help/html/webServices/urllinks.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 Opening URLs from Jalview
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p>
   7 <p><strong>Opening URLs from Jalview</strong><br>
   8 Both the applet and the desktop application are able to open URLs as
   9 'popups' in your web browser. <br>
  10 Double-clicking on the ID of a sequence will open the first URL that can
  11 be generated from its sequence ID. This is often the SRS site, but you
  12 can easily configure your own <a href="#urllinks>sequence URL links</a>.</p>
  13 <p>Other links for a sequence either derived from any other
  14 configured URL links, or imported from the sequence's annotation, are
  15 accessed by right clicking to open the sequence pop-up menu, and
  16 selecting from the <em>Links</em> submenu.</p>
  17 <p><strong><a name="urllinks">Configuring URL Links</a></strong>
  18 <br>URL links are defined in the &quot;Connections&quot; tab of the <a
  19         href="../features/preferences.html">Jalview desktop preferences</a>, or
  20 specified as <a
  21         href="http://www.jalview.org/examples/appletParameters.html#parameters">applet
  22 parameters</a>. <br>
  23 By default the item &quot;SRS&quot; is added to this link menu. This
  24 link will show a web page in your default browser with the selected
  25 sequence id as part of the URL.<br>
  26 In the preferences dialog box, click <strong>new</strong> to add a new
  27 link, and <strong>edit</strong> to modify an existing link, or <strong>delete</strong>
  28 to remove it.<br>
  29 You can name the link, this will be displayed on a new menu item under
  30 the &quot;Link&quot; menu when you right click on a sequence id. <br>
  31 The URL string must contain a token that can be replaced with a sequence
  32 ID. The simplest token is &quot;$SEQUENCE_ID$&quot;, which will be
  33 replaced by the chosen sequence id when you click on it.</p>
  34 <p>eg.<br>
  35 UniRef100 =
  36 http://www.ebi.uniprot.org/uniprot-srv/uniRefView.do?proteinAc=$SEQUENCE_ID$&amp;library=uniref100<br>
  37 Swissprot = http://www.expasy.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$ <br>
  38 <br>
  39 Links will also be made for any database cross references associated
  40 with the sequence where the database name exactly matches a URL link
  41 name. In this case, the $SEQUENCE_ID$ string will be replaced with the
  42 accession string for the database cross-reference, rather than the
  43 sequence ID for the sequence (<em>since Jalview 2.4</em>).</p>
  44 <p><strong>Regular Expression Substitution</strong><br>
  45 A url may contain a string of the form $SEQUENCE_ID=/<em>regular
  46 expression</em>/=$. In this case, the regular expression will be applied to
  47 the full sequence ID string and the resulting match will be inserted
  48 into the URL. Groups of parentheses can be used to specify which regions
  49 of the regular expression will be used to generate the URL:
  50 <ul>
  51         <li>Each top level parenthesis will yield a URL containing the
  52         text matched within that parenthesis.</li>
  53         <li>Regions matching sub-parentheses within a top-level
  54         parenthesis will be concatenated to form the text inserted into the URL
  55         for the top-level parenthesis.</li>
  56         <em>Please Note:
  57         <ul>
  58                 <li>The regular expressions supported by Jalview are those
  59                 provided by the <a href="www.javaregex.com">Stevesoft javaregex
  60                 package</a>.</li>
  61                 <li>Some characters must be escaped when specifying them as a
  62                 match within a regular expression.</li>
  63         </ul>
  64         <br>
  65         Many Thanks to Bernd Brandt of the Free University of Amsterdam for
  66         testing this new regular-expression expansion feature! </em>
  67         <em>
  68 </ul>
  69 </p>
  70 <p
  71 </body>
  72 </html>