help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>What's new ?</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>What's new ?</strong></p>
  24 <p><strong>Highlights in Jalview Version 2.4</strong></p>
  25 <ul>
  26         DNA and protein product highlighting<br>
  27         URL links generated with regular expressions<br>
  28         URL links for sequence database cross references<br>
  29   New sequence fetcher dialog and DAS Sequence Fetching<br>
  30   JPred Service upgraded to Jpred3<br>
  31   Memory monitor<br>
  32   PFAM full alignment retrieval<br>
  33   Generalised sequence database reference validation<br>
  34   DNA Protein Product sequence db traversal (Experimental)<br>
  35   VAMSAS Interoperation Client (Experimental)<br>
  36         export annotation rows as CSV for spreadsheet import<br>
  37         New application command line args and optional Groovy suport<br>
  38         New Applet API methods and parameters<br>
  39 </ul>
  40 <p><strong>Issues Resolved (a select list)</strong></p>
  41 <ul>
  42         Aligned cDNA translation to aligned peptide works correctly<br>
  43         selected region output includes visible annotations (for
  44                         certain formats)<br>
  45         edit label/displaychar contains existing label/char for
  46                         editing<br>
  47         Newick tree support improved for clustalW trees and preserving NHX style comments<br>
  48         Pathological filechooser bug avoided by not allowing
  49                         filenames containing a ':'<br>
  50         Fixed exception when parsing GFF files containing global
  51                         sequence features<br>
  52         Reference counting for alignment datasets<br>
  53         better reporting of non-fatal warnings and error messages to user when file
  54                         parsing fails.<br>
  55         Save works when Jalview project is default format<br>
  56         Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo<br>
  57   Undo recovers dataset sequence metadata when sequence
  58                         regions are cut<br>
  59         PDB files without pdb ID HEADER lines (like those
  60                         generated by MODELLER) are read in properly<br>
  61         Stockholm annotation parsing fixed and improved (PFAM records)<br>
  62         Re-instated Full AMSA support and .amsa file association (MyHits)<br>
  63         annotation consisting of sequence associated scores can be
  64         read and written correctly to annotation file<br>
  65         Fixed display of hidden sequence markers and non-italic font
  66                         for representatives in Applet<br>
  67         Applet Menus are always embedded in applet window on Macs.</br>
  68         Newly shown features appear at top of stack (in Applet)</br>
  69         Secondary structure lines are drawn starting from first
  70                         column of alignment<br>
  71         Uniprot XML import updated for new schema release in July 2008<br>
  72         Sequence feature to sequence ID match for Features file is case-insensitive<br>
  73         Sequence features read from Features file appended to all sequences with matching IDs<br>
  74         PDB structure coloured correctly for associated views containing a sub-sequence<br>
  75         Display name and local features preserved in results retrieved from web service<br>
  76         Visual delay indication for sequence retrieval and sequence fetcher initialisation<br>
  77         Updated Application to use DAS 1.53e version of dasobert DAS client
  78 </ul>
  79
  80 <p>&nbsp;</p>
  81 <p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
  82 details of all new features and resolved issues.</p>
  83 </body>
  84 </html>