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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Multiple Sequence Alignment Web Service</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <strong>Multiple Sequence Alignment Web Services</strong>
  24         <p>
  25                 Multiple sequence alignment services are accessed from the <strong>Alignment</strong>
  26                 submenu of the Alignment Window's <strong>Web Service</strong> menu.
  27                 When an entry from one of these menus is selected, either the
  28                 currently selected residues, or the whole sequence set (if there is no
  29                 selection or only one sequence is selected) will be submitted for
  30                 multiple sequence alignment.
  31         </p>
  32         <p>There are two kinds of multiple sequence alignment operations
  33 available:
  34 <ul>
  35         <li><em>alignment</em> - where a new alignment is constructed from
  36         the input</li>
  37         <li><em>realignment</em> - where any aligned sequences will be
  38         used by the service to construct a profile based alignment of the
  39         remaining unaligned sequences.</li>
  40 </ul>
  41         <strong>JABAWS Alignment services</strong><br> Most alignment services are
  42         provided by the
  43         <a href="JABAWS.html">JABAWS framework</a>, which allows you to
  44         customise the precise parameters used when running each alignment
  45         prgoram. In addition to the 'Default settings', you may choose from a
  46         range of alignment preset settings, or create your own using the
  47         <a href="webServicesParams.html">'Edit Settings And Run ..' dialog
  48                 box</a>.
  49         </p>
  50         <p><strong>Alignment programs supported by JABAWS</strong><ul>
  51         <li><a href="http://www.clustal.org/">ClustalW</a> (version 2.0.12)</li>
  52   <li><a href="http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/">Mafft</a> (version 6.713)</li>
  53   <li><a href="http://www.drive5.com/muscle">Muscle</a> (version 3.7) </li>
  54   <li><a href="http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html">Tcoffee</a> (version 8.14) </li>
  55   <li><a href="http://probcons.stanford.edu/">Probcons</a> (version 1.12)</li>
  56   </ul>
  57 </p>
  58
  59 <p><strong>Multiple Alignments of Sequences with hidden
  60 columns</strong><br>
  61 Multiple alignment services are 'column separable' analysis operations.
  62 If the input contains <a href="../features/hiddenRegions.html">hidden
  63 columns</a> then each visible segment of the input sequence set will be
  64 submitted for alignment separately, and the results concatenated (with
  65 the hidden regions preserved) once all alignment functions have
  66 completed. Each sub-job's state is reported in its own tab:
  67 <p>
  68 <center><strong>Multiple Multiple Sequence Alignment
  69 sub jobs running at once</strong>
  70 <center>
  71 </p>
  72 <center><img src="multimafftjbs.gif" align="centre"></center>
  73 </p>
  74 </body>
  75 </html>