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[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
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2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 action.save_image = Save Image
7 action.paste = Paste
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9 action.print = Print...
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121 action.save = Save
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180 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
181 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
182 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
183 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
184 label.status_bar = Status bar
185 label.out_to_textbox = Output to Textbox
186 # delete Clustal - use FileFormat name instead
187 label.clustal = Clustal
188 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
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211 label.show_annotations = Show annotations
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218 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
219 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
220 label.colour_text = Colour Text
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267 label.chimera_path = Path to Chimera program
268 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
269 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
270 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
271 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
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309 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
310 label.removed_columns = Removed {0} columns.
311 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
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313 label.order_by_params = Order by {0}
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315 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
316 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
317 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
318 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
319 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
320 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
321 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
322 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
323 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
324 label.paste_your = Paste your
325 label.finished_searching = Finished searching
326 label.search_results= Search results {0} : {1}
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339 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
340 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
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354 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
355 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
356 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
357 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
358 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
359 label.groovy_console = Groovy Console...
360 label.lineart = Lineart
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370 label.database_param = Database: {0}
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372 label.example_param = Example: {0}
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374 label.file_format_not_specified = File format not specified
375 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
376 label.error_saving_file = Error Saving File
377 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
378 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
379 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
380 label.invalid_selection = Invalid Selection
381 label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences = Principal component analysis must take\nat least 4 input sequences.
382 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
383 label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!
384 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
385 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
386 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
387 label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.
388 label.sequences_not_aligned = Sequences not aligned
389 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
390 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
391 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
392 label.translation_failed = Translation Failed
393 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
394 label.implementation_error  = Implementation error:
395 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
396 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
397 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
398 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
399 label.view_name_original = Original
400 label.enter_view_name = Enter View Name
401 label.enter_label = Enter label
402 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
403 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
404 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
405 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
406 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
407 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
408 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
409 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
410 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
411 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
412 label.error_parsing_text = Error parsing text
413 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
414 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
415 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
416 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
417 label.input_alignment = Input Alignment
418 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
419 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
420 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
421 label.url_not_found = URL not found
422 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
423 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
424 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
425 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
426 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
427 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
428 label.invalid_url = Invalid URL !
429 label.error_loading_file = Error loading file
430 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
431 label.file_open_error = File open error
432 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
433 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
434 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
435 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
436 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
437 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
438 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
439 label.alignment_props = Alignment Properties
440 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
441 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
442 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
443 label.annotations = Annotations
444 label.structure_options = Structure Options
445 label.features = Features
446 label.overview_params = Overview {0}
447 label.paste_newick_file = Paste Newick file
448 label.load_tree_from_file = From File - 
449 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
450 label.selection_output_command = Selection output - {0}
451 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
452 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
453 label.pca_details = PCA details
454 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
455 label.user_defined_colours = User defined colours
456 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
457 label.jaview_build_date = Build date: {0}
458 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
459 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
460 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
461 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
462 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
463 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
464 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
465 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
466 label.right_click = Right click
467 label.to_add_annotation = to add annotation
468 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
469 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
470 label.label = Label
471 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
472 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
473 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
474 label.calculating_pca= Calculating PCA
475 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
476 label.jalview_applet = Jalview applet
477 label.loading_data = Loading data
478 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
479 label.calculating_tree = Calculating tree
480 label.state_queueing = queuing
481 label.state_running = running
482 label.state_completed = finished
483 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
484 label.state_job_error = job error!
485 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
486 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
487 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
488 label.structure_type = Structure type
489 label.settings_for_type = Settings for {0}
490 label.view_full_application = View in Full Application
491 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
492 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
493 label.export_features = Export Features...
494 label.export_annotations = Export Annotations...
495 label.to_upper_case = To Upper Case
496 label.to_lower_case = To Lower Case
497 label.toggle_case = Toggle Case
498 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
499 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
500 label.edit_sequence = Edit Sequence
501 label.edit_sequences = Edit Sequences
502 label.sequence_details = Sequence Details
503 label.jmol_help = Jmol Help
504 label.chimera_help = Chimera Help
505 label.close_viewer = Close Viewer
506 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
507 label.all = All
508 label.sort_by = Sort alignment by
509 label.sort_by_score = Sort by Score
510 label.sort_by_density = Sort by Density
511 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
512 label.sort_ann_by = Sort annotations by
513 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
514 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
515 label.reveal = Reveal
516 label.hide_columns = Hide Columns
517 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
518 label.load_tree_file = Load a tree file
519 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
520 label.standard_databases = Standard Databases
521 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
522 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
523 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
524 label.connect_to_session = Connect to session {0}
525 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
526 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
527 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
528 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
529 label.adjust_threshold = Adjust threshold
530 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
531 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
532 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
533 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
534 label.open_url_param = Open URL {0}
535 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
536 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
537 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
538 label.dark_colour = Dark Colour
539 label.light_colour = Light Colour
540 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
541 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
542 label.copy_format_from = Copy format from
543 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
544 label.select_all_views = Select all views
545 label.select_many_views = Select many views
546 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
547 label.open_local_file = Open local file
548 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
549 label.listen_for_selections = Listen for selections
550 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
551 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
552 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
553 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
554 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
555 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
556 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
557 label.no_services = <No Services>
558 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
559 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
560 label.connect_to = Connect to
561 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
562 label.from_url = from URL
563 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
564 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
565 label.from_textbox = from Textbox
566 label.window = Window
567 label.preferences = Preferences
568 label.tools = Tools
569 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
570 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
571 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
572 label.collect_garbage = Collect Garbage
573 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
574 label.show_java_console = Show Java Console
575 label.show_jalview_news = Show Jalview News
576 label.take_snapshot = Take snapshot
577 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
578 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
579 label.monospaced_font= Monospaced
580 label.quality = Quality
581 label.maximize_window = Maximize Window
582 label.conservation = Conservation
583 label.consensus = Consensus
584 label.histogram = Histogram
585 label.logo = Logo
586 label.non_positional_features = List Non-positional Features
587 label.database_references = List Database References
588 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
589 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
590 label.gap_symbol = Gap Symbol
591 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
592 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
593 label.address = Address
594 label.port = Port
595 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
596 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
597 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
598 label.check_for_latest_version = Check for latest version
599 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
600 label.use_proxy_server = Use a proxy server
601 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
602 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
603 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
604 label.smooth_font = Smooth Font
605 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
606 label.pad_gaps = Pad Gaps
607 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
608 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
609 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
610 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
611 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
612 label.right_align_ids = Right Align Ids
613 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
614 label.open_overview = Open Overview
615 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
616 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
617 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
618 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
619 label.visual = Visual
620 label.connections = Connections
621 label.output = Output
622 label.editing = Editing
623 label.das_settings = DAS Settings
624 label.web_services = Web Services
625 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
626 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
627 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
628 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
629 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
630 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
631 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
632 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
633 label.new_service_url = New Service URL
634 label.edit_service_url = Edit Service URL
635 label.delete_service_url = Delete Service URL
636 label.details = Details
637 label.options = Options
638 label.parameters = Parameters
639 label.available_das_sources = Available DAS Sources
640 label.full_details = Full Details
641 label.authority = Authority
642 label.type = Type
643 label.proxy_server = Proxy Server
644 label.file_output = File Output
645 label.select_input_type = Select input type
646 label.set_options_for_type = Set options for type
647 label.data_input_parameters = Data input parameters
648 label.data_returned_by_service = Data returned by service
649 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
650 label.parsing_errors = Parsing errors
651 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
652 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
653 label.input_parameter_name = Input Parameter name
654 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
655 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
656 label.brief_description_service = Brief description of service
657 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
658 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
659 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
660 label.gap_character = Gap character
661 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
662 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
663 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
664 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
665 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
666 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
667 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
668 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
669 label.input_output = Input/Output
670 label.cut_paste = Cut'n'Paste
671 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
672 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
673 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
674 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
675 label.from_file = From File
676 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
677 label.text_colour = Text Colour
678 action.set_text_colour = Text Colour...
679 label.structure = Structure
680 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
681 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
682 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
683 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
684 label.sequence_name = Sequence Name
685 label.sequence_description = Sequence Description
686 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
687 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
688 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
689 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
690 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
691 label.web_browser_not_found = Web browser not found
692 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
693 label.html = HTML
694 label.wrap = Wrap
695 label.show_database_refs = Show Database Refs
696 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
697 label.save_png_image = Save As PNG Image
698 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
699 label.export_image = Export Image
700 label.vamsas_store = VAMSAS store
701 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
702 label.reverse = Reverse
703 label.reverse_complement = Reverse Complement
704 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
705 label.extract_scores = Extract Scores
706 label.get_cross_refs = Get Cross-References
707 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
708 label.add_sequences = Add Sequences
709 label.new_window = New Window
710 label.split_window = Split Window
711 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
712 label.use_registry = Use Registry
713 label.add_local_source = Add Local Source
714 label.set_as_default = Set as Default
715 label.show_labels = Show labels
716 action.background_colour = Background Colour...
717 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
718 label.jalview_pca_calculation = Jalview PCA Calculation
719 label.link_name = Link Name
720 label.pdb_file = PDB file
721 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
722 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
723 label.superpose_structures = Superpose Structures
724 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
725 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
726 label.jmol = Jmol
727 label.chimera = Chimera
728 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
729 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
730 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
731 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
732 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
733 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
734 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
735 label.case_sensitive = Case Sensitive
736 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
737 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
738 label.index_by_host = Index by Host
739 label.index_by_type = Index by Type
740 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
741 label.display_warnings = Display Warnings
742 label.move_url_up = Move URL Up
743 label.move_url_down = Move URL Down
744 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
745 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
746 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
747 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
748 label.sequences_updated = Sequences updated
749 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
750 label.show_all_chains = Show all chains
751 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
752 label.paste_new_window = Paste To New Window
753 label.settings_for_param = Settings for {0}
754 label.view_params = View {0}
755 label.aacon_calculations = AACon Calculations
756 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
757 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
758 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
759 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
760 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
761 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
762 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
763 label.all_views = All Views
764 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
765 label.realign_with_params = Realign with {0}
766 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
767 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
768 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
769 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
770 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
771 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
772 label.view_documentation = View documentation
773 label.select_return_type = Select return type
774 label.translation_of_params = Translation of {0}
775 label.features_for_params = Features for - {0}
776 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
777 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
778 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
779 label.varna_params = VARNA - {0}
780 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
781 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
782 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
783 label.points_for_params = Points for {0}
784 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
785 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
786 label.select_background_colour = Select Background Colour
787 label.invalid_font = Invalid Font
788 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
789 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
790 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
791 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
792 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
793 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
794 label.example_query_param = Example query: {0}
795 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
796 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
797 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
798 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
799 label.select_columns_containing = Select columns containing
800 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
801 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
802 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
803 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
804 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
805 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
806 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
807 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
808 label.use_sequence_id_4 = 
809 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
810 label.switch_server = Switch server
811 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
812 label.services_at = Services at {0}
813 label.rest_client_submit = {0} using {1}
814 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
815 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
816 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
817 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
818 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
819 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
820 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
821 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
822 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
823 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
824 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
825 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
826 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
827 label.user_preset = User Preset
828 label.service_preset = Service Preset
829 label.run_with_preset = Run {0} with preset
830 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
831 action.by_title_param = By {0}
832 label.source_from_db_source = Sources from {0}
833 label.from_msname = from {0}
834 label.superpose_with = Superpose with
835 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
836 label.add_new_row = Add New Row
837 label.edit_label_description = Edit Label/Description
838 label.hide_row = Hide This Row
839 label.delete_row = Delete This Row
840 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
841 label.export_annotation = Export Annotation
842 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
843 label.helix = Helix
844 label.sheet = Sheet
845 label.rna_helix = RNA Helix
846 label.remove_annotation = Remove Annotation
847 label.colour_by = Colour by...
848 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
849 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
850 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
851 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
852 label.multiharmony = Multi-Harmony
853 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
854 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
855 label.prompt_each_time = Prompt each time
856 label.use_source = Use Source
857 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
858 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
859 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
860 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
861 label.pca_sequences_not_aligned = The sequences must be aligned before calculating PCA.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
862 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
863 label.invalid_name = Invalid name
864 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
865 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
866 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
867 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
868 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
869 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
870 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
871 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
872 label.feature_type = Feature Type
873 label.display = Display
874 label.service_url = Service URL
875 label.copied_sequences = Copied sequences
876 label.cut_sequences = Cut Sequences
877 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
878 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
879 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
880 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
881 label.save_features_to_file = Save Features to File
882 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
883 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
884 label.save_pdb_file = Save PDB File
885 label.save_text_to_file = Save Text to File
886 label.save_state = Save State
887 label.restore_state = Restore State
888 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
889 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
890 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
891 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
892 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
893 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
894 label.select_startup_file = Select startup file
895 label.select_default_browser = Select default web browser
896 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
897 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
898 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
899 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
900 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
901 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
902 label.save_as_html = Save as HTML
903 label.recently_opened = Recently Opened
904 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
905 label.tree = Tree
906 label.tree_from = Tree from {0}
907 label.webservice_job_title = {0} using {1}
908 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
909 label.visible = Visible
910 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
911 label.visible_region_of = visible region of
912 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
913 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
914 label.loading_file = Loading File: {0}
915 label.edit_params = Edit {0}
916 error.not_implemented = Not implemented
917 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
918 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
919 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
920 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
921 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
922 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
923 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
924 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
925 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
926 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
927 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
928 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
929 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
930 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
931 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
932 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
933 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
934 error.implementation_error = Implementation error
935 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
936 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
937 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
938 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
939 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
940 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
941 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
942 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
943 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
944 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
945 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
946 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
947 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
948 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
949 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
950 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
951 label.cancelled_params = Cancelled {0}
952 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
953 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
954 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
955 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
956 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
957 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
958 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
959 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
960 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
961 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
962 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
963 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
964 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
965 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
966 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
967 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
968 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
969 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
970 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
971 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
972 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
973 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
974 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
975 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
976 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
977 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
978 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
979 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
980 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
981 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
982 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
983 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
984 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
985 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
986 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
987 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
988 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
989 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
990 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
991 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
992 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
993 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
994 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
995 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
996 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
997 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
998 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
999 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
1000 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
1001 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
1002 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
1003 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1004 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1005 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1006 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1007 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1008 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1009 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1010 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1011 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1012 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1013 label.toggled = Toggled
1014 label.marked = Marked
1015 label.containing = containing
1016 label.not_containing = not containing
1017 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1018 label.submission_params = Submission {0}
1019 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1020 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1021 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1022 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1023 label.pca_calculating = Calculating PCA
1024 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1025 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1026 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1027 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1028 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1029 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1030 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1031 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1032 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1033 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1034 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1035 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1036 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1037 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1038 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1039 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1040 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1041 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1042 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1043 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1044 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1045 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1046 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1047 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1048 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1049 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1050 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1051 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1052 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1053 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1054 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1055 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1056 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1057 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1058 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1059 label.mapped = mapped
1060 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1061 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1062 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1063 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1064 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1065 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1066 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1067 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1068 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1069 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1070 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1071 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1072 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1073 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1074 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1075 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1076 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1077 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1078 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1079 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1080 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1081 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1082 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1083 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1084 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1085 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1086 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1087 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1088 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1089 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1090 label.remove_gaps = Remove Gaps
1091 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1092 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1093 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1094 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1095 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1096 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1097 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1098 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1099 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1100 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1101 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1102 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1103 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1104 warn.service_not_supported = Service not supported!
1105 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1106 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1107 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1108 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1109 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1110 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1111 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1112 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1113 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1114 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1115 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1116 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1117 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1118 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1119 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1120 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1121 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1122 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1123 label.eps_file = EPS file
1124 label.png_image = PNG image
1125 status.saving_file = Saving {0}
1126 status.export_complete = {0} Export completed.
1127 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1128 status.refreshing_news = Refreshing news
1129 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1130 status.opening_params = Opening {0}
1131 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1132 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1133 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1134 status.finshed_querying = Finished querying
1135 status.parsing_results = Parsing results.
1136 status.processing = Processing...
1137 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1138 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1139 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1140 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1141 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1142 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1143 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1144 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1145 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1146 status.opening_file_for = opening file for
1147 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1148 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1149 label.font_too_small = Font size is too small
1150 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1151 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1152 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1153 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1154 label.out_of_memory = Out of memory
1155 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1156 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1157 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1158 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1159 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1160 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1161 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1162 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1163 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1164 label.test_server = Test Server?
1165 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1166 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1167 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1168 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1169 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1170 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1171 label.file_already_exists = File exists
1172 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1173 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1174 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1175 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1176 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1177 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1178 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1179 label.delete_all = Delete all sequences
1180 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1181 label.add_annotations_for = Add annotations for
1182 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1183 label.choose_annotations = Choose Annotations
1184 label.find = Find
1185 label.invalid_search = Search string invalid
1186 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1187 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1188 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1189 label.show_group_logo = Show Group Logo
1190 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1191 label.show_histogram = Show Histogram
1192 label.show_logo = Show Logo
1193 label.normalise_logo = Normalise Logo
1194 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1195 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1196 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1197 label.open_split_window = Open split window
1198 action.no = No
1199 action.yes = Yes
1200 label.for = for
1201 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1202 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1203 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1204 label.alpha_helix = Alpha Helix
1205 label.beta_strand = Beta Strand
1206 label.turn = Turn
1207 label.select_all = Select All
1208 label.structures_filter = Structures Filter
1209 label.search_filter = Search Filter
1210 label.include_description= Include Description
1211 action.back = Back
1212 label.hide_insertions = Hide Insertions
1213 label.mark_as_representative = Mark as representative
1214 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1215 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1216 label.result = result
1217 label.results = results
1218 label.structure_chooser = Structure Chooser
1219 label.select = Select : 
1220 label.invert = Invert 
1221 label.select_pdb_file = Select PDB File
1222 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1223 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1224 label.search_result = Search Result
1225 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1226 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1227 label.start_jalview = Start Jalview
1228 label.biojs_html_export = BioJS
1229 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1230 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1231 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1232 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1233 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1234 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1235 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1236 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1237 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1238 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1239 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1240 action.export_groups = Export Groups
1241 action.export_annotations = Export Annotations
1242 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1243 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1244 action.export_features = Export Features
1245 label.export_settings = Export Settings
1246 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1247 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1248 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1249 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1250 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1251 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1252 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1253 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1254 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1255 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1256 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1257 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1258 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1259 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1260 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1261 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1262 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1263 label.run_groovy = Run Groovy console script
1264 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1265 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1266 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1267 action.next_page= >> 
1268 action.prev_page= << 
1269 label.next_page_tooltip=Next Page
1270 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1271 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1272 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1273 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1274 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1275 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1276 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1277 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1278 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1279 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1280 label.column = Column
1281 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1282 label.operation_failed = Operation failed
1283 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1284 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1285 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1286 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1287 exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} is a MIRIAM id and cannot be used as a custom url name
1288 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1289 label.filter = Filter text:
1290 action.customfilter = Custom only
1291 action.showall = Show All
1292 label.insert = Insert:
1293 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1294 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1295 label.primary = Double Click
1296 label.inmenu = In Menu
1297 label.id = ID
1298 label.database = Database
1299 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1300 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1301 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1302 label.invalid_name = Invalid Name !
1303 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1304 label.urllinks = Links