help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>What's new ?</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23         <p>
  24                 <strong>What's new ?</strong>
  25         </p>
  26         <p>
  27                 The Jalview 2.7 release features new web services, and important
  28                 improvements to the way in which Jalview handles alignments and
  29                 associated PDB structures, as well as numerous minor improvements and
  30                 bug fixes. Version 2.7 of the JalviewLite applet also features a
  31                 significantly enhanced Javascript API enabling it to be more easily
  32                 integrated with javascript based web applications. <br /> For full
  33                 details see the <a href="releases.html#Jalview2.7">Jalview 2.7
  34                         release history</a>.
  35         </p>
  36         <p>
  37                 <strong>Highlights in Jalview Desktop Version 2.7</strong>
  38         </p>
  39         <ul>
  40                 <li>New <a href="features/viewingpdbs.html">structure viewer
  41                                 options</a>:
  42                         <ul>
  43                                 <li>Colour and superimpose 3D structures of complexes and
  44                                         multi-domain chains using several different alignments</li>
  45                                 <li>Drag and drop to associate PDB files with sequences that
  46                                         have the same name</li>
  47                                 <li>Open and superimpose all associated structures for the
  48                                         current selection</li>
  49                         </ul>
  50                 <li>New web services for <a href="webServices/shmr.html">alignment
  51                                 analysis</a></li>
  52                 <li>Improved graphical user interface for <a
  53                         href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS</a>services.
  54                 </li>
  55                 <li>Sort associated alignment views option in tree viewer</li>
  56                 <li>Default colours for <a
  57                         href="colourSchemes/annotationColouring.html">shading alignment
  58                                 by quantitative annotation</a>.
  59                 </li>
  60                 <li><a href="webServices/newsreader.html">Jalview Desktop RSS
  61                                 reader</a> - following important updates at <a
  62                         href="http://www.jalview.org/feeds/desktop/rss">http://www.jalview.org/feeds/desktop/rss</a>
  63         </ul>
  64
  65         <p>
  66                 <strong>Issues Resolved (a select list - see the <a
  67                         href="releases.html#Jalview2.7">release history</a> for full details)
  68                 </strong>
  69         </p>
  70         <p>
  71                 <strong>Issues in the Jalview Desktop</strong>
  72         <ul>
  73                 <li>Problems viewing associated structures for sequences
  74                         retrieved from UNIPROT</li>
  75                 <li>Problems viewing Jalview projects from older versions in
  76                         version 2.6</li>
  77                 <li>Preservation of hidden annotation rows and tree bootstrap
  78                         values in projects</li>
  79                 <li>Newly added JABAWS servers not always visible in web services
  80                         menu</li>
  81         </ul>
  82         <strong>Issues specific to the JalviewLite Applet</strong>
  83         <ul>
  84                 <li>Layout problems when lots of annotation rows are displayed</li>
  85                 <li>&lt;= shown as = in annotation row tooltip</li>
  86                 <li>export features raises exception when no features exist</li>
  87                 <li>relative URLs not handled properly when used in parameters
  88                         and annotation files</li>
  89         </ul>
  90         <strong>Issues affecting both applet and application</strong>
  91         <ul>
  92                 <li>sequence numbering not preserved in MSF alignment output</li>
  93                 <li>sequence associated secondary structure not correctly parsed
  94                         in interleaved stockholm</li>
  95                 <li>sequences containing lowercase letters are not properly
  96                         associated with their pdb files</li>
  97                 <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence from deoxy
  98                         nucleotide chains correctly</li>
  99                 <li>Sequence length given in alignment properties window is off
 100                         by 1</li>
 101         </ul>
 102 </body>
 103 </html>