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   1 <html>
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>JNet Secondary Structure Prediction</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <strong>JNet Secondary Structure Prediction</strong>
  27   <p>
  28     Secondary structure prediction methods attempts to infer the likely
  29     secondary structure for a protein based on its amino acid
  30     composition and similarity to sequences with known secondary
  31     structure. The most recent version of the method, JPred4, employs a
  32     series of neural networks trained to predict different secondary
  33     structure types from a sequence profile, and when necessary, employs
  34     a jury network to identify the most likely secondary structure
  35     prediction.<br>
  36   <ul>
  37     <li>Drozdetskiy A, Cole C, Procter J & Barton GJ. (2015)<br />
  38       JPred4: a protein secondary structure prediction server<br /> <em>Nucleic
  39         Acids Research</em>, <strong>Web Server issue</strong> (first
  40       published 15th April 2015)<br /> <a
  41       href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv332"
  42     >http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv332</a>
  43     </li>
  44     <li>Cole C., Barber J.D. and Barton G.J. (2008) The Jpred 3
  45       secondary structure prediction server <em>Nucleic Acids
  46         Research</em> <strong>36</strong> W197-W201
  47     </li>
  48     <li>Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced
  49       multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary
  50       structure prediction <em>Proteins</em> <strong>40</strong> 502-511
  51     </li>
  52   </ul>
  53   </p>
  54   The function available from the
  55   <strong>Web Service&#8594;Secondary Structure
  56     Prediction&#8594;JNet Secondary Structure Prediction</strong> menu does two
  57   different kinds of prediction, dependent upon the currently selected
  58   region:
  59   </p>
  60   <ul>
  61     <li>If nothing is selected, and the displayed sequences appear
  62       to be aligned, then a JNet prediction will be run for the first
  63       sequence in the alignment, using the current alignment. Otherwise
  64       the first sequence will be submitted for prediction.</li>
  65     <li>If just one sequence (or a region on one sequence) has been
  66       selected, it will be submitted to the automatic JNet prediction
  67       server for homolog detection and prediction.</li>
  68     <li>If a set of sequences are selected, and they appear to be
  69       aligned, then the alignment will be used for a Jnet prediction on
  70       the <strong>first</strong> sequence selected in the set (that is,
  71       the one nearest the top of the alignment window).
  72     </li>
  73   </ul>
  74   <p>
  75     <strong>Note</strong>: JNet secondary structure prediction is a
  76     'non-column-separable' service - predictions are based on the
  77     sequence profile of contiguous stretches of amino-acid sequence. A
  78     prediction will only be made on the visible parts of a sequence (see
  79     <a href="../features/hiddenRegions.html">hiding columns</a>) as if
  80     it were a contiguous polypeptide chain. Prediction accuracy at the
  81     hidden column boundaries may therefore be less than indicated by
  82     JNet's own reliability score (see below).
  83   </p>
  84   <p>The result of a JNet prediction for a sequence is a new
  85     annotated alignment window:</p>
  86   <img src="jnetprediction.gif">
  87   <p>The sequence for which the prediction was made is the first one
  88     in the alignment. If a sequence based prediction was made then the
  89     remaining sequences in the alignment are the aligned parts of
  90     homologs which were used to construct a sequence profile for the
  91     prediction. If the prediction was made using a multiple alignment,
  92     then the original multiple alignment will be returned, annotated
  93     with the prediction.</p>
  94   The annotation bars below the alignment are as follows:
  95   </p>
  96   <ul>
  97     <li>Lupas_21, Lupas_14, Lupas_28<br> <em>Coiled-coil
  98         predictions for the sequence. These are binary predictions for
  99         each location.</em></li>
 100     <li>JNETSOL25,JNETSOL5,JNETSOL0<br> <em>Solvent
 101         accessibility predictions - binary predictions of 25%, 5% or 0%
 102         solvent accessibility.</em></li>
 103     <li>JNetPRED<br> <em>The consensus prediction -
 104         helices are marked as red tubes, and sheets as dark green
 105         arrows.</em></li>
 106     <li>JNetCONF<br> <em>The confidence estimate for the
 107         prediction. High values mean high confidence. prediction -
 108         helices are marked as red tubes, and sheets as dark green
 109         arrows.</em></li>
 110     <li>JNetALIGN<br> <em>Alignment based prediction -
 111         helices are marked as red tubes, and sheets as dark green
 112         arrows.</em></li>
 113     <li>JNetHMM<br> <em>HMM profile based prediction -
 114         helices are marked as red tubes, and sheets as dark green
 115         arrows.</em></li>
 116     <li>jpred<br> <em>Jpred prediction - helices are
 117         marked as red tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
 118     <li>JNETPSSM<br> <em>PSSM based prediction - helices
 119         are marked as red tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
 120     <li>JNETFREQ<br> <em>Amino Acid frequency based
 121         prediction - helices are marked as red tubes, and sheets as dark
 122         green arrows.</em></li>
 123     <li>JNETJURY<br> <em>A '*' in this annotation
 124         indicates that the JNETJURY was invoked to rationalise
 125         significantly different primary predictions.</em></li>
 126   </ul>
 127   </p>
 128   <em>JNet annotation created in Jalview 2.8.2 and later versions
 129     can be displayed on other alignments via the <a
 130     href="../features/annotation.html#seqannots"
 131   >Add reference annotation</a> Sequence ID popup menu option.
 132   </em>
 133   <em>As of Jalview 2.6, the Jnet service accessed accessed via the
 134     'Secondary structure prediction' submenu should be considered a
 135     legacy Jalview SOAP service, and will be replaced in the near future
 136     by a JPred4 Rest service.</em>
 137
 138 </body>
 139 </html>