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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Multiple Sequence Alignment Web Service</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <strong>Multiple Sequence Alignment Web Services</strong>
  27   <p>
  28     Multiple sequence alignment services are accessed from the <strong>Alignment</strong>
  29     submenu of the Alignment Window's <strong>Web Service</strong> menu.
  30     When an entry from one of these menus is selected, either the
  31     currently selected residues, or the whole sequence set (if there is
  32     no selection or only one sequence is selected) will be submitted for
  33     multiple sequence alignment.
  34   </p>
  35   <p>There are two kinds of multiple sequence alignment operations
  36     available:
  37   <ul>
  38     <li><em>alignment</em> - where a new alignment is constructed
  39       from the input</li>
  40     <li><em>realignment</em> - where any aligned sequences will be
  41       used by the service to construct a profile based alignment of the
  42       remaining unaligned sequences.</li>
  43   </ul>
  44   <strong>JABAWS Alignment services</strong>
  45   <br> Most alignment services are provided by the
  46   <a href="JABAWS.html">JABAWS framework</a>, which allows you to
  47   customise the precise parameters used when running each alignment
  48   prgoram. In addition to the 'Default settings', you may choose from a
  49   range of alignment preset settings, or create your own using the
  50   <a href="webServicesParams.html">'Edit Settings And Run ..' dialog
  51     box</a>.
  52   </p>
  53   <p>
  54     <strong>Alignment programs supported by JABAWS</strong>. <br />Versions
  55     shown are those bundled with JABAWS 2.01 - if you are using a
  56     different server, check its home page to find out which versions are
  57     provided.
  58   <ul>
  59     <li><a href="http://www.clustal.org/">Clustal Omega and
  60         Clustal W</a> (version 2.0.12)</li>
  61     <li><a href="http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/">Mafft</a>
  62       (version 6.8.57b)</li>
  63     <li><a href="http://www.drive5.com/muscle">Muscle</a> (version
  64       3.8.31)</li>
  65     <li><a
  66       href="http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html"
  67     >Tcoffee</a> (version 8.99)</li>
  68     <li><a href="http://probcons.stanford.edu/">Probcons</a>
  69       (version 1.12)</li>
  70   </ul>
  71   </p>
  72
  73   <p>
  74     <strong>Multiple Alignments of Sequences with hidden
  75       columns</strong><br> Multiple alignment services are 'column
  76     separable' analysis operations. If the input contains <a
  77       href="../features/hiddenRegions.html"
  78     >hidden columns</a> then each visible segment of the input sequence
  79     set will be submitted for alignment separately, and the results
  80     concatenated (with the hidden regions preserved) once all alignment
  81     functions have completed. Each sub-job's state is reported in its
  82     own tab:
  83   <p>
  84   <center>
  85     <strong>Multiple Multiple Sequence Alignment sub jobs
  86       running at once</strong>
  87     <center>
  88       </p>
  89       <center>
  90         <img src="multimafftjbs.gif" align="centre">
  91       </center>
  92       </p>
  93 </body>
  94 </html>