help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Jalview 2.10.2b1 bugfix release</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     This is patch release for 2.10.2. See the <a
  31       href="releases.html#Jalview.2.10.2b1">release notes</a> for full
  32     details bugs addressed in this version, which also introduces
  33     additional improvements to the overview panel, and patches for
  34     several minor issues including the ability to correctly recover
  35     cross-references for Uniprot protein sequences from Ensembl.
  36   </p>
  37   <p>
  38     <strong>What's new in Jalview 2.10.2 ?</strong>
  39   </p>
  40   <p>
  41     Version 2.10.2 was released in August 2017, and introduced new user
  42     interface features, improved and more extensible tree and PCA
  43     analysis, more robust 3D structure viewing with UCSF Chimera and an
  44     updated service client for JABAWS. The full list of bug fixes and
  45     new features can be found in the <a
  46       href="releases.html#Jalview.2.10.2"> 2.10.2 Release Notes</a>, but
  47     the highlights are below.
  48   </p>
  49   <ul>
  50     <li><strong>New dialog and faster and more
  51         configurable Tree and PCA calculations</strong><br> Menu entries for
  52       calculating PCA and different types of tree have been replaced by
  53       a single <a href="calculations/calculations.html"><em>Calculations</em>
  54         dialog box</a>. The underlying implementation for the PCA and tree
  55       calculations have been made faster and more memory efficient.</li>
  56     <li><strong>Extensible score models</strong><br />A new
  57       framework has also been created for the score models used to
  58       calculate distances between sequences and shade alignments. This
  59       framework allows import of substitution matrices in NCBI and
  60       AAIndex format.<br /> <strong>PCA Bug Fixes</strong>. Jalview's
  61       implementation of PCA differed in its treatment of gaps and
  62       non-standard residues. The BLOSUM62 matrix also included a typo
  63       that affected results. See the <a
  64       href="releases.html#2102scoremodelbugs">2.10.2 release note
  65         about score model bugs</a> for details and how to reinstate legacy
  66       behaviour.</li>
  67     <li><strong>Update to JABAWS 2.2</strong><br />Jalview's
  68       alignment, protein conservation analysis, and protein disorder and
  69       RNA secondary structure prediction services are now provided by <a
  70       href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS 2.2</a>.
  71       Several of the programs provided as JABAWS 2.2 services have been
  72       updated, so their options and parameters have changed.</li>
  73     <li><strong>URL linkouts to other bioinformatics
  74         databases</strong><br />New preferences for <a
  75       href="webServices/urllinks.html">opening web pages for
  76         database cross-references</a> via the UK Elixir's EMBL-EBI's MIRIAM
  77       database and identifiers.org services.</li>
  78     <li><strong>Showing and hiding regions</strong> <br /> <a
  79       href="menus/popupMenu.html#hideinserts">Hide insertions</a> in the
  80       PopUp menu has changed its behaviour. Prior to 2.10.2, columns
  81       were only shown or hidden according to gaps in the sequence under
  82       the popup menu. Now, only columns that are gapped in all selected
  83       sequences as well as the sequence under the popup menu are hidden,
  84       and column visibility outside the selected region is left as is.
  85       This makes it easy to filter insertions from the alignment view
  86       (just select the region containing insertions to remove) without
  87       affecting the rest of the hidden columns.</li>
  88     <li><strong>Gap count - a.k.a. the Occupancy
  89         Annotation Row</strong><br /> Another way to filter columns according to
  90       the presence of gaps is to enable the <strong>Occupancy
  91         Annotation</strong> row via Jalview's Preferences. This annotation row
  92       shows a histogram of the number of aligned residues at each
  93       column. The <a href="features/columnFilterByAnnotation.html">Select
  94         By Annotation</a> dialog now also includes a percentage threshold
  95       mode, to make it easy to filter alignments to show only those
  96       columns with a particular fraction of aligned sequences.</li>
  97     <li><strong>Recent search history for Find, PDBe and
  98         Uniprot</strong><br />Easily repeat a previous search for <a
  99       href="features/search.html#queryhistory">Find</a> and the free
 100       text search system (for querying Uniprot and the PDBe).</li>
 101     <li><strong>Improved Overview Window</strong><br />The <a
 102       href="features/overview.html">alignment overview</a> is now easier
 103       to use when working with alignments of more than 5000 rows and
 104       columns, and features a new pop-up menu that allows hidden regions
 105       to be excluded from the overview. It also works with CDS/Protein
 106       alignments and MSA views in wrapped mode.</li>
 107     <li><strong>3D Structure</strong><br />Jalview's communication
 108       with UCSF Chimera has been made more robust, particularly when
 109       working with many structures and long sequences. Regions in
 110       structures that correspond to hidden regions in an alignment view
 111       are now left un-coloured, making it easier to highlight specific
 112       features in 3D. See below for <a href="#experimental">experimental
 113         features for exchanging annotation between Chimera and Jalview.</a></li>
 114   </ul>
 115   <p>
 116     <strong>Scripting</strong><br />New <a
 117       href="http://www.jalview.org/examples/groovy">groovy examples</a>
 118     demonstrate Jalview 2.10.2 APIs for creation of data-driven
 119     colourschemes, and custom alignment file handlers. The <a
 120       href="groovy/featuresCounter.html">FeatureAnnotationWorker</a>
 121     introduced in Jalview 2.10 has also been refactored to allow
 122     efficient counting across multiple feature types. Please be aware
 123     that feature counter scripts created for earlier versions will not
 124     execute in Jalview 2.10.2.
 125   </p>
 126   <p>
 127     <strong><a name="experimental">Experimental Features</a></strong>
 128   </p>
 129   <p>
 130     This release of Jalview introduces an <em>Experimental Features</em>
 131     option in the Jalview Desktop's <em>Tools</em> menu that allows you
 132     to try out features that are still in development. To access the
 133     experimental features below - first enable the <strong>Tools&#8594;Enable
 134       Experimental Features</strong> option, and then restart Jalview.
 135   </p>
 136   <ul>
 137     <li><em>Annotation transfer between Chimera and Jalview</em><br />Two
 138       <a href="features/chimera.html#experimental">new entries in
 139         the Chimera viewer's Chimera menu</a> allow positional annotation to
 140       be exchanged between Chimera and Jalview.</li>
 141   </ul>
 142
 143 </body>
 144 </html>