JAL-1894 update year/version in copyright
[jalview.git] / help / html / webServices / shmr.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Multi-Group Sequence Harmony and Multi-Relief</title>
24 </head>
25 <body>
26   <strong>Functional residue analysis with Sequence Harmony and
27     Multi-Relief</strong>
28   <p>
29     The Multi-Harmony (a.k.a. Sequence Harmony and Multi-Relief, or
30     SHMR) service (<a href="#shmrref">Brandt, Feenstra and Heringa,
31       2010</a>) available from the <em>Analysis</em> sub-menu of the
32     alignment window's web services menu provides a method for the
33     identification of significant patterns of <em>sub-family
34       variation</em> amongst the columns of an alignment.
35   </p>
36   <p>
37     <strong>Instructions for use</strong><br> The service requires
38     a protein sequence multiple alignment that has been sub-divided into
39     groups containing at least two non-identical protein sequences. An
40     easy way to create groups is to use the built-in <a
41       href="../calculations/tree.html"
42     >neighbour-joining or UPGMA tree</a> routines to calculate a tree for
43     the alignment, and then click on the tree to subdivide the
44     alignment.
45   </p>
46   <p>
47     The SHMR service operates on the currently selected visible
48     region(s) of the alignment. Once submitted, a job progress window
49     will display status information about your job, including a URL
50     which allows you to visit the status page on the <a
51       href="http://zeus.few.vu.nl/programs/shmrwww/"
52     >IBIVU SHMR server</a>.
53   </p>
54   <p>When the job is complete, Jalview will automatically open a new
55     window containing the alignment and groups that were submitted for
56     analysis, with additional histograms added portraying the SHMR
57     scores for each column of the sub-grouped alignment.</p>
58   <p>
59     If you use this service in your work, please cite :<br />
60     <a name="shmrref" /> Brandt, B.W.*, Feenstra, K.A*. and Heringa, J.
61     (2010) Multi-Harmony: detecting functional specificity from sequence
62     alignment. <a
63       href="http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkq415"
64     >Nucleic Acids Res. 38: W35-W40.</a> (<em>* joint first authors</em>)
65   
66   <p>
67     <strong><em>Note:</em></strong> The Multi-Harmony service is
68     implemented with a prototype of Jalview's RESTful web service client
69     introduced in Jalview 2.7. A few bugs remain in this prototype,
70     which we intend to fixed in version 2.7.1.
71   </ul>
72   </p>
73 </body>
74 </html>