help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27   <strong>Jalview 2.10.2b1 bugfix release</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     This is patch release for 2.10.2. See the <a
  31       href="releases.html#Jalview2.10.2b1">release notes</a>.
  32   </p>
  33   <ul>
  34     <li>Gaps are now rendered as dark grey in overview window</li>
  35   </ul>
  36   <p>
  37     <strong>What's new in Jalview 2.10.2 ?</strong>
  38   </p>
  39   <p>
  40     Version 2.10.2 was released in August 2017, and introduced new user
  41     interface features, improved and more extensible tree and PCA
  42     analysis, more robust 3D structure viewing with UCSF Chimera and an
  43     updated service client for JABAWS. The full list of bug fixes and
  44     new features can be found in the <a
  45       href="releases.html#Jalview.2.10.2"> 2.10.2 Release Notes</a>, but
  46     the highlights are below.
  47   </p>
  48   <ul>
  49     <li><strong>New dialog and faster and more
  50         configurable Tree and PCA calculations</strong><br> Menu entries for
  51       calculating PCA and different types of tree have been replaced by
  52       a single <a href="calculations/calculations.html"><em>Calculations</em>
  53         dialog box</a>. The underlying implementation for the PCA and tree
  54       calculations have been made faster and more memory efficient.</li>
  55     <li><strong>Extensible score models</strong><br />A new
  56       framework has also been created for the score models used to
  57       calculate distances between sequences and shade alignments. This
  58       framework allows import of substitution matrices in NCBI and
  59       AAIndex format.<br /> <strong>PCA Bug Fixes</strong>. Jalview's
  60       implementation of PCA differed in its treatment of gaps and
  61       non-standard residues. The BLOSUM62 matrix also included a typo
  62       that affected results. See the <a
  63       href="releases.html#2102scoremodelbugs">2.10.2 release note
  64         about score model bugs</a> for details and how to reinstate legacy
  65       behaviour.</li>
  66     <li><strong>Update to JABAWS 2.2</strong><br />Jalview's
  67       alignment, protein conservation analysis, and protein disorder and
  68       RNA secondary structure prediction services are now provided by <a
  69       href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS 2.2</a>.
  70       Several of the programs provided as JABAWS 2.2 services have been
  71       updated, so their options and parameters have changed.</li>
  72     <li><strong>URL linkouts to other bioinformatics
  73         databases</strong><br />New preferences for <a
  74       href="webServices/urllinks.html">opening web pages for
  75         database cross-references</a> via the UK Elixir's EMBL-EBI's MIRIAM
  76       database and identifiers.org services.</li>
  77     <li><strong>Showing and hiding regions</strong> <br /> <a
  78       href="menus/popupMenu.html#hideinserts">Hide insertions</a> in the
  79       PopUp menu has changed its behaviour. Prior to 2.10.2, columns
  80       were only shown or hidden according to gaps in the sequence under
  81       the popup menu. Now, only columns that are gapped in all selected
  82       sequences as well as the sequence under the popup menu are hidden,
  83       and column visibility outside the selected region is left as is.
  84       This makes it easy to filter insertions from the alignment view
  85       (just select the region containing insertions to remove) without
  86       affecting the rest of the hidden columns.</li>
  87     <li><strong>Gap count - a.k.a. the Occupancy
  88         Annotation Row</strong><br /> Another way to filter columns according to
  89       the presence of gaps is to enable the <strong>Occupancy
  90         Annotation</strong> row via Jalview's Preferences. This annotation row
  91       shows a histogram of the number of aligned residues at each
  92       column. The <a href="features/columnFilterByAnnotation.html">Select
  93         By Annotation</a> dialog now also includes a percentage threshold
  94       mode, to make it easy to filter alignments to show only those
  95       columns with a particular fraction of aligned sequences.</li>
  96     <li><strong>Recent search history for Find, PDBe and
  97         Uniprot</strong><br />Easily repeat a previous search for <a
  98       href="features/search.html#queryhistory">Find</a> and the free
  99       text search system (for querying Uniprot and the PDBe).</li>
 100     <li><strong>Improved Overview Window</strong><br />The <a
 101       href="features/overview.html">alignment overview</a> is now easier
 102       to use when working with alignments of more than 5000 rows and
 103       columns, and features a new pop-up menu that allows hidden regions
 104       to be excluded from the overview. It also works with CDS/Protein
 105       alignments and MSA views in wrapped mode.</li>
 106     <li><strong>3D Structure</strong><br />Jalview's communication
 107       with UCSF Chimera has been made more robust, particularly when
 108       working with many structures and long sequences. Regions in
 109       structures that correspond to hidden regions in an alignment view
 110       are now left un-coloured, making it easier to highlight specific
 111       features in 3D. See below for <a href="#experimental">experimental
 112         features for exchanging annotation between Chimera and Jalview.</a></li>
 113   </ul>
 114   <p>
 115     <strong>Scripting</strong><br />New <a
 116       href="http://www.jalview.org/examples/groovy">groovy examples</a>
 117     demonstrate Jalview 2.10.2 APIs for creation of data-driven
 118     colourschemes, and custom alignment file handlers. The <a
 119       href="groovy/featuresCounter.html">FeatureAnnotationWorker</a>
 120     introduced in Jalview 2.10 has also been refactored to allow
 121     efficient counting across multiple feature types. Please be aware
 122     that feature counter scripts created for earlier versions will not
 123     execute in Jalview 2.10.2.
 124   </p>
 125   <p>
 126     <strong><a name="experimental">Experimental Features</a></strong>
 127   </p>
 128   <p>
 129     This release of Jalview introduces an <em>Experimental Features</em>
 130     option in the Jalview Desktop's <em>Tools</em> menu that allows you
 131     to try out features that are still in development. To access the
 132     experimental features below - first enable the <strong>Tools&#8594;Enable
 133       Experimental Features</strong> option, and then restart Jalview.
 134   </p>
 135   <ul>
 136     <li><em>Annotation transfer between Chimera and Jalview</em><br />Two
 137       <a href="features/chimera.html#experimental">new entries in
 138         the Chimera viewer's Chimera menu</a> allow positional annotation to
 139       be exchanged between Chimera and Jalview.</li>
 140   </ul>
 141
 142 </body>
 143 </html>