help/html/webServices/msaclient.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Multiple Sequence Alignment Web Service</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <strong>Multiple Sequence Alignment Web Services</strong>
  24 <p>
  25 Multiple sequence alignment services are accessed from the <strong>Web
  26 Service&#8594;Alignment</strong> menu. When an entry from this menu is
  27 selected, either the currently selected residues, or the whole
  28 sequence set (if there is no selection or only one sequence is
  29 selected) will be submitted for multiple sequence alignment.
  30 </p>
  31 <p>There are two kinds of multiple sequence alignment operations
  32 available:<ul>
  33 <li><em>alignment</em> - where a new alignment is constructed from the input
  34 </li>
  35 <li><em>realignment</em> -
  36 where any aligned sequences will be used by the service
  37 to construct a profile based alignment of the remaining unaligned sequences.
  38 </li>
  39 </ul>
  40 </p>
  41 <p>
  42 <strong>Multiple Alignments of Sequences with hidden columns</strong><br>
  43 Multiple alignment services are 'column separable' analysis
  44 operations. If the input contains <a
  45 href="../features/hiddenRegions.html">hidden columns</a> then each
  46 visible segment of the input sequence set will be submitted for
  47 alignment separately, and the results concatenated (with the hidden
  48 regions preserved) once all alignment functions have completed. Each
  49 sub-job's state is reported in its own tab:
  50 <p><center><strong>Multiple Multiple Sequence Alignment sub jobs running at
  51 once</strong><center></p>
  52 <center><img src="multimafftjbs.gif" align="centre"></center>
  53 </p>
  54 </body>
  55 </html>