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   2 channel: release
   3 version: 2.8
   4 date: 2012-11-12
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   7 ## New Features
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  11 ### Application
  12 - Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment conservation, protein disorder and Clustal Omega)
  13 - JABAWS server status indicator in Web Services preferences
  14 - VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures in Jalview alignment window
  15 - Updated Jalview build and deploy framework for OSX mountain lion, windows 7, and 8
  16 - Nucleotide substitution matrix for PCA that supports RNA and ambiguity codes
  17 - Improved sequence database retrieval GUI
  18 - Support fetching and database reference look up against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db refs')
  19 - Jalview project improvements
  20   - Store and retrieve the 'belowAlignment' flag for annotation
  21   - calcId attribute to group annotation rows on the alignment
  22   - Store AACon calculation settings for a view in Jalview project
  23 - horizontal scrolling gesture support
  24 - Visual progress indicator when PCA calculation is running
  25 - Simpler JABA web services menus
  26 - visual indication that web service results are still being retrieved from server
  27 - Serialise the dialogs that are shown when Jalview starts up for first time
  28 - Jalview user agent string for interacting with HTTP services
  29 - DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS client library
  30 - Examples directory and Groovy library included in InstallAnywhere distribution
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  33 ### Applet
  34 - RNA alignment and secondary structure annotation visualization applet example
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  37 ### General
  38 - Normalise option for consensus sequence logo
  39 - Reset button in PCA window to return dimensions to defaults
  40 - Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA calculation
  41 - PCA with either nucleic acid and protein substitution matrices
  42 - Allow windows containing HTML reports to be exported in HTML
  43 - Interactive display and editing of RNA secondary structure contacts
  44 - RNA Helix Alignment Colouring
  45 - RNA base pair logo consensus
  46 - Parse sequence associated secondary structure information in Stockholm files
  47 - HTML Export database accessions and annotation information presented in tooltip for sequences
  48 - Import secondary structure from LOCARNA clustalw style RNA alignment files
  49 - import and visualise T-COFFEE quality scores for an alignment
  50 - 'colour by annotation' per sequence option to shade each sequence according to its associated alignment annotation
  51 - New Jalview Logo
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  54 ### Documentation and Development
  55 - documentation for score matrices used in Jalview
  56 - New Website!
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  59 ## Issues Resolved
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  63 ### Application
  64 - PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via wsdbfetch REST service
  65 - Stop windows being moved outside desktop on OSX
  66 - Filetype associations not installed for webstart launch
  67 - Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS job execution in full once it is complete
  68 - revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is uploaded via ali_file parameter
  69 - Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2
  70 - View all structures superposed fails with exception
  71 - Jnet job queues forever if a very short sequence is submitted for prediction
  72 - Cut and paste menu not opened when mouse clicked on desktop window
  73 - Putting fractional value into integer text box in alignment parameter dialog causes Jalview to hang
  74 - Structure view highlighting doesn't work on windows 7
  75 - View all structures fails with exception shown in structure view
  76 - Characters in filename associated with PDBEntry not escaped in a platform independent way
  77 - Jalview desktop fails to launch with exception when using proxy
  78 - Tree calculation reports 'you must have 2 or more sequences selected' when selection is empty
  79 - Jalview desktop fails to launch with jar signature failure when java web start temporary file caching is disabled
  80 - DAS Sequence retrieval with range qualification results in sequence xref which includes range qualification
  81 - Errors during processing of command line arguments cause progress bar (JAL-898) to be removed
  82 - Replace comma for semi-colon option not disabled for DAS sources in sequence fetcher
  83 - Cannot close news reader when JABAWS server warning dialog is shown
  84 - Option widgets not updated to reflect user settings
  85 - Edited sequence not submitted to web service
  86 - Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion
  87 - InstallAnywhere installer doesn't unpack and run on OSX Mountain Lion
  88 - Annotation panel not given a scroll bar when sequences with alignment annotation are pasted into the alignment
  89 - Sequence associated annotation rows not associated when loaded from Jalview project
  90 - Browser launch fails with NPE on java 1.7
  91 - JABAWS alignment marked as finished when job was cancelled or job failed due to invalid input
  92 - NPE with v2.7 example when clicking on Tree associated with all views
  93 - Exceptions when copy/paste sequences with grouped annotation rows to new window
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  96 ### Applet
  97 - Sequence features are momentarily displayed before they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter
  98 - loading features via javascript API automatically enables feature display
  99 - scrollToColumnIn javascript API method doesn't work
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 102 ### General
 103 - Redundancy removal fails for rna alignment
 104 - PCA calculation fails when sequence has been selected and then deselected
 105 - PCA window shows grey box when first opened on OSX
 106 - Letters coloured pink in sequence logo when alignment coloured with clustalx
 107 - Choosing fonts without letter symbols defined causes exceptions and redraw errors
 108 - Initial PCA plot view is not same as manually reconfigured view
 109 - Grouped annotation graph label has incorrect line colour
 110 - Grouped annotation graph label display is corrupted for lots of labels