help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview 2.9.0b2 is a bug fix release for Jalview 2.9.
  31     The release of Jalview 2.9 in September 2015 included
  32     a multitude of bug fixes and minor improvements (both small, and
  33     rather big!), it also brings major new capabilities for codon-level
  34     analysis of protein alignments and the retrieval and manipulation of
  35     structural data.</p><p>For the patches since version 2.9 was released, see the
  36     <a href="releases.html#Jalview.2.9.0b2">Jalview 2.9.0b2 Release Notes</a>.
  37   </p>
  38   <p>
  39     <strong>Highlights in Jalview 2.9</strong>
  40   <ul>
  41     <li><strong>Visualisation, editing and analysis of
  42         cDNA and Protein alignments</strong><br />A new <a
  43       href="features/splitView.html">Split View</a> window allows linked
  44       protein and nucleotide sequence alignments to be viewed, edited,
  45       and analysed as one. <br />cDNA alignments can also be
  46       reconstructed from protein alignments calculated by Jalview's web
  47       services, and update in response to edits in the amino acid view.<br />To
  48       start experimenting with cDNA/Protein analysis, jut drop a file
  49       containing cDNA sequences which code for proteins in an existing
  50       alignment, and Jalview will do the rest.</li>
  51     <li><strong>Enhanced Integration of UCSF Chimera</strong> <br>Jalview
  52       2.9 provides full support for the use of Chimera to view 3D
  53       structures linked to alignment views in the Jalview Desktop. We've
  54       also included support for saving Chimera sessions in Jalview
  55       project files.<br />Jalview and Chimera communicate using local
  56       web server connections, which may cause firewall alerts on some
  57       systems, but has the advantage of allowing bidirectional
  58       communication. Communication between Jalview and Chimera is now
  59       much more responsive, and selected regions in Chimera are now
  60       shown as highlighted regions in the Jalview desktop.</li>
  61     <li><strong>Interactive querying of the PDBe</strong><br />Jalview
  62       users can now <a href="features/pdbsequencefetcher.html">browse</a> and <a href="features/viewingpdbs.html">retrieve 3D structure</a> data from the PDB
  63       via the <a href="http://www.ebi.ac.uk/pdbe/api/doc/search.html">PDBe
  64         Search API</a> (<a href="http://dx.doi.org/10.1093%2Fnar%2Fgkt1180">Gutmanas
  65         et al 2014</a>). Developed in collaboration with the PDBe group at
  66       EMBL-EBI, the interface allows both structured and free-text
  67       queries to be performed, and allows automatic selection of the
  68       most relevant structures for an alignment acording to a variety of
  69       criteria.</li>
  70     <li><strong>Improved support for RNA visualisation</strong><br />Jalview
  71       2.9 integrates the latest version of the <a
  72       href="features/varna.html">VARNA RNA Viewer</a>, and VARNA views
  73       can also now be stored in Jalview projects. We've also dealt with
  74       a number of lingering bugs in the VARNA/Jalview interface,
  75       including the loss of pseudoknots when RNA secondary structure is
  76       shown VARNA.</li>
  77     <li><strong>Protein Secondary Structure predictions
  78         with JPred4</strong><br />Jalview includes a number of new features for
  79       working with secondary structure predictions from the JPred4
  80       server. These include new <a href="menus/popupMenu.html#hideinserts">popup menu actions</a> to automatically hide insertions and highlight
  81       mutations in an alignment with respect to a <a href="calculations/referenceseq.html">Reference
  82         Sequence</a>. Jalview 2.9's new <a href="io/export.html#htmlexport">scrollable
  83         SVG HTML export</a> was also developed specifically for the JPred4
  84       server.</li>
  85   </ul>
  86
  87 </body>
  88 </html>