help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>What's new ?</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23  <p>
  24   <strong>What's new ?</strong><br/>
  25   Jalview 2.8 includes a number of enhancements and new features that
  26   have been in development since July 2010. It is also the first Jalview
  27   release to incorporate RNA visualization features developed by Lauren
  28   Lui and Jan Engelhart during their Google Summer of Code projects
  29   (http://code.google.com/soc/). As usual you can find the highlights
  30   below, but to see the comprehensive list take a look at the look at
  31   the <a href="releases.html#Jalview2.8">Jalview 2.8 Release Notes</a>.
  32  </p>
  33  <strong>Highlights in Jalview Version 2.8</strong>
  34  <ul>
  35   <li><strong>Improved <a href="webServices/JABAWS.html">JABAWS</a>
  36     client and new JABAWS 2.0 Services
  37   </strong>
  38    <ul>
  39     <li><a href="webServices/AACon.html">AACon alignment
  40       conservation</a></li>
  41     <li><a href="webServices/proteinDisorder.html">Protein
  42       disorder</a> - DisEMBL, RONN, GlobPlot and IUPred</li>
  43     <li>Clustal Omega for creating huge protein alignments</li>
  44    </ul></li>
  45   <li><strong><a href="na/index.html">RNA</a></strong>
  46    <ul>
  47     <li>Import sequence and alignment associated WUSS or VIENNA
  48      dot-bracket notation from files and the <strong>RFAM</strong>
  49      database
  50     </li>
  51     <li>Interactive editing of RNA secondary structure annotation</li>
  52     <li>Colour scheme for purine/pyrimidine and to highlight RNA
  53      helices</li>
  54     <li>RNA canonical <a
  55      href="calculations/structureconsensus.html">base pair consensus
  56       score</a> and sequence logo
  57     </li>
  58     <li>Embedded <a href="features/varna.html">VARNA</a> RNA
  59      secondary structure viewer in the Desktop
  60     </li>
  61    </ul></li>
  62   <li>Parse and display <a href="io/tcoffeescores.html">T-COFFEE
  63     alignment quality scores</a> (thanks to Paolo di Tomasso of the Notredame
  64    Group)
  65   </li>
  66   <li><a href="colourSchemes/annotationColouring.html">Per
  67     sequence alignment annotation shading</a></li>
  68   <li>Enhanced <a href="calculations/pca.html">PCA viewer</a>: more
  69    export options, and switch between different PCA modes and residue
  70    score models
  71   </li>
  72   <li>New Jalview Desktop <a href="webServices/dbreffetcher.html">database
  73     fetcher</a> GUI
  74   </li>
  75   <li>Support for DAS 1.6 and DAS 2.0 sources (thanks to the new
  76    JDAS Distributed Annotation client library (see
  77    http://code.google.com/p/jdas))</li>
  78   <li>Export sequence database annotation as an <a
  79    href="io/exportseqreport.html">HTML report</a></li>
  80   <li>Normalised <a href="calculations/consensus.html">Sequence
  81     Logo Display</a></li>
  82  </ul>
  83  <p>
  84   <strong>Issues resolved in the Jalview Desktop</strong>
  85  </p>
  86  <ul>
  87   <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via wsdbfetch
  88    REST service</li>
  89   <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
  90   <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is submitted
  91    for prediction</li>
  92   <li>Structure view highlighting doesn't work on windows 7</li>
  93   <li>Jalview desktop fails to launch with exception when using
  94    proxy</li>
  95   <li>DAS Sequence retrieval with range qualification results in
  96    sequence xref which includes range qualification</li>
  97   <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning dialog is
  98    shown</li>
  99   <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
 100   <li>Jalview 2.7 InstallAnywhere installer doesn't unpack and run
 101    on OSX Mountain Lion
 102    <ul>
 103     <li>If you use webstart then you may need to go into the
 104      Security panel (<em>a.k.a</em> the gatekeeper) in your System
 105      Settings, and select the 'allow any code to run' option.
 106     </li>
 107    </ul>
 108   </li>
 109  </ul>
 110  <p>
 111   <strong>Issues specific to the JalviewLite Applet</strong>
 112  </p>
 113  <ul>
 114   <li>Sequence features are momentarily displayed before they are
 115    hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
 116   <li>loading features via javascript API automatically enables
 117    feature display</li>
 118   <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn't work</li>
 119  </ul>
 120  <p>
 121   <strong>Issues affecting both applet and application</strong>
 122  </p>
 123  <ul>
 124   <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
 125   <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
 126   <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
 127    coloured with clustalx</li>
 128  </ul>
 129 </body>
 130 </html>