help/markdown/releases/release-2_8_2.md

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   2 channel: release
   3 version: 2.8.2
   4 date: 2014-12-03
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   7 ## New Features
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  11 ### General
  12 - Updated Java code signing certificate donated by Certum.PL.
  13 - Features and annotation preserved when performing pairwise alignment
  14 - RNA pseudoknot annotation can be imported/exported/displayed
  15 - 'colour by annotation' can colour by RNA and protein secondary structure
  16 - Warn user if 'Find' regular expression is invalid (*mentioned post-hoc with 2.9 release*)
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  19 ### Application
  20 - Extract and display secondary structure for sequences with 3D structures
  21 - Support for parsing RNAML
  22 - Annotations menu for layout
  23   - sort sequence annotation rows by alignment
  24   - place sequence annotation above/below alignment annotation
  25 - Output in Stockholm format
  26 - Internationalisation: improved Spanish (es) translation
  27 - Structure viewer preferences tab
  28 - Disorder and Secondary Structure annotation tracks shared between alignments
  29 - UCSF Chimera launch and linked highlighting from Jalview
  30 - Show/hide all sequence associated annotation rows for all or current selection
  31 - disorder and secondary structure predictions available as dataset annotation
  32 - Per-sequence rna helices colouring
  33 - Sequence database accessions imported when fetching alignments from Rfam
  34 - update VARNA version to 3.91
  35 - New groovy scripts for exporting aligned positions, conservation values, and calculating sum of pairs scores.
  36 - Command line argument to set default JABAWS server
  37 - include installation type in build properties and console log output
  38 - Updated Jalview project format to preserve dataset annotation
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  41 ## Issues Resolved
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  45 ### Application
  46 - Distinguish alignment and sequence associated RNA structure in structure->view->VARNA
  47 - Raise dialog box if user deletes all sequences in an alignment
  48 - Pressing F1 results in documentation opening twice
  49 - Sequence feature tooltip is wrapped
  50 - Double click on sequence associated annotation selects only first column
  51 - Redundancy removal doesn't result in unlinked leaves shown in tree
  52 - Undos after several redundancy removals don't undo properly
  53 - Hide sequence doesn't hide associated annotation
  54 - User defined colours dialog box too big to fit on screen and buttons not visible
  55 - author list isn't updated if already written to Jalview properties
  56 - Popup menu won't open after retrieving sequence from database
  57 - File open window for associate PDB doesn't open
  58 - Left-then-right click on a sequence id opens a browser search window
  59 - Cannot open sequence feature shading/sort popup menu in feature settings dialog
  60 - better tooltip placement for some areas of Jalview desktop
  61 - Allow addition of JABAWS Server which doesn't pass validation
  62 - Web services parameters dialog box is too large to fit on screen
  63 - Muscle nucleotide alignment preset obscured by tooltip
  64 - JABAWS preset submenus don't contain newly defined user preset
  65 - MSA web services warns user if they were launched with invalid input
  66 - Jalview cannot contact DAS Registy when running on Java 8
  67 - <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->   'Superpose with' submenu not shown when new view created
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  70 ### Deployment and Documentation
  71 - 2G and 1G options in launchApp have no effect on memory allocation
  72 - launchApp service doesn't automatically open www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given
  73 - <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->   InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java 1.7_055 is available
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  76 ### Application Known issues
  77 - <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->   corrupted or unreadable alignment display when scrolling alignment to right
  78 - <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->   retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval with large number of ID
  79 - <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->   flatfile output of visible region has incorrect sequence start/end
  80 - <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->   rna structure consensus doesn't update when secondary structure tracks are rearranged
  81 - <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->   invalid rna structure positional highlighting does not highlight position of invalid base pairs
  82 - <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->   out of memory errors are not raised when saving Jalview project from alignment window file menu
  83 - <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->   Switching to RNA Helices colouring doesn't propagate to structures
  84 - <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->   colour by RNA Helices not enabled when user created annotation added to alignment
  85 - <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->   Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
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  88 ### Applet Known Issues
  89 - <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->   JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
  90 - <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->   Jalview and Jmol example not compatible with IE9
  91 - Sort by annotation score doesn't reverse order when selected