help/html/webServices/muscle.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   5 # This file is part of Jalview.
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   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  18 <html>
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  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
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  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  36 <head><title>Muscle Alignment</title></head>
  37 <body>
  38 <p><strong>Muscle Alignments</strong></p>
  39 <p>Muscle is a program for the alignment of many protein sequences.</p>
  40 <p>
  41 Edgar, Robert C. (2004), MUSCLE: multiple sequence alignment with high
  42 accuracy and high throughput<br>
  43 <em>Nucleic Acids Research</em> <strong>32</strong>(5), 1792-97.</p>
  44 <p> This alignment method is applied to the selected region, if any, or the whole
  45   sequence set when the <strong>Web Service&#8594;Alignment&#8594;Muscle
  46   Protein Sequence Alignment</strong> menu item is selected. </p>
  47 </body>
  48 </html>