help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new in Jalview 2.10.0b1 ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview 2.10.0b1 is a patch release for 2.10, the next major release
  31     in the Jalview 2 series. Full details are in the <a
  32       href="releases.html#Jalview.2.10.0b1">Jalview 2.10b1 Release
  33       Notes</a>, but the highlights are below.
  34   </p>
  35   <ul>
  36     <li>Drag and drop reinstated for the Jalview desktop on
  37       Windows, Linux and older OSX systems.</li>
  38     <li>Problems loading local PDB files have been fixed</li>
  39     <li>Conservation shading can be disabled for PID and consensus
  40       based colour scheme</li>
  41   </ul>
  42   <p><em>Major highlights of the 2.10.0 Release</em></p>
  43   <ul>
  44     <li><strong>Ensembl sequence fetcher</strong><br />Annotated
  45       Genes, transcripts and proteins can be retrieved via Jalview's new
  46       <a href="features/ensemblsequencefetcher.html">Ensembl REST
  47         client</a>. Support for import of Ensembl data allows:
  48       <ul>
  49         <li><strong>Aligned locus view</strong><br />Transcripts
  50           retrieved for a gene identifier via the Ensembl or
  51           EnsemblGenomes sequence databases are automatically aligned to
  52           their reference genome, and introns hidden from the view.</li>
  53         <li><strong>Sequence variant data</strong><br />Jalview
  54           propagates variant annotation on genomic regions onto
  55           transcripts and protein products, complete with associated
  56           metadata such as clinical significance.</li>
  57       </ul></li>
  58     <li><strong>Ensembl and ENA 'show cross-references'
  59         support</strong><br />The Calculations menu's <strong>'Show
  60         cross-references'</strong> now offers Ensembl as well as EMBLCDS and
  61       Uniprot when CDS/Protein mapping data is available for download or
  62       display. This allows variant annotation to be added directly to an
  63       alignment of UniProt sequences.</li>
  64     <li><strong>Working with structures</strong>
  65       <ul>
  66         <li><strong>More accurate structure mappings</strong><br />
  67           Jalview now utilises the PDBe's SIFTS database (at EMBL-EBI)
  68           to <a href="features/siftsmapping.html">match structures
  69             to UniProt sequences</a>, even for structures containing
  70           multiple copies of a sequence.</li>
  71         <li><strong>Import structures as mmCIF</strong><br />Jalview
  72           now downloads data from the EMBL-EBI's PDBe site as <a
  73           href="features/mmcif.html">mmCIF</a>. This allows very large
  74           structures to be imported, such as the HIV virus capsid
  75           assembly.</li>
  76         <li><strong>Chimera users will need to upgrade to
  77             1.11.1</strong><br />If you use Chimera to view structures
  78           downloaded by Jalview 2.10, you will need to make sure you are
  79           running the latest version of <a href="features/chimera.html">Chimera</a>.</li>
  80       </ul></li>
  81     <li><strong>UniProt Free Text Search</strong><br />The new
  82       search dialog for UniProt allows you to browse and retrieve
  83       sequences with free-text search, or structured queries.</li>
  84     <li><strong>Reference sequence alignment view</strong><br />
  85       Jalview 2.9 introduced support for reference sequences. In 2.10,
  86       when a reference sequence is defined for the alignment, the
  87       alignment column ruler is now numbered according to the reference
  88       sequence. The reference sequence for alignment views can also be
  89       saved and restored from Jalview projects.</li>
  90   </ul>
  91
  92 </body>
  93 </html>