help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new in Jalview 2.10 ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview 2.10 is the next major release in the Jalview 2 series. Full
  31     details are in the <a href="releases.html#Jalview.2.10.0">Jalview
  32       2.10 Release Notes</a>, but the highlights are below.
  33   </p>
  34   <ul>
  35     <li><strong>Ensembl sequence fetcher.</strong> Annotated Genes,
  36       transcripts and proteins can be retrieved via Jalview's new <a
  37       href="features/ensemblsequencefetcher.html">Ensembl REST
  38         client</a>. Support for import of Ensembl data allows:
  39       <ul>
  40         <li><strong>Sequence variant data.</strong> Jalview
  41           propagates variant annotation on genomic regions onto transcripts and
  42           protein products, complete with associated metadata such as
  43           clinical significance.</li>
  44         <li><strong>Aligned locus view.</strong> Transcripts
  45           retrieved for a gene identifier via the Ensembl or
  46           EnsemblGenomes sequence databases are automatically aligned to
  47           their reference genome, and introns hidden from the view.</li>
  48       </ul></li>
  49     <li><strong>Working with structures.</strong>
  50       <ul>
  51         <li><strong>More accurate structure mappings.</strong>
  52           Jalview now utilises the PDBe's SIFTS database (at EMBL-EBI)
  53           to <a href="features/siftsmapping.html">match structures
  54             to UniProt sequences</a>, even for structures containing
  55           multiple copies of a sequence.</li>
  56         <li><strong>Import structures as mmCIF</strong>. Jalview
  57           now downloads data from the EMBL-EBI's PDBe site as <a href="features/mmcif.html">mmCIF</a>.
  58           This allows very large structures to be imported, such as the HIV virus capsid assembly.</li>
  59         <li><strong>Chimera users will need to upgrade to
  60             1.11.1.</strong>If you use Chimera to view structures downloaded by
  61           Jalview 2.10, you will need to make sure you are running the
  62           latest version of <a href="features/chimera.html">Chimera</a>.</li>
  63       </ul></li>
  64     <li><strong>UniProt Free Text Search.</strong> The new search
  65       dialog for UniProt allows you to browse and retrieve sequences
  66       from UniProt with free-text search and more structured queries</li>
  67     <li><strong>Reference sequence alignment view.</strong>.
  68       Jalview 2.9 introduced support for reference sequences. In 2.10,
  69       when a reference sequence is defined for the alignment, the
  70       alignment column ruler is now numbered according to the reference
  71       sequence. The reference sequence for alignment views can also be
  72       saved and restored from Jalview projects.</li>
  73     <li><strong>Ensembl and ENA 'show cross-references'
  74         support.</strong>The Calculations menu's <strong>'Show cross-references'</strong> will now
  75       offer Ensembl as well as EMBLCDS and Uniprot when CDS/Protein
  76       mapping data is available for download or display.</li>
  77
  78   </ul>
  79
  80 </body>
  81 </html>