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   2 version: 2.11.3.0
   3 date: 2023-11-03
   4 channel: "release"
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   7 ## New Features
   8 - <!-- JAL-4064 --> Native M1 build for macOS using Adoptium JRE 11 macos-aarch64
   9 - <!-- JAL-3416 --> Jalview now uses a standard 'look and feel' (FlatLaf) on Linux, OSX and everywhere else
  10 - <!-- JAL-4019 --> Ambiguous Base Colourscheme
  11 - <!-- JAL-4061 --> Find can search sequence features' type and description
  12 - <!-- JAL-4062 --> Hold down Shift + CMD/CTRL C to copy highlighted regions as new sequences
  13 - <!-- JAL-1556 --> Quickly enable select and/or colour by for displayed annotation row via annotation panel popup menu
  14 - <!-- JAL-4094 --> Shift+Click+Drag to adjust height of all annotation tracks of same type
  15 - <!-- JAL-4190 --> Pressing escape in tree panel clears any current selection
  16 - <!-- JAL-4089 --> Use selected columns for superposition
  17 - <!-- JAL-4086 --> Highlight aligned positions on all associated structures when mousing over a column
  18 - <!-- JAL-4221 --> sequence descriptions are updated from database reference sources if not already defined
  19 - <!-- JAL-4273 --> Visible adjuster marks to grab and adjust annotation panel height and id width
  20 - <!-- JAL-4260 --> Adjustable ID margin when alignment is wrapped
  21 - <!-- JAL-4274 --> Command line options and configurable bitmap export (via preferences file) for height, width and scale factor
  22 - <!-- JAL-4307 --> Show or hide ligands in a Jmol structure view via View Ligands submenu
  23 - <!-- JAL-4252 --> Jmol's display is antialiased by default (smoother, less pixellated)
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  25 ### Improved support for working with structures and computationally determined models
  26 - <!-- JAL-3895 --> Alphafold red/orange/yellow/green colourscheme for structures
  27 - <!-- JAL-4095 --> Interactive picking of low pAE score regions
  28 - <!-- JAL-4027, JAL-3858, JAL-2292 --> Predicted Alignment Error annotation tracks for structures from AlphaFold DB
  29 - <!-- JAL-4033 --> Selections with visual feedback via contact matrix annotation
  30 - <!-- JAL-3855 --> Discover and import alphafold2 models and metadata from https://alphafold.ebi.ac.uk/
  31 - <!-- JAL-4091 --> Visual indication of relationship with associated sequence to distinguish different sequence associated annotation rows
  32 - <!-- JAL-4123 --> GUI and command line allows configuration of how temperature factor in imported 3D structure data should be interpreted
  33 - <!-- JAL-3914 --> Import model reliability scores encoded as temperature factor annotation with their correct name and semantics
  34 - <!-- JAL-3858 --> Import and display alphafold alignment uncertainty matrices from JSON
  35 - <!-- JAL-4134,JAL-4158 --> Column-wise alignment groups and selections and interactive tree viewer for PAE matrices
  36 - <!-- JAL-4124 --> Store/Restore PAE data and visualisation settings from Jalview Project
  37 - <!-- JAL-4281 --> Store and restore adjustable ID margin and annotation panel height in Jalview projects
  38 - <!-- JAL-4083 --> Multiple residue sidechain highlighting in structure viewers from PAE mouseovers
  39 - <!-- JAL-4147 --> Per-structure and chain shown when annotation shown sorted by label enabling secondary structure and temperature factor scores from different chains and structures for the same sequence to be visually compared.
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  42 ### Jalview on the command line
  43 - <!-- JAL-4160,JAL-629,JAL-4262,JAL-4265, --> New command line argument framework allowing flexible batch processing, import of structures, pae matrices and other sequence associated data, and alignment and structure figure generation.
  44 - <!-- JAL-3830 --> Command-line wrapper script for macOS bundle, linux and Windows installations (bash, powershell and .bat wrappers)
  45 - <!-- JAL-4121 --> Assume --headless when jalview is run with a command line argument that generates output
  46 - <!-- JAL-244 --> Automatically adjust Left margin on import to avoid cropping of annotation labels & sequence IDs
  47 - <!-- JAL-901 --> Specify alignment title on import via --title argument
  48 - <!-- JAL-4195,JAL-4194,JAL-4193 --> sensible responses from the CLI when things go wrong during image export
  49 - Add a command line option to set Jalview properties for this session only
  50 - Add a command line option to suppress opening the startup file for this session
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  52 ### Other improvements
  53 - <!-- JAL-4250 --> Secondary structure annotation glyphs are rendered anti-aliasing when enabled
  54 - <!-- JAL-325 --> Helix and Sheet glyphs vertically centered with respect to grey coil secondary structure annotation track
  55 - <!-- JAL-4317 --> feature should be displayed when its rendering and filtering settings are adjusted
  56 - <!-- JAL-4250 --> Updated JFreeSVG (https://www.jfree.org/jfreesvg) from 2.1 to 3.4.3
  57 - <!-- JAL-3119 --> Name of alignment and view included in overview window's title
  58 - <!-- JAL-4213 --> "add reference annotation" add all positions in reference annotation tracks, not just positions in the currently highlighted columns/selection range
  59 - <!-- JAL-4119 --> EMBL-EBI SIFTS file downloads now use split directories
  60 - <!-- JAL-3820 --> In Linux desktops' task-managers, the grouped Jalview windows get a generic name
  61 - <!-- JAL-4206 --> Improved file chooser's 'recent files' view and added filter for 'All known alignment files'
  62 - <!-- JAL-4206 --> Relative files added to recent files list via import from command line are selected when Jalview opened from same location
  63 - <!-- JAL-4308 --> Reduce number of database crossreferences shown in tooltip
  64 - <!-- JAL-4315 --> Drag and drop feature colours file on an alignment to quickly apply feature settings
  65 - <!-- JAL-3676 --> Allow log level configuration via Jalview's Java Console, and a Copy to Clipboard button
  66 - <!-- JAL-4304,JAL-4305 --> Upgrade bundled groovy to v4.0.15 and regularised interface for groovy scripts run from CLI, interactively and headlessly.
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  68 ### Development and Deployment
  69 - <!-- JAL-4054 --> Installers built with install4j10
  70 - <!-- JAL-4167 --> Create separate gradle test task for some tests
  71 - <!-- JAL-4212 --> Prevent gradle test on macOS continuously grabbing focus
  72 - <!-- JAL-4111 --> Allow gradle build to create suffixed DEVELOP-... builds with channel appbase
  73 - <!-- JAL-4288 --> Update .jvl generation in build.gradle for jalview branch builds
  74 - <!-- JAL-4243 --> Jalview bio.tools description maintained under jalview's git repo and bundled with source release
  75 - <!-- JAL-4110 --> Output stderr and stdout when running tests via gradle
  76 - <!-- JAL-3599 --> New gradle task providing runtime acceptance test for JalviewJS  based on Chromium for Tests (still work in progress)
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  78 ## Issues Resolved
  79 - <!-- JAL-2961 --> Jmol view not always centred on structures when multiple structures are viewed
  80 - <!-- JAL-3776 --> Cancelling interactive calculation leaves empty progress bar.
  81 - <!-- JAL-3772 --> Unsaved Alignment windows close without prompting to save, individually or at application quit.
  82 - <!-- JAL-1988 --> Can quit Jalview while 'save project' is in progress
  83 - <!-- JAL-4126 --> 'Use original colours' option of colour by annotation not honoured when restoring view from project
  84 - <!-- JAL-4116 --> PDB structures slow to view when Jalview Java Console is open (2.11.2.7 patch)
  85 - <!-- JAL-3784 --> Multiple overview windows can be opened for a particular alignment view when multiple views are present
  86 - <!-- JAL-3785 --> Overview windows opened automatically (due to preferences settings) lack title
  87 - <!-- JAL-2353 --> Show Crossrefs fails to retrieve CDS from ENA or Ensembl for sequences retrieved from Uniprot due to version numbers in cross-reference accession
  88 - <!-- JAL-4184 --> Stockholm export does not include sequence descriptions
  89 - <!-- JAL-4075 --> Don't add string label version of DSSP secondary structure codes in secondary structure annotation rows
  90 - <!-- JAL-4182 --> reference annotation not correctly transferred to alignment containing a sub-sequence when a selection is active
  91 - <!-- JAL-4177 --> Can press 'Add' or 'New View' multiple times when manually adding and viewing a 3D structure via structure chooser
  92 - <!-- JAL-4311 --> 3D beacons sources providing models scored with PLDDT and pTM not sorted against alphaFoldDB models
  93 - <!-- JAL-4133 --> Jalview project does not preserve font aspect ratio when Viewport is zoomed with mouse
  94 - <!-- JAL-4253,JAL-4293 --> Lower line of the sequence group border does not align with vertical and background residue box
  95 - <!-- JAL-4128 --> Resizing overview quickly with solid-drags enabled causes exception
  96 - <!-- JAL-4150 --> Sequences copied to clipboard from within Jalview cannot be pasted via the desktop's popup menu to a new alignment window
  97 - <!-- JAL-2528, JAL-1713 --> Overview window is saved in project file, and state of 'show hidden regions' is preserved.
  98 - <!-- JAL-4153 --> JvCacheableInputBoxTest flaky on build server
  99 - <!-- JAL-4255 --> SLF4J produces an error to STDERR at Jalview startup due to missing class
 100 - <!-- JAL-4189 --> macOS Dock and KDE taskbar names Jalview icon "java" when running
 101 - <!-- JAL-2910 --> HeadlessException in console in headless mode (actually fixed in 2.11.{0,1,2))
 102 - <!-- JAL-3783 --> Groovy console does not open when Jalview launched from jalview's Java 11 executable jar (available via conda) for recent versions of groovy
 103 - <!-- JAL-4310 --> Don't offer View model page for sources that do not have model pages
 104 - <!-- JAL-4298 --> Java Console opening at startup with the exampleFile_v2_7.jvp opening (nearly always) causes Jalview to hang
 105 - <!-- JAL-4282 --> automatic positioning of ID width for imported project can fail for certain font size configured in User preferences (affects most versions of Jalview prior to 2.11.3.0)
 106 - <!-- JAL-4223 --> RNAML import missing terminal residue
 107 - <!-- JAL-4218 --> Jalview source distribution unnecessarily includes dist directory with built jalview jar and dependencies
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 109 ## New Known defects
 110 - <!-- JAL-4303 --> EBI-AlphaFold PLDDT colours cannot be overlaid on alignment via 'Colour by annotation' unless the alignment's colourscheme has been set to 'None' via the Colours menu.
 111 - <!-- JAL-4302 --> Tree renderer doesn't show bottom-most leaves of tree when Fit-To-Window is enabled.
 112 - <!-- JAL-4178 --> Cannot cancel structure view open action once it has been started via the structure chooser dialog
 113 - <!-- JAL-4142 --> Example project's multiple views do not open in distinct locations when eXpand views is used to show them all separately
 114 - <!-- JAL-4127 --> 'Reload' for a jalview project results in all windows being duplicated
 115 - <!-- JAL-4325 --> Overview shown and then closed when importing legacy jalview projects without overview store/restore information
 116 - <!-- JAL-4165 --> Missing last letter when copying consensus sequence from alignment if first column is hidden
 117 - <!-- JAL-4261 --> Last sequence ID in alignment not shown and annotation labels are misaligned in HTML export
 118 - <!-- JAL-3024 --> Files opened via command line with a relative path are added as relative paths to Recent files list (since 2.0.x)
 119 - <!-- JAL-4291 --> Test coverage for ID width adjustment disabled pending fix for new annotation label geometry and width calculation
 120 - <!-- JAL-4323 --> scripts adding new fileformats or colourschemes do not work when run via command line
 121 - <!-- JAL-4290 --> Headless alignment export with structure annotations doesn't include secondary structure and temperature factor
 122 - <!-- JAL-4151 --> Copy sequences from one alignment and Pasting as new window in another alignment doesn't propagate title from original alignment's window
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