help/html/whatsNew.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>What's new ?</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40 <p><strong>What's new ?</strong></p>
  41 <p>Jalview 2.5.1 is a bug fix release for the 2.5 version of
  42 Jalview. See the <a href="releases.html#Jalview2.5.1">release
  43 history</a> for the bugs that this release resolves.</p>
  44 <p><strong>Highlights in Jalview Version 2.5</strong></p>
  45 <ul>
  46         Linked viewing of nucleic acid sequences and structures
  47         <br />
  48         Automatic Scrolling option in View menu to display the currently
  49         highlighted region of an alignment.
  50         <br />
  51         Order an alignment by sequence length, or using the average score or
  52         total feature count for each sequence.
  53         <br />
  54         Shading features by score or associated description
  55         <br />
  56         Subdivide alignment and groups based on identity of selected
  57         subsequence (Make Groups from Selection).
  58         <br />
  59         New hide/show options including Shift+Control+H to hide everything but
  60         the currently selected region.
  61         <br />
  62 </ul>
  63 <em>Jalview Desktop:</em>
  64 <ul>
  65         Fetch DB References capabilities and UI expanded to support retrieval
  66         from DAS sequence sources
  67         <br />
  68         Enable or disable non-positional feature and database references in
  69         sequence ID tooltip from View menu in application.
  70         <br />
  71         Group-associated consensus, sequence logos and conservation plots
  72         <br />
  73         Symbol distributions for each column can be exported and visualized as
  74         sequence logos
  75         <br />
  76         Jalview Java Console
  77         <br />
  78         New webservice for submitting sequences and IDs to
  79         <a href="webServices/index.html#envision2">Envision2</a>
  80         Workflows
  81         <br />
  82         Improved VAMSAS synchronization and sharing of selections.
  83         <br />
  84 </ul>
  85 <em>JalviewLite:</em>
  86 <ul>
  87         Middle button resizes annotation row height
  88         <br />
  89         New Parameters - including default tree display settings.
  90         <br />
  91         Non-positional features displayed in ID tooltip
  92         <br />
  93 </ul>
  94 <p><strong>Issues Resolved (a select list)</strong></p>
  95 <ul>
  96         <ul>
  97                 Source field in GFF files parsed as feature source rather than
  98                 description
  99                 <br />
 100                 Non-positional features are now included in sequence feature and gff
 101                 files (controlled via non-positional feature visibility in tooltip).
 102                 <br />
 103                 URL links generated for all feature links (bugfix)
 104                 <br />
 105                 Codons containing ambiguous nucleotides translated as 'X' in peptide
 106                 product
 107                 <br />
 108                 Match case switch in find dialog box works for both sequence ID and
 109                 sequence string and query strings do not have to be in upper case to
 110                 match case-insensitively.
 111                 <br />
 112                 Jalview Annotation File generation/parsing consistent with
 113                 documentation (e.g. Stockholm annotation can be exported and
 114                 re-imported)
 115                 <br />
 116                 Find incrementally searches ID string matches as well as subsequence
 117                 matches, and correctly reports total number of both.
 118                 <br />
 119         </ul>
 120         <em>Desktop Issues</em>
 121         <ul>
 122                 Better handling of exceptions during sequence retrieval
 123                 <br />
 124                 PDB files retrieved from URLs are cached properly
 125                 <br />
 126                 Sequence description lines properly shared via VAMSAS
 127                 <br />
 128                 Sequence fetcher fetches multiple records for all data sources
 129                 <br />
 130                 Ensured that command line das feature retrieval completes before
 131                 alignment figures are generated.
 132                 <br />
 133                 Reduced time taken when opening file browser for first time.
 134                 <br />
 135                 User defined group colours properly recovered from Jalview projects.
 136                 <br />
 137         </ul>
 138 </ul>
 139
 140 <p>&nbsp;</p>
 141 <p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
 142 details of all new features and resolved issues.</p>
 143 </body>
 144 </html>