0f801ebbbcf3ab44aca71a92b57375f47c085b62
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
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22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
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27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
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87 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
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121 action.save_as_default = Save as default
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123 action.save = Save
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132 action.deselect_all = Deselect all
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150 label.name_param = Name: {0}
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181 label.score_model_pam250 = PAM 250
182 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
183 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
184 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
185 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
186 label.status_bar = Status bar
187 label.out_to_textbox = Output to Textbox
188 label.occupancy = Occupancy
189 # delete Clustal - use FileFormat name instead
190 label.clustal = Clustal
191 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
192 label.colourScheme_clustal = Clustalx
193 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
194 label.colourScheme_%_identity = Percentage Identity
195 label.colourScheme_zappo = Zappo
196 label.colourScheme_taylor = Taylor
197 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
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202 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
203 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
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214 label.show_annotations = Show annotations
215 label.hide_annotations = Hide annotations
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220 label.hide_all = Hide all
221 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
222 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
223 label.colour_text = Colour Text
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269 label.chimera_path = Path to Chimera program
270 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
271 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
272 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
273 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
274 label.min_colour = Minimum Colour
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277 label.use_original_colours = Use Original Colours
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280 label.selection = Selection
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291 label.output_values = Output Values...
292 label.output_points = Output points...
293 label.output_transformed_points = Output transformed points
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311 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
312 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
313 label.removed_columns = Removed {0} columns.
314 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
315 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
316 label.order_by_params = Order by {0}
317 label.html_content = <html>{0}</html>
318 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
319 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
320 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
321 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
322 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
323 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
324 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
325 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
326 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
327 label.paste_your = Paste your
328 label.finished_searching = Finished searching
329 label.search_results= Search results {0} : {1}
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331 label.font = Font:
332 label.size = Size:
333 label.style = Style:
334 label.calculating = Calculating....
335 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
336 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
337 label.set_this_label_text = set this label text
338 label.sequences_from = Sequences from {0}
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340 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
341 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
342 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
343 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
344 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
345 label.source_to_target = {0} ... {1}
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350 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
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356 label.session_update = Session Update
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358 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
359 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
360 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
361 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
362 label.groovy_console = Groovy Console...
363 label.lineart = Lineart
364 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
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366 label.invert_selection = Invert Selection
367 label.optimise_order = Optimise Order
368 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
369 label.load_colours = Load Colours
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372 label.save_colours_tooltip = Save feature colours and filters to file
373 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
374 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
375 label.database_param = Database: {0}
376 label.example = Example
377 label.example_param = Example: {0}
378 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
379 label.file_format_not_specified = File format not specified
380 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
381 label.error_saving_file = Error Saving File
382 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
383 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
384 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
385 label.invalid_selection = Invalid Selection
386 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
387 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
388 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
389 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
390 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
391 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
392 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
393 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
394 label.translation_failed = Translation Failed
395 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
396 label.implementation_error  = Implementation error:
397 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
398 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
399 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
400 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
401 label.view_name_original = Original
402 label.enter_view_name = Enter View Name
403 label.enter_label = Enter label
404 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
405 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
406 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
407 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
408 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
409 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
410 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
411 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
412 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
413 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
414 label.error_parsing_text = Error parsing text
415 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
416 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
417 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
418 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
419 label.input_alignment = Input Alignment
420 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
421 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
422 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
423 label.url_not_found = URL not found
424 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
425 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
426 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
427 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
428 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
429 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
430 label.invalid_url = Invalid URL !
431 label.error_loading_file = Error loading file
432 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
433 label.file_open_error = File open error
434 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
435 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
436 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
437 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
438 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
439 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
440 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
441 label.alignment_props = Alignment Properties
442 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
443 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
444 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
445 label.annotations = Annotations
446 label.structure_options = Structure Options
447 label.features = Features
448 label.overview_params = Overview {0}
449 label.paste_newick_file = Paste Newick file
450 label.load_tree_from_file = From File - 
451 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
452 label.selection_output_command = Selection output - {0}
453 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
454 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
455 label.pca_details = PCA details
456 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
457 label.user_defined_colours = User defined colours
458 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
459 label.jaview_build_date = Build date: {0}
460 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
461 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
462 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
463 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
464 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
465 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
466 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
467 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
468 label.right_click = Right click
469 label.to_add_annotation = to add annotation
470 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
471 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
472 label.label = Label
473 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
474 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
475 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
476 label.calculating_pca= Calculating PCA
477 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
478 label.jalview_applet = Jalview applet
479 label.loading_data = Loading data
480 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
481 label.calculating_tree = Calculating tree
482 label.state_queueing = queuing
483 label.state_running = running
484 label.state_completed = finished
485 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
486 label.state_job_error = job error!
487 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
488 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
489 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
490 label.structure_type = Structure type
491 label.settings_for_type = Settings for {0}
492 label.view_full_application = View in Full Application
493 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
494 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
495 label.load_vcf = Load SNP variants from plain text or indexed VCF data
496 label.load_vcf_file = Load VCF File
497 label.searching_vcf = Loading VCF variants...
498 label.added_vcf = Added {0} VCF variants to {1} sequence(s)
499 label.export_features = Export Features...
500 label.export_annotations = Export Annotations...
501 label.to_upper_case = To Upper Case
502 label.to_lower_case = To Lower Case
503 label.toggle_case = Toggle Case
504 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
505 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
506 label.edit_sequence = Edit Sequence
507 label.edit_sequences = Edit Sequences
508 label.sequence_details = Sequence Details
509 label.jmol_help = Jmol Help
510 label.chimera_help = Chimera Help
511 label.close_viewer = Close Viewer
512 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
513 label.all = All
514 label.sort_by = Sort alignment by
515 label.sort_by_score = Sort by Score
516 label.sort_by_density = Sort by Density
517 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
518 label.sort_ann_by = Sort annotations by
519 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
520 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
521 label.reveal = Reveal
522 label.hide_columns = Hide Columns
523 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
524 label.load_tree_file = Load a tree file
525 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
526 label.standard_databases = Standard Databases
527 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
528 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
529 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
530 label.connect_to_session = Connect to session {0}
531 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
532 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
533 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
534 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
535 label.adjust_threshold = Adjust threshold
536 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
537 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
538 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
539 label.open_url_param = Open URL {0}
540 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
541 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
542 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
543 label.dark_colour = Dark Colour
544 label.light_colour = Light Colour
545 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
546 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
547 label.copy_format_from = Copy format from
548 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
549 label.select_all_views = Select all views
550 label.select_many_views = Select many views
551 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
552 label.open_local_file = Open local file
553 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
554 label.listen_for_selections = Listen for selections
555 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
556 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
557 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
558 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
559 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
560 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
561 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
562 label.no_services = <No Services>
563 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
564 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
565 label.connect_to = Connect to
566 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
567 label.from_url = from URL
568 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
569 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
570 label.from_textbox = from Textbox
571 label.window = Window
572 label.preferences = Preferences
573 label.tools = Tools
574 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
575 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
576 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
577 label.collect_garbage = Collect Garbage
578 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
579 label.show_java_console = Show Java Console
580 label.show_jalview_news = Show Jalview News
581 label.take_snapshot = Take snapshot
582 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
583 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
584 label.monospaced_font= Monospaced
585 label.quality = Quality
586 label.maximize_window = Maximize Window
587 label.conservation = Conservation
588 label.consensus = Consensus
589 label.histogram = Histogram
590 label.logo = Logo
591 label.non_positional_features = List Non-positional Features
592 label.database_references = List Database References
593 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
594 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
595 label.gap_symbol = Gap Symbol
596 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
597 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
598 label.address = Address
599 label.port = Port
600 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
601 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
602 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
603 label.check_for_latest_version = Check for latest version
604 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
605 label.use_proxy_server = Use a proxy server
606 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
607 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
608 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
609 label.smooth_font = Smooth Font
610 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
611 label.pad_gaps = Pad Gaps
612 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
613 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
614 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
615 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
616 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
617 label.right_align_ids = Right Align Ids
618 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
619 label.open_overview = Open Overview
620 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
621 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
622 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
623 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
624 label.visual = Visual
625 label.connections = Connections
626 label.output = Output
627 label.editing = Editing
628 label.das_settings = DAS Settings
629 label.web_services = Web Services
630 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
631 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
632 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
633 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
634 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
635 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
636 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
637 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
638 label.new_service_url = New Service URL
639 label.edit_service_url = Edit Service URL
640 label.delete_service_url = Delete Service URL
641 label.details = Details
642 label.options = Options
643 label.parameters = Parameters
644 label.available_das_sources = Available DAS Sources
645 label.full_details = Full Details
646 label.authority = Authority
647 label.type = Type
648 label.proxy_server = Proxy Server
649 label.file_output = File Output
650 label.select_input_type = Select input type
651 label.set_options_for_type = Set options for type
652 label.data_input_parameters = Data input parameters
653 label.data_returned_by_service = Data returned by service
654 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
655 label.parsing_errors = Parsing errors
656 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
657 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
658 label.input_parameter_name = Input Parameter name
659 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
660 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
661 label.brief_description_service = Brief description of service
662 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
663 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
664 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
665 label.gap_character = Gap character
666 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
667 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
668 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
669 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
670 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
671 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
672 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
673 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
674 label.input_output = Input/Output
675 label.cut_paste = Cut'n'Paste
676 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
677 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
678 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
679 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
680 label.from_file = From File
681 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
682 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
683 label.text_colour = Text Colour...
684 label.structure = Structure
685 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
686 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
687 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
688 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
689 label.sequence_name = Sequence Name
690 label.sequence_description = Sequence Description
691 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
692 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
693 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
694 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
695 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
696 label.web_browser_not_found = Web browser not found
697 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
698 label.html = HTML
699 label.wrap = Wrap
700 label.show_database_refs = Show Database Refs
701 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
702 label.save_png_image = Save As PNG Image
703 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
704 label.export_image = Export Image
705 label.vamsas_store = VAMSAS store
706 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
707 label.reverse = Reverse
708 label.reverse_complement = Reverse Complement
709 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
710 label.extract_scores = Extract Scores
711 label.get_cross_refs = Get Cross-References
712 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
713 label.add_sequences = Add Sequences
714 label.new_window = New Window
715 label.split_window = Split Window
716 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
717 label.use_registry = Use Registry
718 label.add_local_source = Add Local Source
719 label.set_as_default = Set as Default
720 label.show_labels = Show labels
721 action.background_colour = Background Colour...
722 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
723 label.link_name = Link Name
724 label.pdb_file = PDB file
725 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
726 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
727 label.superpose_structures = Superpose Structures
728 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
729 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
730 label.jmol = Jmol
731 label.chimera = Chimera
732 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
733 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
734 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
735 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
736 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
737 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
738 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
739 label.case_sensitive = Case Sensitive
740 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
741 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
742 label.index_by_host = Index by Host
743 label.index_by_type = Index by Type
744 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
745 label.display_warnings = Display Warnings
746 label.move_url_up = Move URL Up
747 label.move_url_down = Move URL Down
748 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
749 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
750 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
751 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
752 label.sequences_updated = Sequences updated
753 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
754 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
755 label.paste_new_window = Paste To New Window
756 label.settings_for_param = Settings for {0}
757 label.view_params = View {0}
758 label.aacon_calculations = AACon Calculations
759 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
760 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
761 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
762 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
763 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
764 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
765 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
766 label.all_views = All Views
767 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
768 label.realign_with_params = Realign with {0}
769 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
770 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
771 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
772 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
773 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
774 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
775 label.view_documentation = View documentation
776 label.select_return_type = Select return type
777 label.translation_of_params = Translation of {0}
778 label.features_for_params = Features for - {0}
779 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
780 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
781 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
782 label.varna_params = VARNA - {0}
783 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
784 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
785 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
786 label.points_for_params = Points for {0}
787 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
788 label.variable_color_for = Variable Feature Colour for {0}
789 label.select_background_colour = Select Background Colour
790 label.invalid_font = Invalid Font
791 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
792 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
793 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
794 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
795 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
796 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
797 label.example_query_param = Example query: {0}
798 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
799 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
800 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
801 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
802 label.select_columns_containing = Select columns containing
803 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
804 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
805 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
806 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
807 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
808 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
809 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
810 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
811 label.use_sequence_id_4 = 
812 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
813 label.switch_server = Switch server
814 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
815 label.services_at = Services at {0}
816 label.rest_client_submit = {0} using {1}
817 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
818 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
819 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
820 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
821 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
822 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
823 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
824 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
825 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
826 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
827 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
828 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
829 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
830 label.user_preset = User Preset
831 label.service_preset = Service Preset
832 label.run_with_preset = Run {0} with preset
833 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
834 action.by_title_param = By {0}
835 label.source_from_db_source = Sources from {0}
836 label.from_msname = from {0}
837 label.superpose_with = Superpose with
838 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
839 label.add_new_row = Add New Row
840 label.edit_label_description = Edit Label/Description
841 label.hide_row = Hide This Row
842 label.delete_row = Delete This Row
843 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
844 label.export_annotation = Export Annotation
845 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
846 label.helix = Helix
847 label.sheet = Sheet
848 label.rna_helix = RNA Helix
849 label.remove_annotation = Remove Annotation
850 label.colour_by = Colour by...
851 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
852 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
853 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
854 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
855 label.multiharmony = Multi-Harmony
856 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
857 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
858 label.prompt_each_time = Prompt each time
859 label.use_source = Use Source
860 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
861 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
862 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
863 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
864 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
865 label.invalid_name = Invalid name
866 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
867 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
868 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
869 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
870 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
871 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
872 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
873 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
874 label.feature_type = Feature Type
875 label.show = Show
876 label.service_url = Service URL
877 label.copied_sequences = Copied sequences
878 label.cut_sequences = Cut Sequences
879 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
880 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
881 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
882 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
883 label.save_features_to_file = Save Features to File
884 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
885 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
886 label.save_pdb_file = Save PDB File
887 label.save_text_to_file = Save Text to File
888 label.save_state = Save State
889 label.restore_state = Restore State
890 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
891 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
892 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
893 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
894 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
895 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
896 label.select_startup_file = Select startup file
897 label.select_default_browser = Select default web browser
898 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
899 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
900 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
901 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
902 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
903 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
904 label.save_as_html = Save as HTML
905 label.recently_opened = Recently Opened
906 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
907 label.tree = Tree
908 label.tree_from = Tree from {0}
909 label.webservice_job_title = {0} using {1}
910 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
911 label.visible = Visible
912 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
913 label.visible_region_of = visible region of
914 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
915 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
916 label.loading_file = Loading File: {0}
917 label.edit_params = Edit {0}
918 label.as_percentage = As Percentage
919 error.not_implemented = Not implemented
920 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
921 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
922 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
923 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
924 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
925 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
926 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
927 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
928 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
929 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
930 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
931 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
932 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
933 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
934 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
935 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
936 error.implementation_error = Implementation error
937 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
938 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
939 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
940 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
941 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
942 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
943 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
944 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
945 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
946 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
947 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
948 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
949 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
950 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
951 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
952 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
953 label.cancelled_params = Cancelled {0}
954 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
955 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
956 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
957 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
958 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
959 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
960 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
961 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
962 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
963 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
964 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
965 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
966 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
967 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
968 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
969 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
970 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
971 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
972 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
973 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
974 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
975 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
976 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
977 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
978 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
979 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
980 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
981 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
982 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
983 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
984 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
985 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
986 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
987 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
988 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
989 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
990 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
991 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
992 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
993 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
994 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
995 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
996 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
997 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
998 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
999 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
1000 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
1001 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
1002 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
1003 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
1004 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
1005 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1006 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1007 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1008 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1009 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1010 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1011 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1012 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1013 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1014 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1015 label.toggled = Toggled
1016 label.marked = Marked
1017 label.containing = containing
1018 label.not_containing = not containing
1019 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1020 label.submission_params = Submission {0}
1021 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1022 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1023 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1024 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1025 label.pca_calculating = Calculating PCA
1026 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1027 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1028 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1029 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1030 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1031 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1032 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1033 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1034 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1035 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1036 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1037 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1038 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1039 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1040 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1041 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1042 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1043 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1044 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1045 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1046 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1047 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1048 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1049 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1050 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1051 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1052 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1053 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1054 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1055 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1056 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1057 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1058 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1059 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1060 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1061 label.mapped = mapped
1062 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1063 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1064 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1065 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1066 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1067 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1068 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1069 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1070 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1071 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1072 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1073 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1074 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1075 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1076 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1077 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1078 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1079 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1080 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1081 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1082 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1083 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1084 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1085 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1086 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1087 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1088 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1089 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1090 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1091 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1092 label.remove_gaps = Remove Gaps
1093 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1094 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1095 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1096 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1097 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1098 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1099 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1100 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1101 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1102 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1103 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1104 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1105 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1106 warn.service_not_supported = Service not supported!
1107 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1108 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1109 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1110 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1111 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1112 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1113 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1114 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1115 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1116 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1117 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1118 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1119 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1120 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1121 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1122 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1123 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1124 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1125 label.eps_file = EPS file
1126 label.png_image = PNG image
1127 status.saving_file = Saving {0}
1128 status.export_complete = {0} Export completed.
1129 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1130 status.refreshing_news = Refreshing news
1131 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1132 status.opening_params = Opening {0}
1133 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1134 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1135 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1136 status.finshed_querying = Finished querying
1137 status.parsing_results = Parsing results.
1138 status.processing = Processing...
1139 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1140 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1141 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1142 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1143 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1144 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1145 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1146 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1147 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1148 status.opening_file_for = opening file for
1149 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1150 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1151 label.font_too_small = Font size is too small
1152 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1153 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1154 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1155 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1156 label.out_of_memory = Out of memory
1157 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1158 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1159 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1160 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1161 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1162 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1163 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1164 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1165 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1166 label.test_server = Test Server?
1167 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1168 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1169 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1170 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1171 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1172 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1173 label.file_already_exists = File exists
1174 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1175 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1176 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1177 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1178 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1179 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1180 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1181 label.delete_all = Delete all sequences
1182 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1183 label.add_annotations_for = Add annotations for
1184 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1185 label.choose_annotations = Choose Annotations
1186 label.find = Find
1187 label.invalid_search = Search string invalid
1188 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1189 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1190 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1191 label.show_group_logo = Show Group Logo
1192 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1193 label.show_histogram = Show Histogram
1194 label.show_logo = Show Logo
1195 label.normalise_logo = Normalise Logo
1196 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1197 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1198 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1199 label.open_split_window = Open split window
1200 action.no = No
1201 action.yes = Yes
1202 label.for = for
1203 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1204 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1205 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1206 label.alpha_helix = Alpha Helix
1207 label.beta_strand = Beta Strand
1208 label.turn = Turn
1209 label.select_all = Select All
1210 label.structures_filter = Structures Filter
1211 label.search_filter = Search Filter
1212 label.include_description= Include Description
1213 action.back = Back
1214 label.hide_insertions = Hide Insertions
1215 label.mark_as_representative = Mark as representative
1216 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1217 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1218 label.result = result
1219 label.results = results
1220 label.structure_chooser = Structure Chooser
1221 label.select = Select : 
1222 label.invert = Invert 
1223 label.select_pdb_file = Select PDB File
1224 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1225 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1226 label.search_result = Search Result
1227 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1228 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1229 label.start_jalview = Start Jalview
1230 label.biojs_html_export = BioJS
1231 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1232 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1233 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1234 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1235 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1236 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1237 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1238 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1239 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1240 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1241 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1242 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1243 action.export_groups = Export Groups
1244 action.export_annotations = Export Annotations
1245 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1246 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1247 action.export_features = Export Features
1248 label.export_settings = Export Settings
1249 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1250 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1251 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1252 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1253 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1254 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1255 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1256 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1257 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1258 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1259 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1260 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1261 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1262 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1263 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1264 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1265 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1266 label.run_groovy = Run Groovy console script
1267 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1268 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1269 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1270 action.next_page= >> 
1271 action.prev_page= << 
1272 label.next_page_tooltip=Next Page
1273 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1274 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1275 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1276 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1277 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1278 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1279 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1280 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1281 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1282 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1283 label.column = Column
1284 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1285 label.operation_failed = Operation failed
1286 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1287 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1288 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1289 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1290 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1291 label.filter = Filter text:
1292 action.customfilter = Custom only
1293 action.showall = Show All
1294 label.insert = Insert:
1295 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1296 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1297 label.primary = Double Click
1298 label.inmenu = In Menu
1299 label.id = ID
1300 label.database = Database
1301 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1302 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1303 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1304 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1305 label.urllinks = Links
1306 label.default_cache_size = Default Cache Size
1307 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1308 label.togglehidden = Show hidden regions
1309 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1310 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1311 label.consensus_descr = PID
1312 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1313 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1314 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1315 label.show_experimental = Enable experimental features
1316 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1317 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1318 label.overview_settings = Overview settings
1319 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1320 label.gap_colour = Gap colour:
1321 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1322 label.hidden_colour = Hidden colour:
1323 label.select_gap_colour = Select gap colour
1324 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1325 label.overview = Overview
1326 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1327 label.oview_calc = Recalculating overview...
1328 label.feature_details = Feature details
1329 label.matchCondition_contains = Contains
1330 label.matchCondition_notcontains = Does not contain
1331 label.matchCondition_matches = Matches
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1333 label.matchCondition_present = Is present
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1335 label.matchCondition_eq = =
1336 label.matchCondition_ne = not =
1337 label.matchCondition_lt = <
1338 label.matchCondition_le = <=
1339 label.matchCondition_gt = >
1340 label.matchCondition_ge = >=
1341 label.numeric_required = The value should be numeric
1342 label.filter = Filter
1343 label.filters = Filters
1344 label.join_conditions = Join conditions with
1345 label.score = Score
1346 label.colour_by_label = Colour by label
1347 label.variable_colour = Variable colour
1348 label.select_colour = Select colour
1349 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1350 option.autosearch = Autosearch
1351 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1352 label.display_settings_for = Display settings for {0} features
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