help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26         <p>
  27                 <strong>What's new ?</strong>
  28         </p>
  29         <p>
  30                 Jalview 2.8.2 is the first release produced by our new core
  31                 development team.<br /> It incorporates many minor improvements and
  32                 bug-fixes, and new features for working with 3D structure data,
  33                 shading alignments by secondary structure and generation of alignment
  34                 figures as Scalable Vector Graphics. <br />The majority of
  35                 improvements in this version of Jalview concern the desktop
  36                 application. As ever, the highlights are detailed below,
  37                 and the full list is given in the <a
  38                         href="releases.html#Jalview.2.8.2">Jalview 2.8.2 Release Notes</a>.
  39         </p>
  40         <p>
  41                 <strong>Annotation visualisation</strong> <br /> The alignment window
  42                 includes a new <em>Annotations</em> menu which provides controls for
  43                 the layout and display of sequence, group and alignment associated
  44                 annotation rows. It also now includes the <em>Autocalculated
  45                         Annotation</em> submenu (formerly located in the View menu), which
  46                 includes settings for the calculation and display of sequence
  47                 consensus, logos, and amino acid conservation for the alignment and
  48                 subgroups.
  49         </p>
  50         <p>
  51                 <strong>Sequence associated annotation</strong><br /> New controls
  52                 have also been added to the Sequence ID popup menu for the propagation
  53                 and display of sequence associated annotation such as secondary
  54                 structure assignments and disorder predictions. Annotation associated
  55                 with one or a group of sequence already shown on the alignment may be
  56                 shown or hidden, and any available annotation from 3D structure or
  57                 calculations performed in other Jalview windows can be copied to the
  58                 alignment
  59                 <em>via</em> the <strong>Add Reference Annotation</strong> option.<br />
  60                 The <strong>Colour by annotation</strong> function has also been
  61                 improved, allowing secondary structure annotation to be used to shade
  62                 sequences and alignment columns. Protein sequences can be coloured
  63                 according to the presence of a helix or sheet at each position, and
  64                 RNA sequences can be shaded according to each structure's stem/helix
  65                 pattern - which enables different RNA folding topologies to be quickly
  66                 identified.
  67         </p>
  68         <p>
  69                 <strong>3D Structural data analysis and display</strong><br />
  70                 Jalview now employs Jmol's PDB data API to retrieve secondary
  71                 structure assignments made by the DSSP algorithm. It can also employ
  72                 web services to obtain secondary structure assignments from RNA
  73                 structures. These assignments are shown as sequence associated
  74                 annotation for sequences which have cross-references to the PDB, or
  75                 have had PDB files associated with them via the <em>Structures</em>
  76                 submenu of the sequence ID popup menu. The extraction and display of
  77                 secondary structure and B-factor column annotation is controlled <em>via</em>
  78                 a new <strong>Structure</strong> tab in the Jalview Desktop's
  79                 Preferences dialog box.
  80         </p>
  81         <p>
  82                 <Strong>Interoperation with UCSF Chimera</Strong><br /> The desktop
  83                 application can now be configured to employ UCSF Chimera for the
  84                 display of 3D structure data. UCSF Chimera is a python-based
  85                 high-performance molecular graphics and animation system developed by
  86                 the Resource for Biocomputing, Visualisation, and Informatics at the
  87                 University of California.<br />Jalview employs the 'StructureViz'
  88                 communication mechanism developed for Cytoscape by Morris et al.
  89                 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17623706) in 2007. This mechanism
  90                 allows Jalview to send commands to Chimera, enabling structures to be
  91                 superimposed and shaded according to associated multiple aligmment
  92                 views. <br />Support for Chimera in Jalview 2.8.2 is experimental, and we
  93                 would appreciate feedback ! Please send your comments to
  94                 jalview-discuss@jalview.org, and keep up to date with this feature's
  95                 development via http://issues.jalview.org/browse/JAL-1333.
  96         </p>
  97         <p>
  98                 <strong>Export of alignment figures as Scalable Vector
  99                         Graphics</strong> <br />Scalable Vector Graphics (SVG) files are now widely
 100                 supported by web browsers and graphics design programs, and allow
 101                 high-quality graphics for interactive exploration and publication.
 102                 Jalview now supports the generation of SVGs interactively (via the
 103                 Export) menu, and from the command line for server-side figure
 104                 generation.
 105         </p>
 106
 107 </body>
 108 </html>