help/html/webServices/msaclient.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Multiple Sequence Alignment Web Service</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40 <strong>Multiple Sequence Alignment Web Services</strong>
  41 <p>
  42 Multiple sequence alignment services are accessed from the <strong>Web
  43 Service&#8594;Alignment</strong> menu. When an entry from this menu is
  44 selected, either the currently selected residues, or the whole
  45 sequence set (if there is no selection or only one sequence is
  46 selected) will be submitted for multiple sequence alignment.
  47 </p>
  48 <p>There are two kinds of multiple sequence alignment operations
  49 available:<ul>
  50 <li><em>alignment</em> - where a new alignment is constructed from the input
  51 </li>
  52 <li><em>realignment</em> -
  53 where any existing alignments in the input are passed to the service
  54 for profile based alignment.
  55 </li>
  56 </ul>
  57 </p>
  58 <p>
  59 <strong>Multiple Alignments of Sequences with hidden columns</strong><br>
  60 Multiple alignment services are 'column separable' analysis
  61 operations. If the input contains <a
  62 href="../features/hiddenRegions.html">hidden columns</a> then each
  63 visible segment of the input sequence set will be submitted for
  64 alignment separately, and the results concatenated (with the hidden
  65 regions preserved) once all alignment functions have completed. Each
  66 sub-job's state is reported in its own tab:
  67 <p><center><strong>Multiple Multiple Sequence Alignment sub jobs running at
  68 once</strong><center></p>
  69 <center><img src="multimafftjbs.gif" align="centre"></center>
  70 </p>
  71 </body>
  72 </html>