help/html/webServices/mafft.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><title>MAFFT Multiple Sequence Alignments</title></head>
  37 <body>
  38 <p><strong>MAFFT Multiple Sequence Alignments</strong></p>
  39 <p> Katoh, K., K. Kuma, K., Toh, H., and Miyata, T. (2005) &quot;MAFFT version
  40   5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment.&quot; Nucleic Acids
  41   Research, 33 511-518</p>
  42 <p>MAFFT is a program for the multiple alignment of nucleic acid or protein
  43 sequences, and is available from the <strong>Web
  44 Service&#8594;Alignment&#8594;MAFFT Multiple Sequence
  45 Alignment</strong> entry in the web services menu.</p>
  46 <p>MAFFT utilizes algorithms for spectral correlation to identify
  47 homologous regions in a fast-fourier transform representation of each
  48 sequence. The Jalview web service runs MAFFT using the
  49 '--auto' option which picks optimal parameters
  50 for the set of sequences to be aligned.</p>
  51 </body>
  52 </html>