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   1 <html>
   2 <!--
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>JNet Secondary Structure Prediction</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <strong>JNet Secondary Structure Prediction</strong>
  24 <p>Secondary structure prediction methods attempts to infer the
  25 likely secondary structure for a protein based on its amino acid
  26 composition and similarity to sequences with known secondary structure.
  27 The JNet method uses several different neural networks and decides on
  28 the most likely prediction via a jury network. <br>
  29 <ul>
  30         <li>Cole C., Barber J.D. and Barton G.J. (2008) The Jpred 3
  31         secondary structure prediction server <em>Nucleic Acids Research</em> <strong>36</strong>
  32         W197-W201</li>
  33         <li>Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced
  34         multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary
  35         structure prediction <em>Proteins</em> <strong>40</strong> 502-511</li>
  36 </ul>
  37 </p>
  38 The function available from the
  39 <strong>Web Service&#8594;Secondary Structure
  40 Prediction&#8594;JNet Secondary Structure Prediction</strong>
  41 menu does two different kinds of prediction, dependent upon the
  42 currently selected region:
  43 </p>
  44 <ul>
  45         <li>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to
  46         be aligned, then a JNet prediction will be run for the first sequence
  47         in the alignment, using the current alignment. Otherwise the first
  48         sequence will be submitted for prediction.</li>
  49         <li>If just one sequence (or a region on one sequence) has been
  50         selected, it will be submitted to the automatic JNet prediction server
  51         for homolog detection and prediction.</li>
  52         <li>If a set of sequences are selected, and they appear to be
  53         aligned, then the alignment will be used for a Jnet prediction on the <strong>first</strong>
  54         sequence selected in the set (that is, the one nearest the top of the
  55         alignment window).</li>
  56 </ul>
  57 <p><strong>Note</strong>: JNet secondary structure prediction is a
  58 'non-column-separable' service - predictions are based on the sequence
  59 profile of contiguous stretches of amino-acid sequence. A prediction
  60 will only be made on the visible parts of a sequence (see <a
  61         href="../features/hiddenRegions.html">hiding columns</a>) as if it were
  62 a contiguous polypeptide chain. Prediction accuracy at the hidden column
  63 boundaries may therefore be less than indicated by JNet's own
  64 reliability score (see below).</p>
  65 <p>The result of a JNet prediction for a sequence is a new annotated
  66 alignment window:</p>
  67 <img src="jnetprediction.gif">
  68 <p>The sequence for which the prediction was made is the first one
  69 in the alignment. If a sequence based prediction was made then the
  70 remaining sequences in the alignment are the aligned parts of homologs
  71 which were used to construct a sequence profile for the prediction. If
  72 the prediction was made using a multiple alignment, then the original
  73 multiple alignment will be returned, annotated with the prediction.</p>
  74 The annotation bars below the alignment are as follows:
  75 </p>
  76 <ul>
  77         <li>Lupas_21, Lupas_14, Lupas_28<br>
  78         <em>Coiled-coil predictions for the sequence. These are binary
  79         predictions for each location.</em></li>
  80         <li>JNETSOL25,JNETSOL5,JNETSOL0<br>
  81         <em>Solvent accessibility predictions - binary predictions of 25%,
  82         5% or 0% solvent accessibility.</em></li>
  83         <li>JNetPRED<br>
  84         <em>The consensus prediction - helices are marked as red tubes,
  85         and sheets as dark green arrows.</em></li>
  86         <li>JNetCONF<br>
  87         <em>The confidence estimate for the prediction. High values mean
  88         high confidence. prediction - helices are marked as red tubes, and
  89         sheets as dark green arrows.</em></li>
  90         <li>JNetALIGN<br>
  91         <em>Alignment based prediction - helices are marked as red tubes,
  92         and sheets as dark green arrows.</em></li>
  93         <li>JNetHMM<br>
  94         <em>HMM profile based prediction - helices are marked as red
  95         tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
  96         <li>jpred<br>
  97         <em>Jpred prediction - helices are marked as red tubes, and sheets
  98         as dark green arrows.</em></li>
  99         <li>JNETPSSM<br>
 100         <em>PSSM based prediction - helices are marked as red tubes, and
 101         sheets as dark green arrows.</em></li>
 102         <li>JNETFREQ<br>
 103         <em>Amino Acid frequency based prediction - helices are marked as
 104         red tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
 105         <li>JNETJURY<br>
 106         <em>A '*' in this annotation indicates that the JNETJURY was
 107         invoked to rationalise significantly different primary predictions.</em></li>
 108 </ul>
 109 </p>
 110 <em>As of Jalview 2.6, the Jnet service accessed accessed via the
 111 'Secondary structure prediction' submenu should be considered a legacy
 112 Jalview SOAP service, and will be replaced in the near future by a
 113 JABAWS Jnet service.</em>
 114
 115 </body>
 116 </html>