help/html/webServices/shmr.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Multi-Group Sequence Harmony and Multi-Relief</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23         <strong>Functional residue analysis with Sequence Harmony and
  24                 Multi-Relief</strong>
  25         <p>
  26                 The Multi-Harmony (a.k.a. Sequence Harmony and Multi-Relief, or SHMR) service (<a
  27                         href="#shmrref">Brandt, Feenstra and Heringa, 2010</a>) available
  28                 from the <em>Analysis</em> sub-menu of the alignment window's web
  29                 services menu provides a method for the identification of significant
  30                 patterns of <em>sub-family variation</em> amongst the columns of an
  31                 alignment.
  32         </p>
  33         <p>
  34                 <strong>Instructions for use</strong><br> The service requires a
  35                 protein sequence multiple alignment that has been sub-divided into
  36                 groups containing at least two non-identical protein sequences. An
  37                 easy way to create groups is to use the built-in <a
  38                         href="../calculations/tree.html">neighbour-joining or UPGMA tree</a>
  39                 routines to calculate a tree for the alignment, and then click on the
  40                 tree to subdivide the alignment.
  41         </p>
  42         <p>
  43                 The SHMR service operates on the currently selected visible region(s)
  44                 of the alignment. Once submitted, a job progress window will display
  45                 status information about your job, including a URL which allows you to
  46                 visit the status page on the
  47                 <a href="http://zeus.few.vu.nl/programs/shmrwww/">IBIVU SHMR server</a>.
  48         </p>
  49         <p>When the job is complete, Jalview will automatically open a new
  50                 window containing the alignment and groups that were submitted for
  51                 analysis, with additional histograms added portraying the SHMR scores
  52                 for each column of the sub-grouped alignment.</p>
  53         <p>
  54                 If you use this service in your work, please cite :<br /><a name="shmrref"/> Brandt,
  55                 B.W.*, Feenstra, K.A*. and Heringa, J. (2010) Multi-Harmony: detecting
  56                 functional specificity from sequence alignment. <a
  57                         href="http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkq415">Nucleic
  58                         Acids Res. 38: W35-W40.</a> (<em>* joint first authors</em>)
  59         <p>
  60         <strong><em>Note:</em></strong> The Multi-Harmony service is implemented with a prototype of Jalview's RESTful
  61                 web service client introduced in Jalview 2.7. A few bugs remain in this prototype, which we intend to fixed in version 2.7.1.
  62         </ul>
  63         </p>
  64 </body>
  65 </html>