help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>What's new ?</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23  <p>
  24   <strong>What's new ?</strong>
  25  </p>
  26  <p>Jalview 2.8 includes a brand new logo, which you'll see in file
  27   browsers, splash screens, and also on the new look Jalview site.</p>
  28  <p>
  29   In addition to our new look, Jalview 2.8 includes a number of new
  30   features.. some of which have been in development since July 2010. The
  31   highlights are below, and - as usual, for a comprehensive list, take a
  32   look at the <a href="releases.html#Jalview2.8">Jalview 2.8 Release
  33    Notes</a>.
  34  </p>
  35  <p>
  36   <strong>Highlights in Jalview Version 2.8</strong>
  37  </p>
  38  <ul>
  39   <li>Improved JABA client and new JABAWS 2.0 Services
  40    <ul>
  41     <li>AACon alignment conservation</li>
  42     <li>Protein disorder - DisEMBL, RONN, GlobPlot and IUPred</li>
  43     <li>Clustal Omega - huge protein alignments</li>
  44    </ul>
  45   </li>
  46   <li><strong>Support for RNA</strong>
  47    <ul>
  48     <li>Import sequence and alignment associated WUSS or VIENNA
  49      secondary structure notation from stockholm and clustalW files or
  50      as jalview annotation.</li>
  51     <li>Interactive editing of RNA secondary structure annotation</li>
  52     <li>Colour scheme for purine/pyrimidine and to highlight RNA
  53      helices</li>
  54     <li>RNA canonical base pair consensus score and sequence logo</li>
  55     <li>Embedded <a href="http://varna.lri.fr/">VARNA</a> RNA
  56      secondary structure viewer in the Desktop
  57     </li>
  58    </ul> See <a href="na/index.html">Nucleic Acid Support</a> for full
  59    details.</li>
  60   <li>Parse and display T-COFFEE alignment quality scores</li>
  61   <li>Shade individual sequence positions according to alignment
  62    annotation scores</li>
  63   <li>Enhanced PCA viewer: more export options, and switch between
  64    different PCA modes and residue score models</li>
  65   <li>New Jalview Desktop database fetcher GUI</li>
  66   <li>Support for DAS 1.6 and DAS 2.0 sources</li>
  67   <li>Export sequence database annotation as HTML report</li>
  68   <li>Normalised Sequence Logo Display</li>
  69  </ul>
  70  <p>
  71   <strong>Issues Resolved (a select list - see the <a
  72    href="releases.html#Jalview2.8">release history</a> for full details)
  73   </strong>
  74  </p>
  75  <p>
  76   <strong>Issues in the Jalview Desktop</strong>
  77  <ul>
  78   <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via wsdbfetch
  79    REST service<!--<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-636'>JAL-636</a>-->
  80   </li>
  81   <li>
  82    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-368'>JAL-368</a>] -         -->
  83    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-153'>JAL-153</a>] -        -->Stop
  84    windows being moved outside desktop on OSX
  85   </li>
  86   <li>
  87    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-758'>JAL-758</a>] -         -->Filetype
  88    associations not installed for webstart launch
  89   </li>
  90   <li>
  91    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-849'>JAL-849</a>] -         -->Jalview
  92    does not always retrieve progress of a JABAWS job execution in full
  93    once it is complete
  94   </li>
  95   <li>
  96    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-983'>JAL-983</a>] -         -->View
  97    all structures superposed fails with exception
  98   </li>
  99   <li>
 100    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-994'>JAL-994</a>] -         -->Jnet
 101    job queues forever if a very short sequence is submitted for
 102    prediction
 103   </li>
 104   <li>
 105    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1022'>JAL-1022</a>] -         -->Structure
 106    view highlighting doesn&#39;t work on windows 7
 107   </li>
 108   <li>
 109    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1026'>JAL-1026</a>] -         -->Jalview
 110    desktop fails to launch with exception when using proxy
 111   </li>
 112   <li>
 113    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1031'>JAL-1031</a>] -         -->Tree
 114    calculation reports &#39;you must have 2 or more sequences
 115    selected&#39; when selection is empty
 116   </li>
 117   <li>
 118    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1062'>JAL-1062</a>] -         -->DAS
 119    Sequence retrieval with range qualification results in sequence xref
 120    which includes range qualification
 121   </li>
 122   <li>
 123    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1111'>JAL-1111</a>] -         -->Cannot
 124    close news reader when JABAWS server warning dialog is shown
 125   </li>
 126   <li>
 127    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1131'>JAL-1131</a>] -         -->Edited
 128    sequence not submitted to web service
 129   </li>
 130   <li>
 131    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1134'>JAL-1134</a>] -         -->Jalview
 132    2.7 Webstart and InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
 133    on OSX Mountain Lion
 134    <ul>
 135     <li>The workaround for webstart is to go into the Security
 136      panel (gatekeeper symbol) under System settings, and select the
 137      'allow any code to run' setting.</li>
 138    </ul>
 139   </li>
 140   <li>
 141    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1144'>JAL-1144</a>] -         -->Annotation
 142    panel not given a scroll bar when sequences with alignment annotation
 143    are pasted into the alignment
 144   </li>
 145   <li>
 146    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1148'>JAL-1148</a>] -         -->Sequence
 147    associated annotation rows not associated when loaded from jalview
 148    project
 149   </li>
 150   <li>
 151    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1145'>JAL-1145</a>] -         -->Exceptions
 152    when copy/paste sequences with grouped annotation rows to new window
 153   </li>
 154   <li>
 155    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1149'>JAL-1149</a>] -         -->Browser
 156    launch fails with NPE on java 1.7
 157   </li>
 158
 159  </ul>
 160
 161  <strong>Issues specific to the JalviewLite Applet</strong>
 162  <ul>
 163   <li>
 164    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-962'>JAL-962</a>] -         -->Sequence
 165    features are momentarily displayed before they are hidden using
 166    hidefeaturegroups applet parameter
 167   </li>
 168   <li>
 169    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-965'>JAL-965</a>] -         -->loading
 170    features via javascript API automatically enables feature display
 171   </li>
 172   <li>
 173    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1170'>JAL-1170</a>] -         -->scrollToColumnIn
 174    javascript API method doesn&#39;t work
 175   </li>
 176  </ul>
 177  <strong>Issues affecting both applet and application</strong>
 178  <em>General</em>
 179  <ul>
 180   <li>
 181    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1007'>JAL-1007</a>] -         -->Redundancy
 182    removal fails for rna alignment
 183   </li>
 184   <li>
 185    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1033'>JAL-1033</a>] -         -->PCA
 186    window shows grey box when first opened on OSX
 187   </li>
 188   <li>
 189    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1086'>JAL-1086</a>] -        -->Letters
 190    coloured pink in sequence logo when alignment coloured with clustalx
 191   </li>
 192   <li>
 193    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1099'>JAL-1099</a>] -         -->Choosing
 194    fonts without letter symbols defined causes exceptions and redraw
 195    errors
 196   </li>
 197   <li>
 198    <!--[<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1123'>JAL-1123</a>] -         -->Initial
 199    PCA plot view is not same as manually reconfigured view
 200   </li>
 201  </ul>
 202 </body>
 203 </html>