help/html/webServices/mafft.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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  18 -->
  19 <head><title>MAFFT Multiple Sequence Alignments</title></head>
  20 <body>
  21 <p><strong>MAFFT Multiple Sequence Alignments</strong></p>
  22 <p> Katoh, K., K. Kuma, K., Toh, H., and Miyata, T. (2005) &quot;MAFFT version
  23   5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment.&quot; Nucleic Acids
  24   Research, 33 511-518</p>
  25 <p>MAFFT is a program for the multiple alignment of nucleic acid or protein
  26 sequences, and is available from the <strong>Web
  27 Service&#8594;Alignment&#8594;MAFFT Multiple Sequence
  28 Alignment</strong> entry in the web services menu.</p>
  29 <p>MAFFT utilizes algorithms for spectral correlation to identify
  30 homologous regions in a fast-fourier transform representation of each
  31 sequence. The Jalview web service runs MAFFT using the
  32 '--auto' option which picks optimal parameters
  33 for the set of sequences to be aligned.</p>
  34 </body>
  35 </html>