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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <html>
  20 <head>
  21 <title>The Web Services Preferences Dialog Box</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>The Web Services Preferences Dialog Box</strong></p>
  25
  26 <p>Jalview includes a range of web services clients for data
  27 retrieval and analysis. The <em>Web Services</em> menu found in each
  28 alignment window provides access to some of these services, and is
  29 configured <em>via</em> the web services preference dialog box,
  30 available from the <em>Preferences</em> panel from the <strong>Tools&#8594;Preferences...</strong>
  31 menu from the Jalview Desktop window's menu bar.</p>
  32 <p>
  33 <center><img src="wsprefs.gif" align="center"
  34         alt="Web Services Preferences Panel" width="500" height="420"><br>
  35 Web Services Preference Panel</center>
  36 </p>
  37 <p><strong>Configuring the list of JABAWS servers</strong><br>
  38 The main area of the panel shows the list of <a href="JABAWS.html">JABAWS</a>
  39 servers that Jalview is currently aware of. A server's URL may be added,
  40 edited by double clicking on it, or deleted by selecting it and using
  41 the buttons below. After adding or editing a server's URL, you will be
  42 asked if you wish to test the server. If you wish to do so, then first
  43 ensure you can view the new server's test report, which will be output
  44 on Jalview's standard console output (you can open Jalview's built in
  45 console viewer via the <strong>Tools&#8594;Java Console</strong> menu
  46 option).</p>
  47 <p><strong>Controlling the layout of the Web Services Menu</strong><br>
  48 The range of services that Jalview is able to access depends upon your
  49 requirements, and local computational resources. However, when a large
  50 number of resources are available, then the entries and sub menus in the
  51 <strong>web services</strong> menu can quickly become unwieldly. The
  52 options in the lower part of the dialog box enable you to control the
  53 display of each type of analysis service client in the web services
  54 menu. In addition, indexing options are provided that enable you to
  55 define the layout of the menus provided for JABAWS services by sorting
  56 them into submenus according to analysis type and/or host server.</p>
  57 <p><em>The web services preferences panel was added in Jalview
  58 2.6</em></p>
  59 <p><strong><a name="wswarnings">Web Services Invalid
  60 URL warnings</a></strong><br>
  61 Jalview may inform you of any problems contacting the web services by
  62 showing a dialog box like the one below:<br>
  63 <center><img src="invalidurldialog.gif" align="center"
  64         alt="Web Services Invalid URL Warning dialog box" width="389"
  65         height="258"><br>
  66 Web Services Invalid URL Warning dialog box</center>
  67 <br>
  68 <strong><em>Note:</em></strong> this warning will be shown if you are running the Jalview desktop
  69 without any network connection, or if you have configured
  70 <a href="JABAWS.html">JABA services</a>
  71 which cannot be accessed from your location. Should you wish to disable
  72 these warnings, then uncheck the
  73 <em>Display warnings</em>
  74 check box in the web services preferences.
  75 </p>
  76 <p><em>The web services warnings dialog box was added in
  77 Jalview 2.6.1</em></p>
  78 </body>
  79 </html>