help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21 <title>What's new ?</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24  <p>
  25   <strong>What's new ?</strong><br/>
  26   Jalview 2.8 includes a number of enhancements and new features that
  27   have been in development since July 2010. It is also the first Jalview
  28   release to incorporate RNA visualization features developed by Lauren
  29   Lui and Jan Engelhart during their Google Summer of Code projects
  30   (http://code.google.com/soc/). As usual you can find the highlights
  31   below, but to see the comprehensive list take a look at the look at
  32   the <a href="releases.html#Jalview2.8">Jalview 2.8 Release Notes</a>.
  33  </p>
  34  <strong>Highlights in Jalview Version 2.8</strong>
  35  <ul>
  36   <li><strong>Improved <a href="webServices/JABAWS.html">JABAWS</a>
  37     client and new JABAWS 2.0 Services
  38   </strong>
  39    <ul>
  40     <li><a href="webServices/AACon.html">AACon alignment
  41       conservation</a></li>
  42     <li><a href="webServices/proteinDisorder.html">Protein
  43       disorder</a> - DisEMBL, RONN, GlobPlot and IUPred</li>
  44     <li>Clustal Omega for creating huge protein alignments</li>
  45    </ul></li>
  46   <li><strong><a href="na/index.html">RNA</a></strong>
  47    <ul>
  48     <li>Import sequence and alignment associated WUSS or VIENNA
  49      dot-bracket notation from files and the <strong>RFAM</strong>
  50      database
  51     </li>
  52     <li>Interactive editing of RNA secondary structure annotation</li>
  53     <li>Colour scheme for purine/pyrimidine and to highlight RNA
  54      helices</li>
  55     <li>RNA canonical <a
  56      href="calculations/structureconsensus.html">base pair consensus
  57       score</a> and sequence logo
  58     </li>
  59     <li>Embedded <a href="features/varna.html">VARNA</a> RNA
  60      secondary structure viewer in the Desktop
  61     </li>
  62    </ul></li>
  63   <li>Parse and display <a href="io/tcoffeescores.html">T-COFFEE
  64     alignment quality scores</a> (thanks to Paolo di Tomasso of the Notredame
  65    Group)
  66   </li>
  67   <li><a href="colourSchemes/annotationColouring.html">Per
  68     sequence alignment annotation shading</a></li>
  69   <li>Enhanced <a href="calculations/pca.html">PCA viewer</a>: more
  70    export options, and switch between different PCA modes and residue
  71    score models
  72   </li>
  73   <li>New Jalview Desktop <a href="webServices/dbreffetcher.html">database
  74     fetcher</a> GUI
  75   </li>
  76   <li>Support for DAS 1.6 and DAS 2.0 sources (thanks to the new
  77    JDAS Distributed Annotation client library (see
  78    http://code.google.com/p/jdas))</li>
  79   <li>Export sequence database annotation as an <a
  80    href="io/exportseqreport.html">HTML report</a></li>
  81   <li>Normalised <a href="calculations/consensus.html">Sequence
  82     Logo Display</a></li>
  83  </ul>
  84  <p>
  85   <strong>Issues resolved in the Jalview Desktop</strong>
  86  </p>
  87  <ul>
  88   <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via wsdbfetch
  89    REST service</li>
  90   <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
  91   <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is submitted
  92    for prediction</li>
  93   <li>Structure view highlighting doesn't work on windows 7</li>
  94   <li>Jalview desktop fails to launch with exception when using
  95    proxy</li>
  96   <li>DAS Sequence retrieval with range qualification results in
  97    sequence xref which includes range qualification</li>
  98   <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning dialog is
  99    shown</li>
 100   <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
 101   <li>Jalview 2.7 InstallAnywhere installer doesn't unpack and run
 102    on OSX Mountain Lion
 103    <ul>
 104     <li>If you use webstart then you may need to go into the
 105      Security panel (<em>a.k.a</em> the gatekeeper) in your System
 106      Settings, and select the 'allow any code to run' option.
 107     </li>
 108    </ul>
 109   </li>
 110  </ul>
 111  <p>
 112   <strong>Issues specific to the JalviewLite Applet</strong>
 113  </p>
 114  <ul>
 115   <li>Sequence features are momentarily displayed before they are
 116    hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
 117   <li>loading features via javascript API automatically enables
 118    feature display</li>
 119   <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn't work</li>
 120  </ul>
 121  <p>
 122   <strong>Issues affecting both applet and application</strong>
 123  </p>
 124  <ul>
 125   <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
 126   <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
 127   <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
 128    coloured with clustalx</li>
 129  </ul>
 130 </body>
 131 </html>