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[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
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2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 action.save_image = Save Image
7 action.paste = Paste
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9 action.print = Print...
10 action.web_service = Web Service
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63 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
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84 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
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120 action.save = Save
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171 label.treecalc_title = {0} Using {1}
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173 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
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179 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
180 label.status_bar = Status bar
181 label.out_to_textbox = Output to Textbox
182 # delete Clustal - use FileFormat name instead
183 label.clustal = Clustal
184 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
185 label.colourScheme_clustal = Clustalx
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214 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
215 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
216 label.colour_text = Colour Text
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263 label.chimera_path = Path to Chimera program
264 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
265 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
266 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
267 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
268 label.min_colour = Minimum Colour
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305 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
306 label.removed_columns = Removed {0} columns.
307 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
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309 label.order_by_params = Order by {0}
310 label.html_content = <html>{0}</html>
311 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
312 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
313 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
314 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
315 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
316 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
317 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
318 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
319 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
320 label.paste_your = Paste your
321 label.finished_searching = Finished searching
322 label.search_results= Search results {0} : {1}
323 label.found_match_for = Found match for {0}
324 label.font = Font:
325 label.size = Size:
326 label.style = Style:
327 label.calculating = Calculating....
328 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
329 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
330 label.set_this_label_text = set this label text
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332 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
333 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
334 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
335 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
336 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
337 label.source_to_target = {0} ... {1}
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339 label.to_file = to File
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345 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
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347 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
348 label.session_update = Session Update
349 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
350 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
351 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
352 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
353 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
354 label.groovy_console = Groovy Console...
355 label.lineart = Lineart
356 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
357 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
358 label.invert_selection = Invert Selection
359 label.optimise_order = Optimise Order
360 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
361 label.load_colours = Load Colours
362 label.save_colours = Save Colours
363 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
364 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
365 label.database_param = Database: {0}
366 label.example = Example
367 label.example_param = Example: {0}
368 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
369 label.file_format_not_specified = File format not specified
370 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
371 label.error_saving_file = Error Saving File
372 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
373 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
374 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
375 label.invalid_selection = Invalid Selection
376 label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences = Principal component analysis must take\nat least 4 input sequences.
377 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
378 label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!
379 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
380 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
381 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
382 label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.
383 label.sequences_not_aligned = Sequences not aligned
384 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
385 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
386 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
387 label.translation_failed = Translation Failed
388 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
389 label.implementation_error  = Implementation error:
390 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
391 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
392 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
393 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
394 label.view_name_original = Original
395 label.enter_view_name = Enter View Name
396 label.enter_label = Enter label
397 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
398 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
399 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
400 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
401 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
402 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
403 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
404 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
405 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
406 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
407 label.error_parsing_text = Error parsing text
408 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
409 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
410 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
411 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
412 label.input_alignment = Input Alignment
413 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
414 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
415 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
416 label.url_not_found = URL not found
417 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
418 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
419 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
420 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
421 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
422 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
423 label.invalid_url = Invalid URL !
424 label.error_loading_file = Error loading file
425 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
426 label.file_open_error = File open error
427 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
428 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
429 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
430 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
431 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
432 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
433 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
434 label.alignment_props = Alignment Properties
435 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
436 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
437 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
438 label.annotations = Annotations
439 label.structure_options = Structure Options
440 label.features = Features
441 label.overview_params = Overview {0}
442 label.paste_newick_file = Paste Newick file
443 label.load_tree_from_file = From File - 
444 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
445 label.selection_output_command = Selection output - {0}
446 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
447 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
448 label.pca_details = PCA details
449 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
450 label.user_defined_colours = User defined colours
451 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
452 label.jaview_build_date = Build date: {0}
453 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
454 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
455 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
456 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
457 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
458 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
459 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
460 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
461 label.right_click = Right click
462 label.to_add_annotation = to add annotation
463 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
464 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
465 label.label = Label
466 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
467 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
468 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
469 label.calculating_pca= Calculating PCA
470 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
471 label.jalview_applet = Jalview applet
472 label.loading_data = Loading data
473 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
474 label.calculating_tree = Calculating tree
475 label.state_queueing = queuing
476 label.state_running = running
477 label.state_completed = finished
478 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
479 label.state_job_error = job error!
480 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
481 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
482 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
483 label.structure_type = Structure type
484 label.settings_for_type = Settings for {0}
485 label.view_full_application = View in Full Application
486 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
487 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
488 label.export_features = Export Features...
489 label.export_annotations = Export Annotations...
490 label.to_upper_case = To Upper Case
491 label.to_lower_case = To Lower Case
492 label.toggle_case = Toggle Case
493 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
494 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
495 label.edit_sequence = Edit Sequence
496 label.edit_sequences = Edit Sequences
497 label.sequence_details = Sequence Details
498 label.jmol_help = Jmol Help
499 label.chimera_help = Chimera Help
500 label.close_viewer = Close Viewer
501 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
502 label.all = All
503 label.sort_by = Sort alignment by
504 label.sort_by_score = Sort by Score
505 label.sort_by_density = Sort by Density
506 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
507 label.sort_ann_by = Sort annotations by
508 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
509 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
510 label.reveal = Reveal
511 label.hide_columns = Hide Columns
512 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
513 label.load_tree_file = Load a tree file
514 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
515 label.standard_databases = Standard Databases
516 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
517 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
518 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using selected alignment view
519 label.connect_to_session = Connect to session {0}
520 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
521 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
522 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
523 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
524 label.adjust_threshold = Adjust threshold
525 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
526 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
527 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
528 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
529 label.open_url_param = Open URL {0}
530 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
531 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
532 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
533 label.dark_colour = Dark Colour
534 label.light_colour = Light Colour
535 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
536 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
537 label.copy_format_from = Copy format from
538 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
539 label.select_all_views = Select all views
540 label.select_many_views = Select many views
541 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
542 label.open_local_file = Open local file
543 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
544 label.listen_for_selections = Listen for selections
545 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
546 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
547 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
548 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
549 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
550 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
551 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
552 label.no_services = <No Services>
553 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
554 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
555 label.connect_to = Connect to
556 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
557 label.from_url = from URL
558 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
559 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
560 label.from_textbox = from Textbox
561 label.window = Window
562 label.preferences = Preferences
563 label.tools = Tools
564 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
565 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
566 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
567 label.collect_garbage = Collect Garbage
568 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
569 label.show_java_console = Show Java Console
570 label.show_jalview_news = Show Jalview News
571 label.take_snapshot = Take snapshot
572 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
573 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
574 label.monospaced_font= Monospaced
575 label.quality = Quality
576 label.maximize_window = Maximize Window
577 label.conservation = Conservation
578 label.consensus = Consensus
579 label.histogram = Histogram
580 label.logo = Logo
581 label.non_positional_features = List Non-positional Features
582 label.database_references = List Database References
583 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
584 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
585 label.gap_symbol = Gap Symbol
586 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
587 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
588 label.address = Address
589 label.port = Port
590 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
591 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
592 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
593 label.check_for_latest_version = Check for latest version
594 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
595 label.use_proxy_server = Use a proxy server
596 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
597 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
598 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
599 label.smooth_font = Smooth Font
600 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
601 label.pad_gaps = Pad Gaps
602 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
603 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
604 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
605 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
606 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
607 label.right_align_ids = Right Align Ids
608 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
609 label.open_overview = Open Overview
610 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
611 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
612 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
613 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
614 label.visual = Visual
615 label.connections = Connections
616 label.output = Output
617 label.editing = Editing
618 label.das_settings = DAS Settings
619 label.web_services = Web Services
620 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
621 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
622 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
623 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
624 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
625 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
626 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
627 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
628 label.new_service_url = New Service URL
629 label.edit_service_url = Edit Service URL
630 label.delete_service_url = Delete Service URL
631 label.details = Details
632 label.options = Options
633 label.parameters = Parameters
634 label.available_das_sources = Available DAS Sources
635 label.full_details = Full Details
636 label.authority = Authority
637 label.type = Type
638 label.proxy_server = Proxy Server
639 label.file_output = File Output
640 label.select_input_type = Select input type
641 label.set_options_for_type = Set options for type
642 label.data_input_parameters = Data input parameters
643 label.data_returned_by_service = Data returned by service
644 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
645 label.parsing_errors = Parsing errors
646 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
647 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
648 label.input_parameter_name = Input Parameter name
649 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
650 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
651 label.brief_description_service = Brief description of service
652 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
653 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
654 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
655 label.gap_character = Gap character
656 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
657 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
658 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
659 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
660 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
661 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
662 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
663 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
664 label.input_output = Input/Output
665 label.cut_paste = Cut'n'Paste
666 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
667 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
668 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
669 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
670 label.from_file = From File
671 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
672 label.text_colour = Text Colour
673 action.set_text_colour = Text Colour...
674 label.structure = Structure
675 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
676 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
677 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
678 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
679 label.sequence_name = Sequence Name
680 label.sequence_description = Sequence Description
681 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
682 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
683 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
684 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
685 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
686 label.web_browser_not_found = Web browser not found
687 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
688 label.html = HTML
689 label.wrap = Wrap
690 label.show_database_refs = Show Database Refs
691 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
692 label.save_png_image = Save As PNG Image
693 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
694 label.export_image = Export Image
695 label.vamsas_store = VAMSAS store
696 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
697 label.reverse = Reverse
698 label.reverse_complement = Reverse Complement
699 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
700 label.extract_scores = Extract Scores
701 label.get_cross_refs = Get Cross-References
702 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
703 label.add_sequences = Add Sequences
704 label.new_window = New Window
705 label.split_window = Split Window
706 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
707 label.use_registry = Use Registry
708 label.add_local_source = Add Local Source
709 label.set_as_default = Set as Default
710 label.show_labels = Show labels
711 action.background_colour = Background Colour...
712 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
713 label.jalview_pca_calculation = Jalview PCA Calculation
714 label.link_name = Link Name
715 label.pdb_file = PDB file
716 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
717 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
718 label.superpose_structures = Superpose Structures
719 label.jmol = Jmol
720 label.chimera = Chimera
721 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
722 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
723 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
724 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
725 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
726 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
727 label.case_sensitive = Case Sensitive
728 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
729 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
730 label.index_by_host = Index by Host
731 label.index_by_type = Index by Type
732 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
733 label.display_warnings = Display Warnings
734 label.move_url_up = Move URL Up
735 label.move_url_down = Move URL Down
736 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
737 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
738 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
739 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
740 label.sequences_updated = Sequences updated
741 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
742 label.show_all_chains = Show all chains
743 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
744 label.paste_new_window = Paste To New Window
745 label.settings_for_param = Settings for {0}
746 label.view_params = View {0}
747 label.aacon_calculations = AACon Calculations
748 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
749 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
750 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
751 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
752 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
753 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
754 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
755 label.all_views = All Views
756 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
757 label.realign_with_params = Realign with {0}
758 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
759 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
760 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
761 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
762 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
763 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
764 label.view_documentation = View documentation
765 label.select_return_type = Select return type
766 label.translation_of_params = Translation of {0}
767 label.features_for_params = Features for - {0}
768 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
769 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
770 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
771 label.varna_params = VARNA - {0}
772 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
773 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
774 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
775 label.points_for_params = Points for {0}
776 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
777 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
778 label.select_background_colour = Select Background Colour
779 label.invalid_font = Invalid Font
780 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
781 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
782 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
783 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
784 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
785 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
786 label.example_query_param = Example query: {0}
787 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
788 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
789 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
790 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
791 label.select_columns_containing = Select columns containing
792 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
793 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
794 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
795 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
796 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
797 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
798 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
799 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
800 label.use_sequence_id_4 = 
801 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
802 label.switch_server = Switch server
803 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
804 label.services_at = Services at {0}
805 label.rest_client_submit = {0} using {1}
806 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
807 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
808 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
809 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
810 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
811 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
812 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
813 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
814 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
815 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
816 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
817 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
818 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
819 label.user_preset = User Preset
820 label.service_preset = Service Preset
821 label.run_with_preset = Run {0} with preset
822 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
823 action.by_title_param = By {0}
824 label.source_from_db_source = Sources from {0}
825 label.from_msname = from {0}
826 label.superpose_with = Superpose with
827 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
828 label.add_new_row = Add New Row
829 label.edit_label_description = Edit Label/Description
830 label.hide_row = Hide This Row
831 label.delete_row = Delete This Row
832 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
833 label.export_annotation = Export Annotation
834 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
835 label.helix = Helix
836 label.sheet = Sheet
837 label.rna_helix = RNA Helix
838 label.remove_annotation = Remove Annotation
839 label.colour_by = Colour by...
840 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
841 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
842 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
843 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
844 label.multiharmony = Multi-Harmony
845 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
846 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
847 label.prompt_each_time = Prompt each time
848 label.use_source = Use Source
849 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
850 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
851 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
852 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
853 label.pca_sequences_not_aligned = The sequences must be aligned before calculating PCA.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
854 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
855 label.invalid_name = Invalid name
856 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
857 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
858 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
859 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
860 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
861 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
862 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
863 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
864 label.feature_type = Feature Type
865 label.display = Display
866 label.service_url = Service URL
867 label.copied_sequences = Copied sequences
868 label.cut_sequences = Cut Sequences
869 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
870 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
871 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
872 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
873 label.save_features_to_file = Save Features to File
874 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
875 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
876 label.save_pdb_file = Save PDB File
877 label.save_text_to_file = Save Text to File
878 label.save_state = Save State
879 label.restore_state = Restore State
880 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
881 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
882 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
883 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
884 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
885 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
886 label.select_startup_file = Select startup file
887 label.select_default_browser = Select default web browser
888 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
889 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
890 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
891 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
892 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
893 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
894 label.save_as_html = Save as HTML
895 label.recently_opened = Recently Opened
896 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
897 label.tree_from = Tree from {0}
898 label.webservice_job_title = {0} using {1}
899 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
900 label.visible = Visible
901 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
902 label.visible_region_of = visible region of
903 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
904 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
905 label.loading_file = Loading File: {0}
906 label.edit_params = Edit {0}
907 error.not_implemented = Not implemented
908 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
909 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
910 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
911 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
912 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
913 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
914 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
915 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
916 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
917 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
918 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
919 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
920 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
921 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
922 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
923 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
924 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
925 error.implementation_error = Implementation error
926 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
927 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
928 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
929 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
930 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
931 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
932 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
933 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
934 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
935 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
936 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
937 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
938 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
939 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
940 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
941 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
942 label.cancelled_params = Cancelled {0}
943 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
944 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
945 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
946 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
947 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
948 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
949 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
950 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
951 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
952 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
953 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
954 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
955 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
956 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
957 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
958 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
959 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
960 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
961 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
962 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
963 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
964 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
965 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
966 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
967 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
968 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
969 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
970 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
971 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
972 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
973 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
974 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
975 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
976 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
977 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
978 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
979 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
980 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
981 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
982 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
983 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
984 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
985 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
986 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
987 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
988 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
989 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
990 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
991 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
992 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
993 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
994 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
995 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
996 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
997 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
998 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
999 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1000 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1001 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1002 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1003 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1004 label.toggled = Toggled
1005 label.marked = Marked
1006 label.containing = containing
1007 label.not_containing = not containing
1008 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1009 label.submission_params = Submission {0}
1010 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1011 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1012 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1013 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1014 label.pca_calculating = Calculating PCA
1015 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1016 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1017 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1018 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1019 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1020 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1021 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1022 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1023 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1024 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1025 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1026 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1027 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1028 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1029 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1030 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1031 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1032 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1033 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1034 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1035 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1036 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1037 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1038 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1039 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1040 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1041 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1042 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1043 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1044 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1045 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1046 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1047 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1048 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1049 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1050 label.mapped = mapped
1051 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1052 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1053 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1054 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1055 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1056 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1057 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1058 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1059 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1060 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1061 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1062 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1063 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1064 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1065 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1066 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1067 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1068 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1069 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1070 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1071 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1072 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1073 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1074 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1075 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1076 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1077 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1078 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1079 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1080 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1081 label.remove_gaps = Remove Gaps
1082 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1083 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1084 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1085 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1086 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1087 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1088 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1089 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1090 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1091 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1092 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1093 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1094 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1095 warn.service_not_supported = Service not supported!
1096 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1097 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1098 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1099 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1100 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1101 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1102 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1103 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1104 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1105 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1106 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1107 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1108 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1109 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1110 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1111 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1112 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1113 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1114 label.eps_file = EPS file
1115 label.png_image = PNG image
1116 status.saving_file = Saving {0}
1117 status.export_complete = {0} Export completed.
1118 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1119 status.refreshing_news = Refreshing news
1120 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1121 status.opening_params = Opening {0}
1122 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1123 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1124 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1125 status.finshed_querying = Finished querying
1126 status.parsing_results = Parsing results.
1127 status.processing = Processing...
1128 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1129 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1130 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1131 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1132 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1133 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1134 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1135 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1136 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1137 status.opening_file_for = opening file for
1138 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1139 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1140 label.font_too_small = Font size is too small
1141 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1142 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1143 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1144 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1145 label.out_of_memory = Out of memory
1146 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1147 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1148 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1149 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1150 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1151 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1152 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1153 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1154 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1155 label.test_server = Test Server?
1156 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1157 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1158 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1159 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1160 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1161 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1162 label.file_already_exists = File exists
1163 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1164 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1165 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1166 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1167 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1168 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1169 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1170 label.delete_all = Delete all sequences
1171 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1172 label.add_annotations_for = Add annotations for
1173 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1174 label.choose_annotations = Choose Annotations
1175 label.find = Find
1176 label.invalid_search = Search string invalid
1177 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1178 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1179 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1180 label.show_group_logo = Show Group Logo
1181 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1182 label.show_histogram = Show Histogram
1183 label.show_logo = Show Logo
1184 label.normalise_logo = Normalise Logo
1185 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1186 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1187 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1188 label.open_split_window = Open split window
1189 action.no = No
1190 action.yes = Yes
1191 label.for = for
1192 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1193 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1194 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1195 label.alpha_helix = Alpha Helix
1196 label.beta_strand = Beta Strand
1197 label.turn = Turn
1198 label.select_all = Select All
1199 label.structures_filter = Structures Filter
1200 label.search_filter = Search Filter
1201 label.include_description= Include Description
1202 action.back = Back
1203 label.hide_insertions = Hide Insertions
1204 label.mark_as_representative = Mark as representative
1205 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1206 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1207 label.result = result
1208 label.results = results
1209 label.structure_chooser = Structure Chooser
1210 label.select = Select : 
1211 label.invert = Invert 
1212 label.select_pdb_file = Select PDB File
1213 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1214 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1215 label.search_result = Search Result
1216 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1217 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1218 label.start_jalview = Start Jalview
1219 label.biojs_html_export = BioJS
1220 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1221 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1222 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1223 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1224 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1225 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1226 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1227 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1228 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1229 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1230 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1231 action.export_groups = Export Groups
1232 action.export_annotations = Export Annotations
1233 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1234 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1235 action.export_features = Export Features
1236 label.export_settings = Export Settings
1237 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1238 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1239 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1240 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1241 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1242 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1243 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1244 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1245 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1246 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1247 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1248 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1249 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1250 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1251 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1252 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1253 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1254 label.run_groovy = Run Groovy console script
1255 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1256 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1257 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1258 action.next_page= >> 
1259 action.prev_page= << 
1260 label.next_page_tooltip=Next Page
1261 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1262 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1263 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1264 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1265 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1266 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1267 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1268 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1269 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1270 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1271 label.column = Column
1272 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1273 label.operation_failed = Operation failed
1274 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1275 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1276 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1277 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1278 exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} is a MIRIAM id and cannot be used as a custom url name
1279 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1280 label.filter = Filter text:
1281 action.customfilter = Custom only
1282 action.showall = Show All
1283 label.insert = Insert:
1284 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1285 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1286 label.primary = Double Click
1287 label.inmenu = In Menu
1288 label.id = ID
1289 label.database = Database
1290 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1291 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1292 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1293 label.invalid_name = Invalid Name !
1294 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1295 label.urllinks = Links