help/markdown/releases/release-2_5_1.md

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   2 channel: release
   3 version: 2.5.1
   4 date: 2010-06-14
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   7 ## Issues Resolved
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   9 - Alignment prettyprinter doesn't cope with long sequence IDs
  10 - clustalx colourscheme colours Ds preferentially when both D+E are present in over 50% of the column
  11 - nucleic acid structures retrieved from PDB do not import correctly
  12 - More columns get selected than were clicked on when a number of columns are hidden
  13 - annotation label popup menu not providing correct add/hide/show options when rows are hidden or none are present
  14 - Stockholm format shown in list of readable formats, and parser copes better with alignments from RFAM.
  15 - CSV output of consensus only includes the percentage of all symbols if sequence logo display is enabled
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  18 ### Applet
  19 - annotation panel disappears when annotation is hidden/removed
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  22 ### Application
  23 - Alignment view not redrawn properly when new alignment opened where annotation panel is visible but no annotations are present on alignment
  24 - pasted region containing hidden columns is incorrectly displayed in new alignment window
  25 - Jalview slow to complete operations when stdout is flooded (fix is to close the Jalview console)
  26 - typo in AlignmentFrame->View->Hide->all but selected Rregions menu item.
  27 - inconsistent group submenu and Format submenu entry 'Un' or 'Non'conserved
  28 - Sequence feature settings are being shared by multiple distinct alignments
  29 - group annotation not recreated when tree partition is changed
  30 - double click on group annotation to select sequences does not propagate to associated trees
  31 - Mac OSX specific issues:
  32   - exception raised when mouse clicked on desktop window background
  33   - Desktop menu placed on menu bar and application name set correctly
  34   - sequence feature settings not wide enough for the save feature colourscheme button