li>The <a href="dbreffetcher.html">Database Reference
  44         Fetcher</a> transfers database references from records available
  45       from DAS or the public sequence databases.
  46     </li>
  47     <li>The <strong>Web Services</strong> menu in each alignment
  48       window also provides access to the following:
  49       <ul>
  50         <li>Programs for <a href="msaclient.html">multiple
  51             sequence alignment</a>, made available <em>via</em> <a
  52           href="JABAWS.html"
  53         >Java Bioinformatic Analysis Web Service (JABAWS)</a> servers.
  54         </li>
  55         <li>Jalview SOAP Web Services for <a href="jnet.html">secondary
  56             structure prediction</a> based at the University of Dundee.
  57         </li>
  58         <li>Services for alignment analysis, such as <a
  59           href="shmr.html"
  60         >Multi-Harmony</a>.
  61       </ul>
  62       <p>
  63         <strong>Web Service Dialog Box</strong>
  64       </p> <img src="clwqueued.gif">
  65       <p>This dialog box is displayed when a web service job is
  66         submitted. It gives the name of the service and any method
  67         citation information, and monitors the progress of the
  68         calculation. The cancel button will permanently cancel the job,
  69         but this is only possible for some services.</p> The <a
  70       href="webServicesPrefs.html"
  71     >Web Services Preference panel</a> controls the display and appearance
  72       of the submission and analysis services in the <strong>Web
  73         Services</strong> menu.
  74     </li>
  75     <li>If Jalview encounters problems accessing any services, it
  76       may display a <a href="webServicesPrefs.html#wswarnings">warning
  77         dialog box</a> (this can be turned off using the web services
  78       preferences tab).
  79     </li>
  80   </ul>
  81   </p>
  82   <p>
  83     <strong>More about Jalview's Web Services</strong> <br>
  84     Jalview's distributed computations utilise <a
  85       href="http://en.wikipedia.org/wiki/SOAP"
  86     >SOAP</a> and <a
  87       href="http://en.wikipedia.org/wiki/Representational_State_Transfer"
  88     >REST</a> web services exposing sequence alignment, analysis, and
  89     secondary structure prediction programs. Originally, Jalview 2's
  90     services were maintained by the Barton group at the University of
  91     Dundee, and ran programs on the Life Sciences High-performace
  92     Computing Cluster. With the advent of <a
  93       href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/JABAWS"
  94     >JABAWS</a>, however, it is possible for anyone to host Jalview web
  95     services.
  96   </p>
  97 </body>
  98 </html>