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   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
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  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>JNet Secondary Structure Prediction</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40 <strong>JNet Secondary Structure Prediction</strong>
  41 <p>Secondary structure prediction methods attempts to infer the
  42 likely secondary structure for a protein based on its amino acid
  43 composition and similarity to sequences with known secondary structure.
  44 The JNet method uses several different neural networks and decides on
  45 the most likely prediction via a jury network. <br>
  46 <ul>
  47         <li>
  48         Cole C., Barber J.D. and Barton G.J. (2008) The Jpred 3 secondary structure prediction server
  49         <em>Nucleic Acids Research</em> <strong>36</strong> W197-W201</li>
  50         <li>
  51         Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced
  52         multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary
  53         structure prediction <em>Proteins</em> <strong>40</strong> 502-511</li>
  54 </ul>
  55 </p>
  56 The function available from the
  57 <strong>Web Service&#8594;Secondary Structure
  58 Prediction&#8594;JNet Secondary Structure Prediction</strong>
  59 menu does two different kinds of prediction, dependent upon the
  60 currently selected region:
  61 </p>
  62 <ul>
  63         <li>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to
  64         be aligned, then a JNet prediction will be run for the first sequence
  65         in the alignment, using the current alignment. Otherwise the first
  66         sequence will be submitted for prediction.</li>
  67         <li>If just one sequence (or a region on one sequence) has been
  68         selected, it will be submitted to the automatic JNet prediction server
  69         for homolog detection and prediction.</li>
  70         <li>If a set of sequences are selected, and they appear to be
  71         aligned, then the alignment will be used for a Jnet prediction on the <strong>first</strong>
  72         sequence selected in the set (that is, the one nearest the top of the
  73         alignment window).</li>
  74 </ul>
  75 <p><strong>Note</strong>: JNet secondary structure prediction is a
  76 'non-column-separable' service - predictions are based on the sequence
  77 profile of contiguous stretches of amino-acid sequence. A prediction
  78 will only be made on the visible parts of a sequence (see <a
  79         href="../features/hiddenRegions.html">hiding columns</a>) as if it were
  80 a contiguous polypeptide chain. Prediction accuracy at the hidden column
  81 boundaries may therefore be less than indicated by JNet's own
  82 reliability score (see below).</p>
  83 <p>The result of a JNet prediction for a sequence is a new annotated
  84 alignment window:</p>
  85 <img src="jnetprediction.gif">
  86 <p>The sequence for which the prediction was made is the first one
  87 in the alignment. If a sequence based prediction was made then the
  88 remaining sequences in the alignment are the aligned parts of homologs
  89 which were used to construct a sequence profile for the prediction. If
  90 the prediction was made using a multiple alignment, then the original
  91 multiple alignment will be returned, annotated with the prediction.</p>
  92 The annotation bars below the alignment are as follows:
  93 </p>
  94 <ul>
  95         <li>Lupas_21, Lupas_14, Lupas_28<br>
  96         <em>Coiled-coil predictions for the sequence. These are binary
  97         predictions for each location.</em></li>
  98         <li>JNETSOL25,JNETSOL5,JNETSOL0<br>
  99         <em>Solvent accessibility predictions - binary predictions of 25%,
 100         5% or 0% solvent accessibility.</em></li>
 101         <li>JNetPRED<br>
 102         <em>The consensus prediction - helices are marked as red tubes,
 103         and sheets as dark green arrows.</em></li>
 104         <li>JNetCONF<br>
 105         <em>The confidence estimate for the prediction. High values mean
 106         high confidence. prediction - helices are marked as red tubes, and
 107         sheets as dark green arrows.</em></li>
 108         <li>JNetALIGN<br>
 109         <em>Alignment based prediction - helices are marked as red tubes,
 110         and sheets as dark green arrows.</em></li>
 111         <li>JNetHMM<br>
 112         <em>HMM profile based prediction - helices are marked as red
 113         tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
 114         <li>jpred<br>
 115         <em>Jpred prediction - helices are marked as red tubes, and sheets
 116         as dark green arrows.</em></li>
 117         <li>JNETPSSM<br>
 118         <em>PSSM based prediction - helices are marked as red tubes, and
 119         sheets as dark green arrows.</em></li>
 120         <li>JNETFREQ<br>
 121         <em>Amino Acid frequency based prediction - helices are marked as
 122         red tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
 123         <li>JNETJURY<br>
 124         <em>A '*' in this annotation indicates that the JNETJURY was
 125         invoked to rationalise significantly different primary predictions.</em></li>
 126 </ul>
 127 </p>
 128 </body>
 129 </html>