cc52620cd2d9c2462ad889a1db8df32b41f0b984
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
15 action.start_job = Start Job
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18 action.move_up = Move Up
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21 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
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25 action.open_file = Open file
26 action.show_unconserved = Show Unconserved
27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
29 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
30 action.close_all = Close all
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33 action.quit = Quit
34 action.expand_views = Expand Views
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36 action.page_setup = Page Setup...
37 action.reload = Reload
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46 action.select_ddbb = --- Select Database ---
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68 action.by_conservation = By Conservation
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85 action.by_annotation = By Annotation...
86 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
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109 action.apply = Apply
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111 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
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119 action.add = Add
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121 action.save_as = Save as...
122 action.save = Save
123 action.cancel_fetch = Cancel Fetch
124 action.change_font = Change Font
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130 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
131 action.deselect_all = Deselect all
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134 action.link = Link
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143 label.url = URL
144 label.url\: = URL:
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149 label.name_param = Name: {0}
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151 label.group\: = Group:
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156 label.description = Description
157 label.description\: = Description:
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160 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
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164 label.sequence_source = Sequence Source
165 label.per_seq = per Sequence
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170 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
171 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
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173 label.treecalc_title = {0} Using {1}
174 label.tree_calc_av = Average Distance
175 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
176 label.select_score_model = Select score model
177 label.score_model_pid = % Identity
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179 label.score_model_pam250 = PAM 250
180 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
181 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
182 label.status_bar = Status bar
183 label.out_to_textbox = Output to Textbox
184 # delete Clustal - use FileFormat name instead
185 label.clustal = Clustal
186 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
187 label.colourScheme_clustal = Clustalx
188 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
189 label.colourScheme_%_identity = Percentage Identity
190 label.colourScheme_zappo = Zappo
191 label.colourScheme_taylor = Taylor
192 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
193 label.colourScheme_helix_propensity = Helix Propensity
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195 label.colourScheme_turn_propensity = Turn Propensity
196 label.colourScheme_buried_index = Buried Index
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198 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
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209 label.show_annotations = Show annotations
210 label.hide_annotations = Hide annotations
211 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
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213 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
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215 label.hide_all = Hide all
216 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
217 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
218 label.colour_text = Colour Text
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240 label.feature_settings = Feature Settings
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263 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
264 label.structure_viewer = Default structure viewer
265 label.chimera_path = Path to Chimera program
266 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
267 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
268 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
269 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
270 label.min_colour = Minimum Colour
271 label.max_colour = Maximum Colour
272 label.use_original_colours = Use Original Colours
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287 label.output_points = Output points...
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307 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
308 label.removed_columns = Removed {0} columns.
309 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
310 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
311 label.order_by_params = Order by {0}
312 label.html_content = <html>{0}</html>
313 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
314 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
315 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
316 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
317 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
318 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
319 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
320 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
321 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
322 label.paste_your = Paste your
323 label.finished_searching = Finished searching
324 label.search_results= Search results {0} : {1}
325 label.found_match_for = Found match for {0}
326 label.font = Font:
327 label.size = Size:
328 label.style = Style:
329 label.calculating = Calculating....
330 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
331 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
332 label.set_this_label_text = set this label text
333 label.sequences_from = Sequences from {0}
334 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
335 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
336 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
337 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
338 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
339 label.source_to_target = {0} ... {1}
340 label.per_sequence_only= Per-sequence only
341 label.to_file = to File
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344 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
345 label.status = Status
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347 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
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349 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
350 label.session_update = Session Update
351 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
352 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
353 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
354 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
355 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
356 label.groovy_console = Groovy Console...
357 label.lineart = Lineart
358 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
359 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
360 label.invert_selection = Invert Selection
361 label.optimise_order = Optimise Order
362 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
363 label.load_colours = Load Colours
364 label.save_colours = Save Colours
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366 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
367 label.database_param = Database: {0}
368 label.example = Example
369 label.example_param = Example: {0}
370 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
371 label.file_format_not_specified = File format not specified
372 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
373 label.error_saving_file = Error Saving File
374 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
375 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
376 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
377 label.invalid_selection = Invalid Selection
378 label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences = Principal component analysis must take\nat least 4 input sequences.
379 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
380 label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!
381 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
382 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
383 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
384 label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.
385 label.sequences_not_aligned = Sequences not aligned
386 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
387 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
388 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
389 label.translation_failed = Translation Failed
390 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
391 label.implementation_error  = Implementation error:
392 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
393 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
394 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
395 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
396 label.view_name_original = Original
397 label.enter_view_name = Enter View Name
398 label.enter_label = Enter label
399 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
400 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
401 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
402 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
403 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
404 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
405 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
406 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
407 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
408 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
409 label.error_parsing_text = Error parsing text
410 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
411 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
412 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
413 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
414 label.input_alignment = Input Alignment
415 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
416 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
417 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
418 label.url_not_found = URL not found
419 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
420 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
421 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
422 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
423 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
424 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
425 label.invalid_url = Invalid URL !
426 label.error_loading_file = Error loading file
427 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
428 label.file_open_error = File open error
429 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
430 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
431 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
432 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
433 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
434 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
435 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
436 label.alignment_props = Alignment Properties
437 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
438 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
439 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
440 label.annotations = Annotations
441 label.structure_options = Structure Options
442 label.features = Features
443 label.overview_params = Overview {0}
444 label.paste_newick_file = Paste Newick file
445 label.load_tree_from_file = From File - 
446 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
447 label.selection_output_command = Selection output - {0}
448 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
449 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
450 label.pca_details = PCA details
451 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
452 label.user_defined_colours = User defined colours
453 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
454 label.jaview_build_date = Build date: {0}
455 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
456 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
457 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
458 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
459 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
460 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
461 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
462 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
463 label.right_click = Right click
464 label.to_add_annotation = to add annotation
465 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
466 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
467 label.label = Label
468 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
469 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
470 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
471 label.calculating_pca= Calculating PCA
472 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
473 label.jalview_applet = Jalview applet
474 label.loading_data = Loading data
475 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
476 label.calculating_tree = Calculating tree
477 label.state_queueing = queuing
478 label.state_running = running
479 label.state_completed = finished
480 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
481 label.state_job_error = job error!
482 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
483 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
484 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
485 label.structure_type = Structure type
486 label.settings_for_type = Settings for {0}
487 label.view_full_application = View in Full Application
488 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
489 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
490 label.export_features = Export Features...
491 label.export_annotations = Export Annotations...
492 label.to_upper_case = To Upper Case
493 label.to_lower_case = To Lower Case
494 label.toggle_case = Toggle Case
495 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
496 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
497 label.edit_sequence = Edit Sequence
498 label.edit_sequences = Edit Sequences
499 label.sequence_details = Sequence Details
500 label.jmol_help = Jmol Help
501 label.chimera_help = Chimera Help
502 label.close_viewer = Close Viewer
503 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
504 label.all = All
505 label.sort_by = Sort alignment by
506 label.sort_by_score = Sort by Score
507 label.sort_by_density = Sort by Density
508 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
509 label.sort_ann_by = Sort annotations by
510 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
511 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
512 label.reveal = Reveal
513 label.hide_columns = Hide Columns
514 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
515 label.load_tree_file = Load a tree file
516 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
517 label.standard_databases = Standard Databases
518 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
519 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
520 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
521 label.connect_to_session = Connect to session {0}
522 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
523 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
524 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
525 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
526 label.adjust_threshold = Adjust threshold
527 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
528 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
529 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
530 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
531 label.open_url_param = Open URL {0}
532 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
533 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
534 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
535 label.dark_colour = Dark Colour
536 label.light_colour = Light Colour
537 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
538 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
539 label.copy_format_from = Copy format from
540 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
541 label.select_all_views = Select all views
542 label.select_many_views = Select many views
543 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
544 label.open_local_file = Open local file
545 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
546 label.listen_for_selections = Listen for selections
547 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
548 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
549 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
550 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
551 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
552 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
553 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
554 label.no_services = <No Services>
555 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
556 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
557 label.connect_to = Connect to
558 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
559 label.from_url = from URL
560 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
561 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
562 label.from_textbox = from Textbox
563 label.window = Window
564 label.preferences = Preferences
565 label.tools = Tools
566 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
567 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
568 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
569 label.collect_garbage = Collect Garbage
570 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
571 label.show_java_console = Show Java Console
572 label.show_jalview_news = Show Jalview News
573 label.take_snapshot = Take snapshot
574 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
575 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
576 label.monospaced_font= Monospaced
577 label.quality = Quality
578 label.maximize_window = Maximize Window
579 label.conservation = Conservation
580 label.consensus = Consensus
581 label.histogram = Histogram
582 label.logo = Logo
583 label.non_positional_features = List Non-positional Features
584 label.database_references = List Database References
585 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
586 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
587 label.gap_symbol = Gap Symbol
588 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
589 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
590 label.address = Address
591 label.port = Port
592 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
593 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
594 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
595 label.check_for_latest_version = Check for latest version
596 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
597 label.use_proxy_server = Use a proxy server
598 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
599 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
600 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
601 label.smooth_font = Smooth Font
602 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
603 label.pad_gaps = Pad Gaps
604 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
605 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
606 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
607 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
608 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
609 label.right_align_ids = Right Align Ids
610 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
611 label.open_overview = Open Overview
612 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
613 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
614 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
615 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
616 label.visual = Visual
617 label.connections = Connections
618 label.output = Output
619 label.editing = Editing
620 label.das_settings = DAS Settings
621 label.web_services = Web Services
622 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
623 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
624 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
625 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
626 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
627 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
628 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
629 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
630 label.new_service_url = New Service URL
631 label.edit_service_url = Edit Service URL
632 label.delete_service_url = Delete Service URL
633 label.details = Details
634 label.options = Options
635 label.parameters = Parameters
636 label.available_das_sources = Available DAS Sources
637 label.full_details = Full Details
638 label.authority = Authority
639 label.type = Type
640 label.proxy_server = Proxy Server
641 label.file_output = File Output
642 label.select_input_type = Select input type
643 label.set_options_for_type = Set options for type
644 label.data_input_parameters = Data input parameters
645 label.data_returned_by_service = Data returned by service
646 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
647 label.parsing_errors = Parsing errors
648 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
649 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
650 label.input_parameter_name = Input Parameter name
651 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
652 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
653 label.brief_description_service = Brief description of service
654 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
655 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
656 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
657 label.gap_character = Gap character
658 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
659 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
660 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
661 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
662 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
663 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
664 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
665 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
666 label.input_output = Input/Output
667 label.cut_paste = Cut'n'Paste
668 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
669 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
670 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
671 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
672 label.from_file = From File
673 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
674 label.text_colour = Text Colour...
675 label.structure = Structure
676 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
677 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
678 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
679 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
680 label.sequence_name = Sequence Name
681 label.sequence_description = Sequence Description
682 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
683 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
684 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
685 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
686 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
687 label.web_browser_not_found = Web browser not found
688 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
689 label.html = HTML
690 label.wrap = Wrap
691 label.show_database_refs = Show Database Refs
692 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
693 label.save_png_image = Save As PNG Image
694 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
695 label.export_image = Export Image
696 label.vamsas_store = VAMSAS store
697 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
698 label.reverse = Reverse
699 label.reverse_complement = Reverse Complement
700 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
701 label.extract_scores = Extract Scores
702 label.get_cross_refs = Get Cross-References
703 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
704 label.add_sequences = Add Sequences
705 label.new_window = New Window
706 label.split_window = Split Window
707 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
708 label.use_registry = Use Registry
709 label.add_local_source = Add Local Source
710 label.set_as_default = Set as Default
711 label.show_labels = Show labels
712 action.background_colour = Background Colour...
713 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
714 label.jalview_pca_calculation = Jalview PCA Calculation
715 label.link_name = Link Name
716 label.pdb_file = PDB file
717 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
718 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
719 label.superpose_structures = Superpose Structures
720 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
721 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
722 label.jmol = Jmol
723 label.chimera = Chimera
724 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
725 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
726 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
727 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
728 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
729 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
730 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
731 label.case_sensitive = Case Sensitive
732 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
733 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
734 label.index_by_host = Index by Host
735 label.index_by_type = Index by Type
736 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
737 label.display_warnings = Display Warnings
738 label.move_url_up = Move URL Up
739 label.move_url_down = Move URL Down
740 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
741 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
742 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
743 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
744 label.sequences_updated = Sequences updated
745 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
746 label.show_all_chains = Show all chains
747 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
748 label.paste_new_window = Paste To New Window
749 label.settings_for_param = Settings for {0}
750 label.view_params = View {0}
751 label.aacon_calculations = AACon Calculations
752 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
753 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
754 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
755 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
756 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
757 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
758 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
759 label.all_views = All Views
760 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
761 label.realign_with_params = Realign with {0}
762 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
763 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
764 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
765 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
766 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
767 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
768 label.view_documentation = View documentation
769 label.select_return_type = Select return type
770 label.translation_of_params = Translation of {0}
771 label.features_for_params = Features for - {0}
772 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
773 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
774 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
775 label.varna_params = VARNA - {0}
776 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
777 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
778 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
779 label.points_for_params = Points for {0}
780 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
781 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
782 label.select_background_colour = Select Background Colour
783 label.invalid_font = Invalid Font
784 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
785 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
786 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
787 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
788 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
789 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
790 label.example_query_param = Example query: {0}
791 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
792 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
793 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
794 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
795 label.select_columns_containing = Select columns containing
796 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
797 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
798 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
799 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
800 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
801 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
802 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
803 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
804 label.use_sequence_id_4 = 
805 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
806 label.switch_server = Switch server
807 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
808 label.services_at = Services at {0}
809 label.rest_client_submit = {0} using {1}
810 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
811 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
812 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
813 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
814 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
815 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
816 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
817 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
818 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
819 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
820 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
821 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
822 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
823 label.user_preset = User Preset
824 label.service_preset = Service Preset
825 label.run_with_preset = Run {0} with preset
826 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
827 action.by_title_param = By {0}
828 label.source_from_db_source = Sources from {0}
829 label.from_msname = from {0}
830 label.superpose_with = Superpose with
831 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
832 label.add_new_row = Add New Row
833 label.edit_label_description = Edit Label/Description
834 label.hide_row = Hide This Row
835 label.delete_row = Delete This Row
836 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
837 label.export_annotation = Export Annotation
838 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
839 label.helix = Helix
840 label.sheet = Sheet
841 label.rna_helix = RNA Helix
842 label.remove_annotation = Remove Annotation
843 label.colour_by = Colour by...
844 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
845 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
846 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
847 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
848 label.multiharmony = Multi-Harmony
849 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
850 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
851 label.prompt_each_time = Prompt each time
852 label.use_source = Use Source
853 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
854 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
855 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
856 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
857 label.pca_sequences_not_aligned = The sequences must be aligned before calculating PCA.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
858 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
859 label.invalid_name = Invalid name
860 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
861 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
862 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
863 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
864 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
865 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
866 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
867 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
868 label.feature_type = Feature Type
869 label.display = Display
870 label.service_url = Service URL
871 label.copied_sequences = Copied sequences
872 label.cut_sequences = Cut Sequences
873 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
874 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
875 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
876 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
877 label.save_features_to_file = Save Features to File
878 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
879 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
880 label.save_pdb_file = Save PDB File
881 label.save_text_to_file = Save Text to File
882 label.save_state = Save State
883 label.restore_state = Restore State
884 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
885 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
886 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
887 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
888 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
889 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
890 label.select_startup_file = Select startup file
891 label.select_default_browser = Select default web browser
892 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
893 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
894 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
895 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
896 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
897 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
898 label.save_as_html = Save as HTML
899 label.recently_opened = Recently Opened
900 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
901 label.tree_from = Tree from {0}
902 label.webservice_job_title = {0} using {1}
903 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
904 label.visible = Visible
905 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
906 label.visible_region_of = visible region of
907 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
908 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
909 label.loading_file = Loading File: {0}
910 label.edit_params = Edit {0}
911 label.as_percentage = As Percentage
912 error.not_implemented = Not implemented
913 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
914 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
915 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
916 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
917 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
918 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
919 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
920 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
921 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
922 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
923 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
924 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
925 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
926 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
927 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
928 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
929 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
930 error.implementation_error = Implementation error
931 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
932 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
933 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
934 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
935 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
936 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
937 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
938 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
939 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
940 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
941 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
942 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
943 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
944 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
945 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
946 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
947 label.cancelled_params = Cancelled {0}
948 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
949 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
950 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
951 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
952 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
953 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
954 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
955 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
956 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
957 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
958 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
959 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
960 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
961 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
962 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
963 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
964 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
965 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
966 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
967 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
968 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
969 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
970 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
971 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
972 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
973 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
974 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
975 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
976 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
977 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
978 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
979 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
980 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
981 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
982 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
983 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
984 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
985 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
986 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
987 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
988 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
989 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
990 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
991 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
992 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
993 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
994 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
995 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
996 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
997 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
998 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
999 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1000 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1001 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1002 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1003 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1004 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1005 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1006 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1007 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1008 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1009 label.toggled = Toggled
1010 label.marked = Marked
1011 label.containing = containing
1012 label.not_containing = not containing
1013 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1014 label.submission_params = Submission {0}
1015 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1016 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1017 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1018 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1019 label.pca_calculating = Calculating PCA
1020 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1021 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1022 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1023 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1024 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1025 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1026 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1027 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1028 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1029 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1030 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1031 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1032 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1033 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1034 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1035 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1036 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1037 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1038 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1039 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1040 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1041 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1042 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1043 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1044 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1045 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1046 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1047 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1048 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1049 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1050 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1051 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1052 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1053 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1054 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1055 label.mapped = mapped
1056 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1057 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1058 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1059 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1060 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1061 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1062 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1063 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1064 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1065 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1066 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1067 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1068 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1069 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1070 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1071 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1072 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1073 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1074 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1075 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1076 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1077 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1078 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1079 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1080 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1081 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1082 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1083 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1084 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1085 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1086 label.remove_gaps = Remove Gaps
1087 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1088 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1089 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1090 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1091 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1092 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1093 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1094 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1095 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1096 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1097 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1098 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1099 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1100 warn.service_not_supported = Service not supported!
1101 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1102 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1103 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1104 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1105 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1106 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1107 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1108 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1109 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1110 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1111 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1112 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1113 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1114 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1115 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1116 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1117 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1118 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1119 label.eps_file = EPS file
1120 label.png_image = PNG image
1121 status.saving_file = Saving {0}
1122 status.export_complete = {0} Export completed.
1123 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1124 status.refreshing_news = Refreshing news
1125 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1126 status.opening_params = Opening {0}
1127 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1128 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1129 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1130 status.finshed_querying = Finished querying
1131 status.parsing_results = Parsing results.
1132 status.processing = Processing...
1133 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1134 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1135 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1136 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1137 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1138 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1139 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1140 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1141 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1142 status.opening_file_for = opening file for
1143 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1144 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1145 label.font_too_small = Font size is too small
1146 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1147 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1148 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1149 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1150 label.out_of_memory = Out of memory
1151 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1152 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1153 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1154 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1155 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1156 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1157 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1158 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1159 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1160 label.test_server = Test Server?
1161 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1162 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1163 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1164 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1165 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1166 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1167 label.file_already_exists = File exists
1168 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1169 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1170 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1171 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1172 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1173 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1174 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1175 label.delete_all = Delete all sequences
1176 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1177 label.add_annotations_for = Add annotations for
1178 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1179 label.choose_annotations = Choose Annotations
1180 label.find = Find
1181 label.invalid_search = Search string invalid
1182 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1183 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1184 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1185 label.show_group_logo = Show Group Logo
1186 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1187 label.show_histogram = Show Histogram
1188 label.show_logo = Show Logo
1189 label.normalise_logo = Normalise Logo
1190 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1191 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1192 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1193 label.open_split_window = Open split window
1194 action.no = No
1195 action.yes = Yes
1196 label.for = for
1197 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1198 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1199 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1200 label.alpha_helix = Alpha Helix
1201 label.beta_strand = Beta Strand
1202 label.turn = Turn
1203 label.select_all = Select All
1204 label.structures_filter = Structures Filter
1205 label.search_filter = Search Filter
1206 label.include_description= Include Description
1207 action.back = Back
1208 label.hide_insertions = Hide Insertions
1209 label.mark_as_representative = Mark as representative
1210 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1211 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1212 label.result = result
1213 label.results = results
1214 label.structure_chooser = Structure Chooser
1215 label.select = Select : 
1216 label.invert = Invert 
1217 label.select_pdb_file = Select PDB File
1218 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1219 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1220 label.search_result = Search Result
1221 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1222 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1223 label.start_jalview = Start Jalview
1224 label.biojs_html_export = BioJS
1225 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1226 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1227 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1228 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1229 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1230 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1231 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1232 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1233 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1234 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1235 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1236 action.export_groups = Export Groups
1237 action.export_annotations = Export Annotations
1238 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1239 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1240 action.export_features = Export Features
1241 label.export_settings = Export Settings
1242 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1243 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1244 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1245 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1246 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1247 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1248 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1249 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1250 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1251 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1252 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1253 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1254 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1255 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1256 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1257 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1258 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1259 label.run_groovy = Run Groovy console script
1260 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1261 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1262 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1263 action.next_page= >> 
1264 action.prev_page= << 
1265 label.next_page_tooltip=Next Page
1266 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1267 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1268 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1269 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1270 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1271 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1272 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1273 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1274 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1275 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1276 label.column = Column
1277 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1278 label.operation_failed = Operation failed
1279 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1280 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1281 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1282 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1283 exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} is a MIRIAM id and cannot be used as a custom url name
1284 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1285 label.filter = Filter text:
1286 action.customfilter = Custom only
1287 action.showall = Show All
1288 label.insert = Insert:
1289 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1290 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1291 label.primary = Double Click
1292 label.inmenu = In Menu
1293 label.id = ID
1294 label.database = Database
1295 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1296 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1297 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1298 label.invalid_name = Invalid Name !
1299 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1300 label.urllinks = Links