help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>What's new ?</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>What's new ?</strong></p>
  24 <p>Jalview 2.6 introduces new web services, and includes an updated
  25 version of the Jmol molecular graphics visualization system. See the <a
  26         href="releases.html#Jalview2.6">release history</a> for the full
  27 details.</p>
  28 <p><strong>Highlights in Jalview Version 2.6</strong></p>
  29 <ul>
  30         <li><a href="webServices/JABAWS.html">JABA Web Services</a> for
  31         multiple alignment using:
  32         <ul>
  33                 <li>ClustalW</li>
  34                 <li>MAFFT</li>
  35                 <li>Muscle</li>
  36                 <li>ProbCons</li>
  37                 <li>T-COFFEE</li>
  38         </ul>
  39         </li>
  40         <li>User modifiable alignment service parameters</li>
  41         <li>Visualization of superposed structures associated with protein
  42         or nucleotide sequence alignments.</li>
  43         <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA viewer</li>
  44 </ul>
  45
  46 <p><strong>Issues Resolved (a select list - see release history for details)</strong></p>
  47 <ul>
  48         <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when both D+E
  49         are present in over 50% of the column</li>
  50         <li>Prevent sequence fetcher from replacing ',' for ';' when querying DAS sequence sources</li>
  51         <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java 10.5 update
  52         4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
  53 </ul>
  54 <p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
  55 details of all new features and resolved issues.</p>
  56 </body>
  57 </html>