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[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
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2 action.reset_services = Reset Services
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4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 action.save_image = Save Image
7 action.paste = Paste
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9 action.print = Print...
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211 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
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261 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
262 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
263 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
264 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
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302 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
303 label.removed_columns = Removed {0} columns.
304 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
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306 label.order_by_params = Order by {0}
307 label.html_content = <html>{0}</html>
308 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
309 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
310 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
311 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
312 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
313 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
314 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
315 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
316 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
317 label.paste_your = Paste your
318 label.finished_searching = Finished searching
319 label.search_results= Search results {0} : {1}
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322 label.size = Size:
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324 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
325 label.calculating = Calculating....
326 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
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328 label.set_this_label_text = set this label text
329 label.sequences_from = Sequences from {0}
330 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
331 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
332 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
333 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
334 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
335 label.source_to_target = {0} ... {1}
336 label.per_sequence_only= Per-sequence only
337 label.to_file = to File
338 label.to_textbox = to Textbox
339 label.jalview = Jalview
340 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
341 label.status = Status
342 label.channels = Channels
343 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
344 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
345 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
346 label.session_update = Session Update
347 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
348 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
349 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
350 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
351 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
352 label.groovy_console = Groovy Console...
353 label.lineart = Lineart
354 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
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356 label.invert_selection = Invert Selection
357 label.optimise_order = Optimise Order
358 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
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360 label.save_colours = Save Colours
361 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
362 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
363 label.database_param = Database: {0}
364 label.example = Example
365 label.example_param = Example: {0}
366 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
367 label.file_format_not_specified = File format not specified
368 label.alignment_contains_hidden_columns = The Alignment contains hidden regions (hidden sequences/columns).\nDo you want to save only the visible alignment?
369 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
370 label.error_saving_file = Error Saving File
371 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
372 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
373 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
374 label.invalid_selection = Invalid Selection
375 label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences = Principal component analysis must take\nat least 4 input sequences.
376 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
377 label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!
378 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
379 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
380 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
381 label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.
382 label.sequences_not_aligned = Sequences not aligned
383 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
384 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
385 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
386 label.translation_failed = Translation Failed
387 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
388 label.implementation_error  = Implementation error:
389 label.automatically_associate_pdb_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} PDB files with sequences in the alignment that have the same name?
390 label.automatically_associate_pdb_files_by_name = Automatically Associate PDB files by name
391 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
392 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
393 label.view_name_original = Original
394 label.enter_view_name = Enter View Name
395 label.enter_label = Enter label
396 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure?
397 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
398 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
399 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
400 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
401 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
402 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
403 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
404 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
405 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
406 label.error_parsing_text = Error parsing text
407 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
408 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
409 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
410 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
411 label.input_alignment = Input Alignment
412 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
413 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
414 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
415 label.url_not_found = URL not found
416 label.no_link_selected = No link selected
417 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
418 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
419 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
420 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
421 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
422 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
423 label.invalid_url = Invalid URL !
424 label.error_loading_file = Error loading file
425 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
426 label.file_open_error = File open error
427 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
428 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
429 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
430 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
431 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
432 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
433 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
434 label.alignment_props = Alignment Properties
435 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
436 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
437 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
438 label.annotations = Annotations
439 label.structure_options = Structure Options
440 label.features = Features
441 label.overview_params = Overview {0}
442 label.paste_newick_file = Paste Newick file
443 label.load_tree_from_file = From File - 
444 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
445 label.selection_output_command = Selection output - {0}
446 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
447 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
448 label.pca_details = PCA details
449 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
450 label.user_defined_colours = User defined colours
451 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
452 label.jaview_build_date = Build date: {0}
453 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
454 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
455 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
456 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
457 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
458 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
459 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
460 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
461 label.right_click = Right click
462 label.to_add_annotation = to add annotation
463 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
464 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
465 label.label = Label
466 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
467 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
468 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
469 label.calculating_pca= Calculating PCA
470 label.reveal_columns = Reveal Columns
471 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
472 label.jalview_applet = Jalview applet
473 label.loading_data = Loading data
474 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
475 label.calculating_tree = Calculating tree
476 label.state_queueing = queuing
477 label.state_running = running
478 label.state_complete = complete
479 label.state_completed = finished
480 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
481 label.state_job_error = job error!
482 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
483 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
484 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
485 label.structure_type = Structure type
486 label.settings_for_type = Settings for {0}
487 label.view_full_application = View in Full Application
488 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
489 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
490 label.export_features = Export Features...
491 label.export_annotations = Export Annotations...
492 label.to_upper_case = To Upper Case
493 label.to_lower_case = To Lower Case
494 label.toggle_case = Toggle Case
495 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
496 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
497 label.edit_sequence = Edit Sequence
498 label.edit_sequences = Edit Sequences
499 label.sequence_details = Sequence Details
500 label.jmol_help = Jmol Help
501 label.chimera_help = Chimera Help
502 label.close_viewer = Close Viewer
503 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
504 label.chimera_help = Chimera Help
505 label.all = All
506 label.sort_by = Sort alignment by
507 label.sort_by_score = Sort by Score
508 label.sort_by_density = Sort by Density
509 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
510 label.sort_ann_by = Sort annotations by
511 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
512 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
513 label.reveal = Reveal
514 label.hide_columns = Hide Columns
515 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
516 label.load_tree_file = Load a tree file
517 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
518 label.standard_databases = Standard Databases
519 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
520 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
521 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Align structures using {0} linked alignment views
522 label.connect_to_session = Connect to session {0}
523 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
524 label.threshold_feature_no_thereshold = No Threshold
525 label.threshold_feature_above_thereshold = Above Threshold
526 label.threshold_feature_below_thereshold = Below Threshold
527 label.adjust_thereshold = Adjust threshold
528 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
529 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
530 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
531 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
532 label.open_new_jmol_view_with_all_structures_associated_current_selection_superimpose_using_alignment = Open a new structure viewer with all structures associated with the current selection and superimpose them using the alignment.
533 label.open_url_param = Open URL {0}
534 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
535 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
536 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
537 label.dark_colour = Dark Colour
538 label.light_colour = Light Colour
539 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
540 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
541 label.copy_format_from = Copy format from
542 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
543 label.select_all_views = Select all views
544 label.select_many_views = Select many views
545 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
546 label.open_local_file = Open local file
547 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
548 label.listen_for_selections = Listen for selections
549 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
550 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
551 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
552 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
553 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
554 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
555 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
556 label.no_services = <No Services>
557 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
558 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
559 label.connect_to = Connect to
560 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
561 label.from_url = from URL
562 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
563 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
564 label.from_textbox = from Textbox
565 label.window = Window
566 label.preferences = Preferences
567 label.tools = Tools
568 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
569 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
570 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
571 label.collect_garbage = Collect Garbage
572 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
573 label.show_java_console = Show Java Console
574 label.show_jalview_news = Show Jalview News
575 label.take_snapshot = Take snapshot
576 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
577 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
578 label.monospaced_font= Monospaced
579 label.quality = Quality
580 label.maximize_window = Maximize Window
581 label.conservation = Conservation
582 label.consensus = Consensus
583 label.histogram = Histogram
584 label.logo = Logo
585 label.non_positional_features = List Non-positional Features
586 label.database_references = List Database References
587 label.share_selection_across_views = Share selection across views
588 label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
589 label.gap_symbol = Gap Symbol
590 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
591 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
592 label.address = Address
593 label.port = Port
594 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
595 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
596 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
597 label.check_for_latest_version = Check for latest version
598 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
599 label.use_proxy_server = Use a proxy server
600 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
601 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
602 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
603 label.smooth_font = Smooth Font
604 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
605 label.pad_gaps = Pad Gaps
606 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
607 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
608 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
609 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
610 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
611 label.right_align_ids = Right Align Ids
612 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
613 label.open_overview = Open Overview
614 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
615 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
616 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
617 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
618 label.visual = Visual
619 label.connections = Connections
620 label.output = Output
621 label.editing = Editing
622 label.das_settings = DAS Settings
623 label.web_services = Web Services
624 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
625 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
626 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
627 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
628 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
629 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
630 label.new_service_url = New Service URL
631 label.edit_service_url = Edit Service URL
632 label.delete_service_url = Delete Service URL
633 label.details = Details
634 label.options = Options
635 label.parameters = Parameters
636 label.available_das_sources = Available DAS Sources
637 label.full_details = Full Details
638 label.authority = Authority
639 label.type = Type
640 label.proxy_server = Proxy Server
641 label.file_output = File Output
642 label.select_input_type = Select input type
643 label.set_options_for_type = Set options for type
644 label.data_input_parameters = Data input parameters
645 label.data_returned_by_service = Data returned by service
646 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
647 label.parsing_errors = Parsing errors
648 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
649 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
650 label.input_parameter_name = Input Parameter name
651 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
652 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
653 label.brief_description_service = Brief description of service
654 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
655 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
656 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
657 label.gap_character = Gap character
658 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
659 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
660 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
661 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
662 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
663 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
664 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
665 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
666 label.input_output = Input/Output
667 label.cut_paste = Cut'n'Paste
668 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
669 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
670 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
671 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group.
672 label.view_structure_for = View structure for {0}
673 label.view_all_structures = View all {0} structures.
674 label.view_all_representative_structures = View all {0} representative structures.
675 label.open_new_jmol_view_with_all_representative_structures_associated_current_selection_superimpose_using_alignment = Opens a new structure viewer with all representative structures\nassociated with the current selection\nsuperimposed with the current alignment.
676 label.associate_structure_with_sequence = Associate Structure with Sequence
677 label.from_file = From File
678 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
679 label.discover_pdb_ids = Discover PDB IDs
680 label.text_colour = Text Colour
681 action.set_text_colour = Text Colour...
682 label.structure = Structure
683 label.view_structure = View Structure
684 label.view_protein_structure = View Protein Structure
685 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
686 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
687 label.clustalx_colours = Clustalx colours
688 label.above_identity_percentage = Above % Identity
689 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
690 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
691 label.sequence_name = Sequence Name
692 label.sequence_description = Sequence Description
693 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
694 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
695 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
696 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
697 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
698 label.web_browser_not_found = Web browser not found
699 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
700 label.html = HTML
701 label.wrap = Wrap
702 label.show_database_refs = Show Database Refs
703 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
704 label.save_png_image = Save As PNG Image
705 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
706 label.export_image = Export Image
707 label.vamsas_store = VAMSAS store
708 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
709 label.reverse = Reverse
710 label.reverse_complement = Reverse Complement
711 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
712 label.align = Align
713 label.extract_scores = Extract Scores
714 label.get_cross_refs = Get Cross-References
715 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
716 label.add_sequences = Add Sequences
717 label.new_window = New Window
718 label.split_window = Split Window
719 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
720 label.use_registry = Use Registry
721 label.add_local_source = Add Local Source
722 label.set_as_default = Set as Default
723 label.show_labels = Show labels
724 label.background_colour = Background Colour
725 action.background_colour = Background Colour...
726 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
727 label.jalview_pca_calculation = Jalview PCA Calculation
728 label.link_name = Link Name
729 label.pdb_file = PDB file
730 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
731 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
732 label.align_structures = Align Structures
733 label.jmol = Jmol
734 label.chimera = Chimera
735 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
736 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
737 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
738 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
739 label.case_sensitive = Case Sensitive
740 label.lower_case_colour = Lower Case Colour
741 label.index_by_host = Index by Host
742 label.index_by_type = Index by Type
743 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
744 label.display_warnings = Display Warnings
745 label.move_url_up = Move URL Up
746 label.move_url_down = Move URL Down
747 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
748 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
749 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
750 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases. Some of the ids have been\n altered, most likely the start/end residue will have been updated.\n Save your alignment to maintain the updated id.\n\n
751 label.sequence_names_updated = Sequence names updated
752 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
753 label.show_all_chains = Show all chains
754 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
755 label.paste_new_window = Paste To New Window
756 label.settings_for_param = Settings for {0}
757 label.view_params = View {0}
758 label.aacon_calculations = AACon Calculations
759 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
760 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
761 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
762 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
763 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
764 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
765 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
766 label.all_views = All Views
767 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
768 label.realign_with_params = Realign with {0}
769 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
770 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
771 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
772 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
773 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
774 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
775 label.view_documentation = View documentation
776 label.select_return_type = Select return type
777 label.translation_of_params = Translation of {0}
778 label.features_for_params = Features for - {0}
779 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
780 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
781 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
782 label.varna_params = VARNA - {0}
783 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
784 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
785 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
786 label.points_for_params = Points for {0}
787 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
788 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
789 label.select_backgroud_colour = Select Background Colour
790 label.invalid_font = Invalid Font
791 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
792 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
793 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This Searches the entire database)
794 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
795 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
796 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
797 label.example_query_param = Example query: {0}
798 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
799 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
800 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
801 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
802 label.select_columns_containing = Select columns containing
803 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
804 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
805 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
806 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
807 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
808 label.use_sequence_id_1 = Use $SEQUENCE_ID$ or $SEQUENCE_ID=/<regex>/=$
809 label.use_sequence_id_2 = \nto embed sequence id in URL
810 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
811 label.switch_server = Switch server
812 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
813 label.services_at = Services at {0}
814 label.rest_client_submit = {0} using {1}
815 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
816 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
817 #label.feature_settings_click_drag = <html>Click/drag feature types up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature in alignment/current selection<br/>Pressing Alt will select columns outside features rather than inside<br/>Pressing Shift to modify current selection (rather than clear current selection)<br/>Press CTRL or Command/Meta to toggle columns in/outside features<br/></html>
818 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
819 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
820 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
821 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
822 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
823 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
824 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
825 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
826 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
827 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
828 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
829 label.user_preset = User Preset
830 label.service_preset = Service Preset
831 label.run_with_preset = Run {0} with preset
832 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
833 label.submit_sequence = <html>Submit {0} {1} {2} {3} to<br/>{4}</html>
834 action.by_title_param = By {0}
835 label.alignment = Alignment
836 label.secondary_structure_prediction = Secondary Structure Prediction
837 label.sequence_database_search = Sequence Database Search
838 label.analysis = Analysis
839 label.protein_disorder = Protein Disorder 
840 label.source_from_db_source = Sources from {0}
841 label.from_msname = from {0}
842 label.superpose_with = Superpose with
843 action.do = Do
844 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
845 label.add_new_row = Add New Row
846 label.edit_label_description = Edit Label/Description
847 label.hide_row = Hide This Row
848 label.delete_row = Delete This Row
849 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
850 label.export_annotation = Export Annotation
851 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
852 label.helix = Helix
853 label.sheet = Sheet
854 label.rna_helix = RNA Helix
855 label.remove_annotation = Remove Annotation
856 label.colour_by = Colour by...
857 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
858 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
859 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
860 label.jnet_secondary_structure_prediction = JNet Secondary Structure Prediction
861 label.multiharmony = Multi-Harmony
862 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
863 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
864 label.prompt_each_time = Prompt each time
865 label.use_source = Use Source
866 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
867 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
868 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
869 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
870 label.pca_sequences_not_aligned = The sequences must be aligned before calculating PCA.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
871 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
872 label.invalid_name = Invalid name
873 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
874 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
875 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
876 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
877 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
878 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
879 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
880 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
881 label.feature_type = Feature Type
882 label.display = Display
883 label.service_url = Service URL
884 label.copied_sequences = Copied sequences
885 label.cut_sequences = Cut Sequences
886 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
887 label.percentage_identity_thereshold = Percentage Identity Threshold ({0})
888 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
889 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
890 label.save_features_to_file = Save Features to File
891 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
892 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
893 label.save_pdb_file = Save PDB File
894 label.save_text_to_file = Save Text to File
895 label.save_state = Save State
896 label.restore_state = Restore State
897 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
898 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
899 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
900 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
901 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
902 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
903 label.dataset_for = {0} Dataset for {1}
904 label.select_startup_file = Select startup file
905 label.select_default_browser = Select default web browser
906 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
907 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
908 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
909 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
910 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
911 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
912 label.save_as_html = Save as HTML
913 label.recently_opened = Recently Opened
914 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
915 label.tree_from = Tree from {0}
916 label.webservice_job_title = {0} using {1}
917 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
918 label.visible = Visible
919 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
920 label.visible_region_of = visible region of
921 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
922 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
923 label.loading_file = Loading File: {0}
924 label.edit_params = Edit {0}
925 error.not_implemented = Not implemented
926 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
927 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
928 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
929 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
930 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
931 error.implementation_error_dont_know_thereshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
932 error.implementation_error_embeddedpopup_not_null = Implementation error - embeddedPopup must be non-null
933 error.invalid_colour_for_mycheckbox = Invalid color for MyCheckBox
934 error.implementation_error_unrecognised_render_object_for_features_type = Implementation Error: Unrecognised render object {0} for features of type {1}
935 error.implementation_error_unsupported_feature_colour_object = Implementation error: Unsupported feature colour object.
936 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
937 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
938 error.weak_sequencei_equivalence_not_yet_implemented = Weak sequenceI equivalence not yet implemented.
939 error.implementation_error_can_only_make_alignmnet_from_cigararray = Implementation Error - can only make an alignment view from a CigarArray of sequences.
940 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
941 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
942 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
943 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
944 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
945 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
946 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
947 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
948 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
949 error.implementation_error = Implementation error
950 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
951 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
952 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
953 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
954 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
955 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
956 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
957 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
958 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
959 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
960 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
961 error.implementation_error_jmol_getting_data = Implementation error - Jmol seems to be still working on getting its data - report at http://issues.jalview.org/browse/JAL-1016
962 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
963 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
964 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
965 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
966 error.implementation_error_chimera_getting_data = Implementation error - Chimera seems to be still working on getting its data - report at http://issues.jalview.org/browse/JAL-1016
967 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
968 label.cancelled_params = Cancelled {0}
969 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
970 error.implementation_error_dont_know_about_thereshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
971 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
972 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
973 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
974 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
975 error.implementation_error_cannot_create_groovyshell = Implementation Error. Cannot create groovyShell without Groovy on the classpath!
976 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
977 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
978 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
979 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
980 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
981 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
982 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
983 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
984 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
985 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
986 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
987 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
988 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
989 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
990 error.implementation_error_jalview_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Jalview Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
991 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
992 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
993 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
994 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
995 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
996 error.implementation_error_cannot_duplicate_colour_scheme = Serious implementation error: cannot duplicate colourscheme {0}
997 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
998 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
999 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
1000 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
1001 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
1002 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
1003 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
1004 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
1005 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JNet subjob merging not yet implemented
1006 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
1007 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
1008 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
1009 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
1010 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
1011 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
1012 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
1013 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
1014 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
1015 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
1016 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
1017 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
1018 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
1019 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
1020 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
1021 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
1022 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
1023 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1024 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1025 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1026 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1027 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1028 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1029 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1030 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1031 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1032 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns containing features of type {2}  across {3} sequence(s)
1033 label.toggled = Toggled
1034 label.marked = Marked
1035 label.not = not
1036 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1037 label.submission_params = Submission {0}
1038 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1039 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1040 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1041 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1042 label.pca_calculating = Calculating PCA
1043 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1044 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1045 label.adjunst_foreground_text_colour_thereshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1046 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1047 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1048 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1049 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1050 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1051 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1052 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1053 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1054 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1055 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1056 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1057 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1058 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1059 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1060 exception.querying_matching_opening_parenthesis_for_non_closing_parenthesis = Querying matching opening parenthesis for non-closing parenthesis character {0}
1061 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1062 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1063 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1064 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1065 exception.index_value_not_in_range = {0}: Index value {1} not in range [0..{2}]
1066 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1067 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1068 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1069 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1070 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1071 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1072 error.implementation_error_unknown_file_format_string = Implementation error: Unknown file format string
1073 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1074 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1075 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1076 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1077 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1078 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1079 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1080 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1081 label.mapped = mapped
1082 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1083 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1084 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1085 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1086 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1087 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1088 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1089 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1090 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1091 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1092 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1093 exception.error_parsing_line = Error parsing {0}
1094 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1095 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1096 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1097 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1098 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1099 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1100 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1101 exception.instantiation_creating_aedesc = InstantiationException while creating AEDesc: {0}
1102 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1103 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1104 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1105 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1106 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1107 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1108 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1109 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1110 label.no_embl_record_found = # No EMBL record retrieved for {0}:{1}
1111 label.embl_successfully_parsed = # Successfully parsed the {0} queries into an Alignment
1112 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1113 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1114 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1115 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1116 label.remove_gaps = Remove Gaps
1117 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JNet Query sequence!
1118 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1119 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1120 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1121 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1122 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1123 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1124 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1125 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1126 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1127 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1128 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1129 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1130 warn.service_not_supported = Service not supported!
1131 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1132 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1133 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1134 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1135 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1136 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1137 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1138 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1139 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JNet job result data\!\n{2}
1140 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1141 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1142 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1143 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1144 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1145 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1146 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1147 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1148 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1149 label.eps_file = EPS file
1150 label.png_image = PNG image
1151 status.saving_file = Saving {0}
1152 status.export_complete = {0} Export completed.
1153 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1154 status.refreshing_news = Refreshing news
1155 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1156 status.opening_params = Opening {0}
1157 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1158 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1159 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1160 status.finshed_querying = Finished querying
1161 status.parsing_results = Parsing results.
1162 status.processing = Processing...
1163 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1164 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1165 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1166 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1167 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1168 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1169 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1170 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1171 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1172 status.opening_file = opening file
1173 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1174 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1175 label.font_too_small = Font size is too small
1176 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1177 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1178 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1179 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1180 label.out_of_memory = Out of memory
1181 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1182 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1183 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1184 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1185 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1186 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$ or a regex $SEQUENCE_ID=/<regex>/=$
1187 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1188 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1189 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1190 label.test_server = Test Server?
1191 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1192 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1193 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1194 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1195 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1196 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1197 label.file_already_exists = File exists
1198 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1199 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1200 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1201 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1202 label.enter_redundancy_thereshold = Enter the redundancy threshold
1203 label.select_dark_light_set_thereshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1204 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1205 label.delete_all = Delete all sequences
1206 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1207 label.add_annotations_for = Add annotations for
1208 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1209 label.choose_annotations = Choose Annotations
1210 label.find = Find
1211 label.invalid_search = Search string invalid
1212 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1213 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1214 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1215 label.show_group_logo = Show Group Logo
1216 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1217 label.show_histogram = Show Histogram
1218 label.show_logo = Show Logo
1219 label.normalise_logo = Normalise Logo
1220 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1221 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1222 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1223 label.open_split_window = Open split window
1224 label.no_mappings = No mappings found
1225 action.no = No
1226 action.yes = Yes
1227 label.for = for
1228 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1229 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1230 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1231 action.hide = Hide
1232 action.select = Select
1233 label.alpha_helix = Alpha Helix
1234 label.beta_strand = Beta Strand
1235 label.turn = Turn
1236 label.select_all = Select All
1237 label.structures_filter = Structures Filter
1238 label.search_filter = Search Filter
1239 label.description = Description
1240 label.include_description= Include Description
1241 action.back = Back
1242 label.hide_insertions = Hide Insertions
1243 label.mark_as_representative = Mark as representative
1244 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1245 label.opens_the_jabaws_server_homepage = Opens the JABAWS server's homepage in web browser
1246 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1247 label.result = result
1248 label.results = results
1249 label.structure_chooser = Structure Chooser
1250 label.select = Select : 
1251 label.invert = Invert 
1252 label.select_pdb_file = Select PDB File
1253 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1254 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1255 label.search_result = Search Result
1256 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1257 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1258 label.start_jalview = Start Jalview
1259 label.biojs_html_export = BioJS
1260 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1261 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1262 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1263 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1264 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1265 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1266 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1267 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1268 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1269 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1270 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1271 action.export_groups = Export Groups
1272 action.export_annotations = Export Annotations
1273 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1274 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1275 action.export_features = Export Features
1276 label.export_settings = Export Settings
1277 label.save_as_biojs_html = Save as BioJs HTML
1278 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1279 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1280 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1281 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1282 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1283 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1284 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1285 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1286 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1287 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1288 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1289 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1290 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1291 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1292 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1293 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1294 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1295 label.run_groovy = Run Groovy console script
1296 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1297 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1298 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1299 action.next_page= >> 
1300 action.prev_page= << 
1301 label.next_page_tooltip=Next Page
1302 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1303 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1304 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.