help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new in Jalview 2.10.2 ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Full details about Jalview 2.10.2 are in the <a
  31       href="releases.html#Jalview.2.10.2"> Release Notes</a>, but the
  32     highlights are below.
  33   </p>
  34   <ul>
  35     <li><strong>New UI, and faster and more configurable
  36         implementation for PCA, Neighbour-Joining and UPGMA Trees</strong><br>
  37       Menu entries for calculating PCA and different types of tree have
  38       been replaced by a single <em>Calculations</em> dialog box. The
  39       underlying implementation for the PCA and tree calculations have
  40       been made faster and more memory efficient. A new framework has
  41       also been created for the score models used to calculate distances
  42       between sequences. This framework allows import of substitution
  43       matrices in NCBI and AAIndex format, and custom score models to be
  44       created via a groovy script.</li>
  45     <li><strong>Update to JABAWS 2.2</strong><br />Jalview's
  46       alignment, protein conservation analysis, and protein disorder and
  47       RNA secondary structure prediction services are now provided by <a
  48       href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS 2.2</a>.
  49       Several of the programs provided as services have been updated, so
  50       their options and parameters have changed.</li>
  51     <li>New preferences for <a href="webServices/urllinks.html">opening
  52         web pages for database cross-references</a> via the UK Elixir's
  53       EMBL-EBI's MIRIAM database and identifiers.org services.
  54     </li>
  55     <li><em>Showing and hiding regions</em>
  56       <ul>
  57         <li><a href="menus/popupMenu.html#hideinserts">Hide
  58             insertions</a> in the PopUp menu has changed its behaviour.
  59           Prior to 2.10.2, columns were only shown or hidden according
  60           to gaps in the sequence under the popup menu. Now, only
  61           columns that are gapped in all selected sequences as well as
  62           the sequence under the popup menu are hidden, and column
  63           visibility outside the selected region is left as is. This
  64           makes it easy to filter insertions from the alignment view
  65           (just select the region containing insertions to remove)
  66           without affecting the rest of the hidden columns.</li>
  67       </ul></li>
  68     <li>Recent search histories for <a
  69       href="features/search.html#queryhistory">Find</a> and the free
  70       text search system (for querying Uniprot and the PDBe).</li>
  71   </ul>
  72   <p>
  73     <strong><a name="experimental">Experimental Features</a></strong>
  74   </p>
  75   <p>
  76     This release of Jalview includes a new option in the Jalview Desktop
  77     that allows you to try out features that are still in development.
  78     To access the features described below, please first enable the <strong>Tools&#8594;Enable
  79       Experimental Features</strong> option, and then restart Jalview.
  80   </p>
  81   <ul>
  82     <li><em>Annotation transfer between Chimera and Jalview</em><br />Two
  83       <a href="features/chimera.html#experimental">new entries in
  84         the Chimera viewer's Chimera menu</a> allow positional annotation to
  85       be exchanged between Chimera and Jalview.</li>
  86   </ul>
  87   <p>
  88     <strong>Scripting</strong><br />New <a
  89       href="http://www.jalview.org/examples/groovy">groovy examples</a>
  90     demonstrate Jalview 2.10.2 APIs for creation of data-driven
  91     colourschemes, and custom alignment file handlers. The <a
  92       href="groovy/featuresCounter.html">FeatureAnnotationWorker</a>
  93     introduced in Jalview 2.10 has also been refactored to allow
  94     efficient counting across multiple feature types. Please be aware
  95     that feature counter scripts created for earlier versions will not
  96     execute in Jalview 2.10.2.
  97   </p>
  98 </body>
  99 </html>