help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27   <strong>Jalview 2.10.2b1 bugfix release</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     This is patch release for 2.10.2. See the <a
  31       href="releases.html#Jalview.2.10.2b1">release notes</a>.
  32   </p>
  33   <p>
  34     <strong>What's new in Jalview 2.10.2 ?</strong>
  35   </p>
  36   <p>
  37     Version 2.10.2 was released in August 2017, and introduced new user
  38     interface features, improved and more extensible tree and PCA
  39     analysis, more robust 3D structure viewing with UCSF Chimera and an
  40     updated service client for JABAWS. The full list of bug fixes and
  41     new features can be found in the <a
  42       href="releases.html#Jalview.2.10.2"> 2.10.2 Release Notes</a>, but
  43     the highlights are below.
  44   </p>
  45   <ul>
  46     <li><strong>New dialog and faster and more
  47         configurable Tree and PCA calculations</strong><br> Menu entries for
  48       calculating PCA and different types of tree have been replaced by
  49       a single <a href="calculations/calculations.html"><em>Calculations</em>
  50         dialog box</a>. The underlying implementation for the PCA and tree
  51       calculations have been made faster and more memory efficient.</li>
  52     <li><strong>Extensible score models</strong><br />A new
  53       framework has also been created for the score models used to
  54       calculate distances between sequences and shade alignments. This
  55       framework allows import of substitution matrices in NCBI and
  56       AAIndex format.<br /> <strong>PCA Bug Fixes</strong>. Jalview's
  57       implementation of PCA differed in its treatment of gaps and
  58       non-standard residues. The BLOSUM62 matrix also included a typo
  59       that affected results. See the <a
  60       href="releases.html#2102scoremodelbugs">2.10.2 release note
  61         about score model bugs</a> for details and how to reinstate legacy
  62       behaviour.</li>
  63     <li><strong>Update to JABAWS 2.2</strong><br />Jalview's
  64       alignment, protein conservation analysis, and protein disorder and
  65       RNA secondary structure prediction services are now provided by <a
  66       href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS 2.2</a>.
  67       Several of the programs provided as JABAWS 2.2 services have been
  68       updated, so their options and parameters have changed.</li>
  69     <li><strong>URL linkouts to other bioinformatics
  70         databases</strong><br />New preferences for <a
  71       href="webServices/urllinks.html">opening web pages for
  72         database cross-references</a> via the UK Elixir's EMBL-EBI's MIRIAM
  73       database and identifiers.org services.</li>
  74     <li><strong>Showing and hiding regions</strong> <br /> <a
  75       href="menus/popupMenu.html#hideinserts">Hide insertions</a> in the
  76       PopUp menu has changed its behaviour. Prior to 2.10.2, columns
  77       were only shown or hidden according to gaps in the sequence under
  78       the popup menu. Now, only columns that are gapped in all selected
  79       sequences as well as the sequence under the popup menu are hidden,
  80       and column visibility outside the selected region is left as is.
  81       This makes it easy to filter insertions from the alignment view
  82       (just select the region containing insertions to remove) without
  83       affecting the rest of the hidden columns.</li>
  84     <li><strong>Gap count - a.k.a. the Occupancy
  85         Annotation Row</strong><br /> Another way to filter columns according to
  86       the presence of gaps is to enable the <strong>Occupancy
  87         Annotation</strong> row via Jalview's Preferences. This annotation row
  88       shows a histogram of the number of aligned residues at each
  89       column. The <a href="features/columnFilterByAnnotation.html">Select
  90         By Annotation</a> dialog now also includes a percentage threshold
  91       mode, to make it easy to filter alignments to show only those
  92       columns with a particular fraction of aligned sequences.</li>
  93     <li><strong>Recent search history for Find, PDBe and
  94         Uniprot</strong><br />Easily repeat a previous search for <a
  95       href="features/search.html#queryhistory">Find</a> and the free
  96       text search system (for querying Uniprot and the PDBe).</li>
  97     <li><strong>Improved Overview Window</strong><br />The <a
  98       href="features/overview.html">alignment overview</a> is now easier
  99       to use when working with alignments of more than 5000 rows and
 100       columns, and features a new pop-up menu that allows hidden regions
 101       to be excluded from the overview. It also works with CDS/Protein
 102       alignments and MSA views in wrapped mode.</li>
 103     <li><strong>3D Structure</strong><br />Jalview's communication
 104       with UCSF Chimera has been made more robust, particularly when
 105       working with many structures and long sequences. Regions in
 106       structures that correspond to hidden regions in an alignment view
 107       are now left un-coloured, making it easier to highlight specific
 108       features in 3D. See below for <a href="#experimental">experimental
 109         features for exchanging annotation between Chimera and Jalview.</a></li>
 110   </ul>
 111   <p>
 112     <strong>Scripting</strong><br />New <a
 113       href="http://www.jalview.org/examples/groovy">groovy examples</a>
 114     demonstrate Jalview 2.10.2 APIs for creation of data-driven
 115     colourschemes, and custom alignment file handlers. The <a
 116       href="groovy/featuresCounter.html">FeatureAnnotationWorker</a>
 117     introduced in Jalview 2.10 has also been refactored to allow
 118     efficient counting across multiple feature types. Please be aware
 119     that feature counter scripts created for earlier versions will not
 120     execute in Jalview 2.10.2.
 121   </p>
 122   <p>
 123     <strong><a name="experimental">Experimental Features</a></strong>
 124   </p>
 125   <p>
 126     This release of Jalview introduces an <em>Experimental Features</em>
 127     option in the Jalview Desktop's <em>Tools</em> menu that allows you
 128     to try out features that are still in development. To access the
 129     experimental features below - first enable the <strong>Tools&#8594;Enable
 130       Experimental Features</strong> option, and then restart Jalview.
 131   </p>
 132   <ul>
 133     <li><em>Annotation transfer between Chimera and Jalview</em><br />Two
 134       <a href="features/chimera.html#experimental">new entries in
 135         the Chimera viewer's Chimera menu</a> allow positional annotation to
 136       be exchanged between Chimera and Jalview.</li>
 137   </ul>
 138
 139 </body>
 140 </html>