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   2 channel: release
   3 version: 2.5
   4 date: 2010-04-30
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   7 ## New Features
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  11 ### New Capabilities
  12 - URL links generated from description line for regular-expression based URL links (applet and application)
  13 - Non-positional feature URL links are shown in link menu
  14 - Linked viewing of nucleic acid sequences and structures
  15 - Automatic Scrolling option in View menu to display the currently highlighted region of an alignment.
  16 - Order an alignment by sequence length, or using the average score or total feature count for each sequence.
  17 - Shading features by score or associated description
  18 - Subdivide alignment and groups based on identity of selected subsequence (Make Groups from Selection).
  19 - New hide/show options including Shift+Control+H to hide everything but the currently selected region.
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  22 ### Application
  23 - Fetch DB References capabilities and UI expanded to support retrieval from DAS sequence sources
  24 - Local DAS Sequence sources can be added via the command line or via the Add local source dialog box.
  25 - DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as database references and protein_name is parsed as description line (BioSapiens terms).
  26 - Enable or disable non-positional feature and database references in sequence ID tooltip from View menu in application.
  27 - Group-associated consensus, sequence logos and conservation plots
  28 - Symbol distributions for each column can be exported and visualized as sequence logos
  29 - <!-- todo for applet --> Optionally scale multi-character column labels to fit within each column of annotation row
  30 - Optional automatic sort of associated alignment view when a new tree is opened.
  31 - Jalview Java Console
  32 - Better placement of desktop window when moving between different screens.
  33 - New preference items for sequence ID tooltip and consensus annotation
  34 - Client to submit sequences and IDs to Envision2 Workflows
  35 - *Vamsas Capabilities*
  36   - Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive used to preserve views, structures, and tree display settings)
  37   - Import of vamsas documents from disk or URL via command line
  38   - Sharing of selected regions between views and with other VAMSAS applications (Experimental feature!)
  39   - Updated API to VAMSAS version 0.2
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  42 ### Applet
  43 - Middle button resizes annotation row height
  44 - New Parameters
  45   - sortByTree (true/false) - automatically sort the associated alignment view by the tree when a new tree is opened.
  46   - showTreeBootstraps (true/false) - show or hide branch bootstraps (default is to show them if available)
  47   - showTreeDistances (true/false) - show or hide branch lengths (default is to show them if available)
  48   - showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if unassociated nodes should be highlighted in the tree view
  49   - heightScale and widthScale (1.0 or more) - increase the height or width of a cell in the alignment grid relative to the current font size.
  50 - Non-positional features displayed in sequence ID tooltip
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  53 ### Other
  54 - Features format: graduated colour definitions and specification of feature scores
  55 - Alignment Annotations format: new keywords for group associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display properties (ROW_PROPERTIES)
  56 - XML formats extended to support graduated feature colourschemes, group associated annotation, and profile visualization settings.
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  59 ## Issues Resolved
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  61 - Source field in GFF files parsed as feature source rather than description
  62 - Non-positional features are now included in sequence feature and gff files (controlled via non-positional feature visibility in tooltip).
  63 - URL links generated for all feature links (bugfix)
  64 - Added URL embedding instructions to features file documentation.
  65 - Codons containing ambiguous nucleotides translated as 'X' in peptide product
  66 - Match case switch in find dialog box works for both sequence ID and sequence string and query strings do not have to be in upper case to match case-insensitively.
  67 - AMSA files only contain first column of multi-character column annotation labels
  68 - Jalview Annotation File generation/parsing consistent with documentation (e.g. Stockholm annotation can be exported and re-imported)
  69 - PDB files without embedded PDB IDs given a friendly name
  70 - Find incrementally searches ID string matches as well as subsequence matches, and correctly reports total number of both.
  71 - Application:
  72   - Better handling of exceptions during sequence retrieval
  73   - Dasobert generated non-positional feature URL link text excludes the start_end suffix
  74   - DAS feature and source retrieval buttons disabled when fetch or registry operations in progress.
  75   - PDB files retrieved from URLs are cached properly
  76   - Sequence description lines properly shared via VAMSAS
  77   - Sequence fetcher fetches multiple records for all data sources
  78   - Ensured that command line das feature retrieval completes before alignment figures are generated.
  79   - Reduced time taken when opening file browser for first time.
  80   - isAligned check prior to calculating tree, PCA or submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.
  81   - User defined group colours properly recovered from Jalview projects.