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   2 channel: release
   3 version: 2.4
   4 date: 2008-08-27
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   7 ## New Features
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  11 ### User Interface
  12 - Linked highlighting of codon and amino acid from translation and protein products
  13 - Linked highlighting of structure associated with residue mapping to codon position
  14 - Sequence Fetcher provides example accession numbers and 'clear' button
  15 - MemoryMonitor added as an option under Desktop's Tools menu
  16 - Extract score function to parse whitespace separated numeric data in description line
  17 - Column labels in alignment annotation can be centred.
  18 - Tooltip for sequence associated annotation give name of sequence
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  21 ### Web Services and URL fetching
  22 - JPred3 web service
  23 - Prototype sequence search client (no public services available yet)
  24 - Fetch either seed alignment or full alignment from PFAM
  25 - URL Links created for matching database cross references as well as sequence ID
  26 - URL Links can be created using regular-expressions
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  29 ### Sequence Database Connectivity
  30 - Retrieval of cross-referenced sequences from other databases
  31 - Generalised database reference retrieval and validation to all fetchable databases
  32 - Fetch sequences from DAS sources supporting the sequence command
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  35 ### Import and Export
  36 - export annotation rows as CSV for spreadsheet import
  37 - Jalview projects record alignment dataset associations, EMBL products, and cDNA sequence mappings
  38 - Sequence Group colour can be specified in Annotation File
  39 - Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB triplet as name of colourscheme
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  42 ### VAMSAS Client capabilities (Experimental)
  43 - treenode binding for VAMSAS tree exchange
  44 - local editing and update of sequences in VAMSAS alignments (experimental)
  45 - Create new or select existing session to join
  46 - load and save of vamsas documents
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  49 ### Application command line
  50 - -tree parameter to open trees (introduced for passing from applet)
  51 - -fetchfrom command line argument to specify nicknames of DAS servers to query for alignment features
  52 - -dasserver command line argument to add new servers that are also automatically queried for features
  53 - -groovy command line argument executes a given groovy script after all input data has been loaded and parsed
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  56 ### Applet-Application data exchange
  57 - Trees passed as applet parameters can be passed to application (when using "View in full application")
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  60 ### Applet Parameters
  61 - feature group display control parameter
  62 - debug parameter
  63 - showbutton parameter
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  66 ### Applet API methods
  67 - newView public method
  68 - Window (current view) specific get/set public methods
  69 - Feature display control methods
  70 - get list of currently selected sequences
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  73 ### New Jalview distribution features
  74 - InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1
  75 - RELEASE file gives build properties for the latest Jalview release.
  76 - Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate property controls execution of obfuscator
  77 - Build target for generating source distribution
  78 - Debug flag for javacc
  79 - .jalview_properties file is documented (slightly) in jalview.bin.Cache
  80 - Continuous Build Integration for stable and development version of Application, Applet and source distribution
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  83 ## Issues Resolved
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  85 - selected region output includes visible annotations (for certain formats)
  86 - edit label/displaychar contains existing label/char for editing
  87 - update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)
  88 - shorter peptide product names from EMBL records
  89 - Newick string generator makes compact representations
  90 - bootstrap values parsed correctly for tree files with comments
  91 - pathological filechooser bug avoided by not allowing filenames containing a ':'
  92 - Fixed exception when parsing GFF files containing global sequence features
  93 - Alignment datasets are finalized only when number of references from alignment sequences goes to zero
  94 - Close of tree branch colour box without colour selection causes cascading exceptions
  95 - occasional negative imgwidth exceptions
  96 - better reporting of non-fatal warnings to user when file parsing fails.
  97 - Save works when Jalview project is default format
  98 - Save as dialog opened if current alignment format is not a valid output format
  99 - UniProt canonical names introduced for both das and vamsas
 100 - Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo
 101 - error messages passed up and output when data read fails
 102 - edit undo recovers previous dataset sequence when sequence is edited
 103 - allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like those generated by MODELLER) to be read in properly
 104 - allow reading of JPred concise files as a normal filetype
 105 - Stockholm annotation parsing and alignment properties import fixed for PFAM records
 106 - Structure view windows have correct name in Desktop window list
 107 - annotation consisting of sequence associated scores can be read and written correctly to annotation file
 108 - Aligned cDNA translation to aligned peptide works correctly
 109 - Fixed display of hidden sequence markers and non-italic font for representatives in Applet
 110 - Applet Menus are always embedded in applet window on Macs.
 111 - Newly shown features appear at top of stack (in Applet)
 112 - Annotations added via parameter not drawn properly due to null pointer exceptions
 113 - Secondary structure lines are drawn starting from first column of alignment
 114 - UniProt XML import updated for new schema release in July 2008
 115 - Sequence feature to sequence ID match for Features file is case-insensitive
 116 - Sequence features read from Features file appended to all sequences with matching IDs
 117 - PDB structure coloured correctly for associated views containing a sub-sequence
 118 - PDB files can be retrieved by applet from Jar files
 119 - feature and annotation file applet parameters referring to different directories are retrieved correctly
 120 - Fixed application hang whilst waiting for splash-screen version check to complete
 121 - Applet properly URLencodes input parameter values when passing them to the launchApp service
 122 - display name and local features preserved in results retrieved from web service
 123 - Visual delay indication for sequence retrieval and sequence fetcher initialisation
 124 - updated Application to use DAS 1.53e version of dasobert DAS client
 125 - Re-instated Full AMSA support and .amsa file association
 126 - Fixed parsing of JNet Concise annotation *sans* sequences