db3dbf8d96b14cbf05fc68c9ce2597baf21f00ba
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.hmmer = HMMER
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22 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
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24 action.edit = Edit
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27 action.show_unconserved = Show Unconserved
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29 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
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37 action.page_setup = Page Setup...
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120 action.close = Close
121 action.add = Add
122 action.save_as_default = Save as default
123 action.save_as = Save as...
124 action.save = Save
125 action.cancel_fetch = Cancel Fetch
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127 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
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131 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
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133 action.deselect_all = Deselect all
134 action.invert_selection = Invert selection
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136 action.link = Link
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151 label.name_param = Name: {0}
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163 label.service_action = Service Action:
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165 label.url_suffix = URL Suffix
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171 label.redo_command = Redo {0}
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175 label.choose_calculation = Choose Calculation
176 label.treecalc_title = {0} Using {1}
177 label.tree_calc_av = Average Distance
178 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
179 label.select_score_model = Select score model
180 label.score_model_pid = % Identity
181 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
182 label.score_model_pam250 = PAM 250
183 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
184 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
185 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
186 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
187 label.status_bar = Status bar
188 label.out_to_textbox = Output to Textbox
189 label.occupancy = Occupancy
190 # delete Clustal - use FileFormat name instead
191 label.clustal = Clustal
192 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
193 label.colourScheme_clustal = Clustalx
194 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
195 label.colourScheme_%_identity = Percentage Identity
196 label.colourScheme_zappo = Zappo
197 label.colourScheme_taylor = Taylor
198 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
199 label.colourScheme_helix_propensity = Helix Propensity
200 label.colourScheme_strand_propensity = Strand Propensity
201 label.colourScheme_turn_propensity = Turn Propensity
202 label.colourScheme_buried_index = Buried Index
203 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
204 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
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206 label.colourScheme_rna_helices = By RNA Helices
207 label.colourScheme_hmmer-uniprot = HMMER profile v global background
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217 label.show_annotations = Show annotations
218 label.hide_annotations = Hide annotations
219 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
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222 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
223 label.hide_all = Hide all
224 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
225 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
226 label.colour_text = Colour Text
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270 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
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272 label.chimera_path = Path to Chimera program
273 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
274 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
275 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
276 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
277 label.min_colour = Minimum Colour
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280 label.use_original_colours = Use Original Colours
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293 label.labels = Labels
294 label.output_values = Output Values...
295 label.output_points = Output points...
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314 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
315 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
316 label.removed_columns = Removed {0} columns.
317 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
318 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
319 label.order_by_params = Order by {0}
320 label.html_content = <html>{0}</html>
321 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
322 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
323 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
324 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
325 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
326 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
327 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
328 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
329 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
330 label.paste_your = Paste your
331 label.finished_searching = Finished searching
332 label.search_results= Search results {0} : {1}
333 label.found_match_for = Found match for {0}
334 label.font = Font:
335 label.size = Size:
336 label.style = Style:
337 label.calculating = Calculating....
338 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
339 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
340 label.set_this_label_text = set this label text
341 label.sequences_from = Sequences from {0}
342 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
343 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
344 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
345 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
346 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
347 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
348 label.source_to_target = {0} ... {1}
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359 label.session_update = Session Update
360 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
361 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
362 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
363 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
364 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
365 label.groovy_console = Groovy Console...
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376 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
377 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
378 label.database_param = Database: {0}
379 label.example = Example
380 label.example_param = Example: {0}
381 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
382 label.file_format_not_specified = File format not specified
383 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
384 label.error_saving_file = Error Saving File
385 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
386 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
387 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
388 label.invalid_selection = Invalid Selection
389 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
390 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
391 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
392 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
393 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
394 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
395 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
396 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
397 label.translation_failed = Translation Failed
398 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
399 label.implementation_error  = Implementation error:
400 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
401 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
402 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
403 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
404 label.view_name_original = Original
405 label.enter_view_name = Enter View Name
406 label.enter_label = Enter label
407 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
408 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
409 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
410 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
411 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
412 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
413 label.error_parsing_text = Error parsing text
414 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
415 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
416 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
417 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
418 label.input_alignment = Input Alignment
419 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
420 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
421 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
422 label.url_not_found = URL not found
423 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
424 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
425 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
426 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
427 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
428 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
429 label.invalid_url = Invalid URL !
430 label.error_loading_file = Error loading file
431 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
432 label.file_open_error = File open error
433 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
434 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
435 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
436 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
437 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
438 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
439 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
440 label.alignment_props = Alignment Properties
441 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
442 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
443 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
444 label.annotations = Annotations
445 label.structure_options = Structure Options
446 label.features = Features
447 label.overview_params = Overview {0}
448 label.paste_newick_file = Paste Newick file
449 label.load_tree_from_file = From File - 
450 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
451 label.selection_output_command = Selection output - {0}
452 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
453 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
454 label.pca_details = PCA details
455 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
456 label.user_defined_colours = User defined colours
457 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
458 label.jaview_build_date = Build date: {0}
459 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
460 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
461 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
462 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
463 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
464 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
465 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
466 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
467 label.right_click = Right click
468 label.to_add_annotation = to add annotation
469 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
470 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
471 label.label = Label
472 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
473 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
474 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
475 label.calculating_pca= Calculating PCA
476 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
477 label.jalview_applet = Jalview applet
478 label.loading_data = Loading data
479 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
480 label.calculating_tree = Calculating tree
481 label.state_queueing = queuing
482 label.state_running = running
483 label.state_completed = finished
484 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
485 label.state_job_error = job error!
486 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
487 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
488 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
489 label.structure_type = Structure type
490 label.settings_for_type = Settings for {0}
491 label.view_full_application = View in Full Application
492 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
493 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
494 label.load_vcf = Load SNP variants from plain text or indexed VCF data
495 label.load_vcf_file = Load VCF File
496 label.searching_vcf = Loading VCF variants...
497 label.added_vcf = Added {0} VCF variants to {1} sequence(s)
498 label.export_features = Export Features...
499 label.export_annotations = Export Annotations...
500 label.to_upper_case = To Upper Case
501 label.to_lower_case = To Lower Case
502 label.toggle_case = Toggle Case
503 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
504 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
505 label.edit_sequence = Edit Sequence
506 label.edit_sequences = Edit Sequences
507 label.sequence_details = Sequence Details
508 label.jmol_help = Jmol Help
509 label.chimera_help = Chimera Help
510 label.close_viewer = Close Viewer
511 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
512 label.all = All
513 label.sort_by = Sort alignment by
514 label.sort_by_score = Sort by Score
515 label.sort_by_density = Sort by Density
516 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
517 label.sort_ann_by = Sort annotations by
518 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
519 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
520 label.reveal = Reveal
521 label.hide_columns = Hide Columns
522 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
523 label.load_tree_file = Load a tree file
524 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
525 label.standard_databases = Standard Databases
526 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
527 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
528 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
529 label.connect_to_session = Connect to session {0}
530 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
531 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
532 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
533 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
534 label.adjust_threshold = Adjust threshold
535 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
536 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
537 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
538 label.open_url_param = Open URL {0}
539 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
540 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
541 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
542 label.dark_colour = Dark Colour
543 label.light_colour = Light Colour
544 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
545 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
546 label.copy_format_from = Copy format from
547 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
548 label.select_all_views = Select all views
549 label.select_many_views = Select many views
550 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
551 label.open_local_file = Open local file
552 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
553 label.listen_for_selections = Listen for selections
554 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
555 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
556 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
557 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
558 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
559 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
560 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
561 label.no_services = <No Services>
562 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
563 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
564 label.connect_to = Connect to
565 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
566 label.from_url = from URL
567 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
568 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
569 label.from_textbox = from Textbox
570 label.window = Window
571 label.preferences = Preferences
572 label.tools = Tools
573 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
574 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
575 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
576 label.collect_garbage = Collect Garbage
577 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
578 label.show_java_console = Show Java Console
579 label.show_jalview_news = Show Jalview News
580 label.take_snapshot = Take snapshot
581 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
582 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
583 label.monospaced_font= Monospaced
584 label.quality = Quality
585 label.maximize_window = Maximize Window
586 label.conservation = Conservation
587 label.consensus = Consensus
588 label.histogram = Histogram
589 label.logo = Logo
590 label.non_positional_features = List Non-positional Features
591 label.database_references = List Database References
592 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
593 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
594 label.gap_symbol = Gap Symbol
595 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
596 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
597 label.address = Address
598 label.port = Port
599 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
600 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
601 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
602 label.check_for_latest_version = Check for latest version
603 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
604 label.use_proxy_server = Use a proxy server
605 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
606 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
607 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
608 label.smooth_font = Smooth Font
609 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
610 label.pad_gaps = Pad Gaps
611 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
612 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
613 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
614 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
615 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
616 label.right_align_ids = Right Align Ids
617 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
618 label.open_overview = Open Overview
619 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
620 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
621 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
622 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
623 label.visual = Visual
624 label.connections = Connections
625 label.output = Output
626 label.editing = Editing
627 label.das_settings = DAS Settings
628 label.web_services = Web Services
629 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
630 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
631 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
632 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
633 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
634 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
635 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
636 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
637 label.new_service_url = New Service URL
638 label.edit_service_url = Edit Service URL
639 label.delete_service_url = Delete Service URL
640 label.details = Details
641 label.options = Options
642 label.parameters = Parameters
643 label.available_das_sources = Available DAS Sources
644 label.full_details = Full Details
645 label.authority = Authority
646 label.type = Type
647 label.proxy_server = Proxy Server
648 label.file_output = File Output
649 label.select_input_type = Select input type
650 label.set_options_for_type = Set options for type
651 label.data_input_parameters = Data input parameters
652 label.data_returned_by_service = Data returned by service
653 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
654 label.parsing_errors = Parsing errors
655 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
656 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
657 label.input_parameter_name = Input Parameter name
658 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
659 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
660 label.brief_description_service = Brief description of service
661 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
662 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
663 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
664 label.gap_character = Gap character
665 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
666 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
667 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
668 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
669 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
670 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
671 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
672 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
673 label.input_output = Input/Output
674 label.cut_paste = Cut'n'Paste
675 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
676 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
677 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
678 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
679 label.from_file = From File
680 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
681 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
682 label.text_colour = Text Colour...
683 label.structure = Structure
684 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
685 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
686 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
687 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
688 label.sequence_name = Sequence Name
689 label.sequence_description = Sequence Description
690 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
691 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
692 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
693 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
694 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
695 label.web_browser_not_found = Web browser not found
696 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
697 label.html = HTML
698 label.wrap = Wrap
699 label.show_database_refs = Show Database Refs
700 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
701 label.save_png_image = Save As PNG Image
702 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
703 label.export_image = Export Image
704 label.vamsas_store = VAMSAS store
705 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
706 label.reverse = Reverse
707 label.reverse_complement = Reverse Complement
708 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
709 label.extract_scores = Extract Scores
710 label.get_cross_refs = Get Cross-References
711 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
712 label.add_sequences = Add Sequences
713 label.new_window = New Window
714 label.split_window = Split Window
715 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
716 label.use_registry = Use Registry
717 label.add_local_source = Add Local Source
718 label.set_as_default = Set as Default
719 label.show_labels = Show labels
720 action.background_colour = Background Colour...
721 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
722 label.link_name = Link Name
723 label.pdb_file = PDB file
724 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
725 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
726 label.superpose_structures = Superpose Structures
727 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
728 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
729 label.jmol = Jmol
730 label.chimera = Chimera
731 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
732 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
733 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
734 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
735 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
736 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
737 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
738 label.case_sensitive = Case Sensitive
739 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
740 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
741 label.index_by_host = Index by Host
742 label.index_by_type = Index by Type
743 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
744 label.display_warnings = Display Warnings
745 label.move_url_up = Move URL Up
746 label.move_url_down = Move URL Down
747 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
748 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
749 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
750 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
751 label.sequences_updated = Sequences updated
752 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
753 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
754 label.paste_new_window = Paste To New Window
755 label.settings_for_param = Settings for {0}
756 label.view_params = View {0}
757 label.aacon_calculations = AACon Calculations
758 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
759 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
760 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
761 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
762 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
763 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
764 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
765 label.all_views = All Views
766 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
767 label.realign_with_params = Realign with {0}
768 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
769 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
770 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
771 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
772 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
773 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
774 label.view_documentation = View documentation
775 label.select_return_type = Select return type
776 label.translation_of_params = Translation of {0}
777 label.features_for_params = Features for - {0}
778 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
779 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
780 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
781 label.varna_params = VARNA - {0}
782 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
783 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
784 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
785 label.points_for_params = Points for {0}
786 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
787 label.variable_color_for = Variable Feature Colour for {0}
788 label.select_background_colour = Select Background Colour
789 label.invalid_font = Invalid Font
790 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
791 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
792 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
793 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
794 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
795 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
796 label.example_query_param = Example query: {0}
797 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
798 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
799 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
800 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
801 label.select_columns_containing = Select columns containing
802 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
803 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
804 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
805 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
806 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
807 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
808 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
809 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
810 label.use_sequence_id_4 = 
811 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
812 label.switch_server = Switch server
813 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
814 label.services_at = Services at {0}
815 label.rest_client_submit = {0} using {1}
816 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
817 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
818 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
819 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
820 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
821 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information. 
822 label.opt_and_params_show_brief_desc = Click to show brief description<br>
823 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
824 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
825 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
826 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
827 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
828 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
829 label.user_preset = User Preset
830 label.service_preset = Service Preset
831 label.run_with_preset = Run {0} with preset
832 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
833 action.by_title_param = By {0}
834 label.source_from_db_source = Sources from {0}
835 label.from_msname = from {0}
836 label.superpose_with = Superpose with
837 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
838 label.add_new_row = Add New Row
839 label.edit_label_description = Edit Label/Description
840 label.hide_row = Hide This Row
841 label.delete_row = Delete This Row
842 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
843 label.export_annotation = Export Annotation
844 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
845 label.helix = Helix
846 label.sheet = Sheet
847 label.rna_helix = RNA Helix
848 label.remove_annotation = Remove Annotation
849 label.colour_by = Colour by...
850 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
851 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
852 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
853 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
854 label.multiharmony = Multi-Harmony
855 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
856 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
857 label.prompt_each_time = Prompt each time
858 label.use_source = Use Source
859 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
860 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
861 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
862 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
863 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
864 label.invalid_name = Invalid name
865 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
866 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
867 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
868 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
869 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
870 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
871 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
872 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
873 label.feature_type = Feature Type
874 label.show = Show
875 label.service_url = Service URL
876 label.copied_sequences = Copied sequences
877 label.cut_sequences = Cut Sequences
878 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
879 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
880 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
881 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
882 label.save_features_to_file = Save Features to File
883 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
884 label.save_pdb_file = Save PDB File
885 label.save_text_to_file = Save Text to File
886 label.save_state = Save State
887 label.restore_state = Restore State
888 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
889 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
890 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
891 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
892 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
893 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
894 label.select_startup_file = Select startup file
895 label.select_default_browser = Select default web browser
896 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
897 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
898 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
899 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
900 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
901 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
902 label.save_as_html = Save as HTML
903 label.recently_opened = Recently Opened
904 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
905 label.tree = Tree
906 label.tree_from = Tree from {0}
907 label.webservice_job_title = {0} using {1}
908 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
909 label.visible = Visible
910 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
911 label.visible_region_of = visible region of
912 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
913 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
914 label.loading_file = Loading File: {0}
915 label.edit_params = Edit {0}
916 label.as_percentage = As Percentage
917 error.not_implemented = Not implemented
918 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
919 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
920 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
921 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
922 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
923 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
924 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
925 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
926 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
927 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
928 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
929 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
930 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
931 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
932 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
933 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
934 error.implementation_error = Implementation error
935 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
936 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
937 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
938 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
939 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
940 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
941 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
942 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
943 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
944 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
945 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
946 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
947 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
948 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
949 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
950 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
951 label.cancelled_params = Cancelled {0}
952 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
953 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
954 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
955 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
956 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
957 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
958 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
959 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
960 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
961 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
962 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
963 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
964 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
965 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
966 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
967 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
968 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
969 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
970 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
971 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
972 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
973 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
974 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
975 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
976 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
977 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
978 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
979 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
980 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
981 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
982 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
983 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
984 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
985 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
986 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
987 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
988 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
989 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
990 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
991 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
992 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
993 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
994 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
995 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
996 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
997 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
998 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
999 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
1000 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
1001 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
1002 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1003 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1004 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1005 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1006 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1007 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1008 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1009 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1010 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1011 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1012 label.toggled = Toggled
1013 label.marked = Marked
1014 label.containing = containing
1015 label.not_containing = not containing
1016 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1017 label.submission_params = Submission {0}
1018 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1019 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1020 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1021 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1022 label.pca_calculating = Calculating PCA
1023 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1024 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1025 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1026 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1027 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1028 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1029 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1030 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1031 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1032 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1033 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1034 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1035 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1036 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1037 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1038 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1039 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1040 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1041 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1042 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1043 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1044 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1045 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1046 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1047 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1048 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1049 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1050 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1051 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1052 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1053 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1054 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1055 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1056 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1057 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1058 label.mapped = mapped
1059 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1060 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1061 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1062 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1063 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1064 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1065 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1066 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1067 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1068 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1069 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1070 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1071 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1072 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1073 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1074 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1075 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1076 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1077 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1078 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1079 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1080 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1081 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1082 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1083 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1084 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1085 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1086 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1087 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1088 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1089 label.remove_gaps = Remove Gaps
1090 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1091 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1092 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1093 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1094 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1095 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1096 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1097 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1098 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1099 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1100 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1101 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1102 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1103 warn.service_not_supported = Service not supported!
1104 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1105 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1106 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1107 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1108 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1109 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1110 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1111 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1112 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1113 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1114 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1115 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1116 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1117 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1118 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1119 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1120 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1121 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1122 label.eps_file = EPS file
1123 label.png_image = PNG image
1124 status.saving_file = Saving {0}
1125 status.export_complete = {0} Export completed.
1126 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1127 status.refreshing_news = Refreshing news
1128 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1129 status.opening_params = Opening {0}
1130 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1131 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1132 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1133 status.finshed_querying = Finished querying
1134 status.parsing_results = Parsing results.
1135 status.processing = Processing...
1136 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1137 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1138 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1139 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1140 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1141 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1142 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1143 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1144 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1145 status.opening_file_for = opening file for
1146 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1147 status.running_hmmbuild = Building Hidden Markov Model
1148 status.running_hmmalign = Creating alignment with Hidden Markov Model
1149 status.running_hmmsearch = Searching for matching sequences
1150 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1151 label.font_too_small = Font size is too small
1152 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1153 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1154 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1155 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1156 label.out_of_memory = Out of memory
1157 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1158 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1159 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1160 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1161 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1162 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1163 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1164 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1165 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1166 label.test_server = Test Server?
1167 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1168 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1169 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1170 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1171 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1172 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1173 label.file_already_exists = File exists
1174 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1175 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1176 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1177 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1178 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1179 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1180 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1181 label.delete_all = Delete all sequences
1182 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1183 label.add_annotations_for = Add annotations for
1184 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1185 label.choose_annotations = Choose Annotations
1186 label.find = Find
1187 label.invalid_search = Search string invalid
1188 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1189 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1190 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1191 label.show_group_logo = Show Group Logo
1192 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1193 label.show_histogram = Show Histogram
1194 label.show_logo = Show Logo
1195 label.normalise_logo = Normalise Logo
1196 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1197 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1198 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1199 label.open_split_window = Open split window
1200 action.no = No
1201 action.yes = Yes
1202 label.for = for
1203 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1204 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1205 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1206 label.alpha_helix = Alpha Helix
1207 label.beta_strand = Beta Strand
1208 label.turn = Turn
1209 label.select_all = Select All
1210 label.structures_filter = Structures Filter
1211 label.search_filter = Search Filter
1212 label.include_description= Include Description
1213 action.back = Back
1214 label.hide_insertions = Hide Insertions
1215 label.mark_as_representative = Mark as representative
1216 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1217 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1218 label.result = result
1219 label.results = results
1220 label.structure_chooser = Structure Chooser
1221 label.invert = Invert 
1222 label.select_pdb_file = Select PDB File
1223 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1224 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1225 label.search_result = Search Result
1226 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1227 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1228 label.start_jalview = Start Jalview
1229 label.biojs_html_export = BioJS
1230 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1231 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1232 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1233 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1234 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1235 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1236 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1237 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1238 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1239 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1240 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1241 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1242 action.export_groups = Export Groups
1243 action.export_annotations = Export Annotations
1244 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1245 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1246 action.export_features = Export Features
1247 label.export_settings = Export Settings
1248 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1249 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1250 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1251 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1252 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1253 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1254 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1255 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1256 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1257 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1258 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1259 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1260 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1261 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1262 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1263 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1264 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1265 label.run_groovy = Run Groovy console script
1266 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1267 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1268 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1269 action.next_page= >> 
1270 action.prev_page= << 
1271 label.next_page_tooltip=Next Page
1272 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1273 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1274 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1275 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1276 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1277 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1278 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1279 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1280 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1281 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1282 label.column = Column
1283 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1284 label.operation_failed = Operation failed
1285 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1286 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1287 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1288 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1289 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1290 label.filter = Filter text:
1291 action.customfilter = Custom only
1292 action.showall = Show All
1293 label.insert = Insert:
1294 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1295 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1296 label.primary = Double Click
1297 label.inmenu = In Menu
1298 label.id = ID
1299 label.database = Database
1300 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1301 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1302 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1303 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1304 label.urllinks = Links
1305 label.default_cache_size = Default Cache Size
1306 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1307 label.togglehidden = Show hidden regions
1308 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1309 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1310 label.consensus_descr = PID
1311 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1312 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1313 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1314 label.show_experimental = Enable experimental features
1315 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1316 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1317 label.overview_settings = Overview settings
1318 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1319 label.gap_colour = Gap colour:
1320 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1321 label.hidden_colour = Hidden colour:
1322 label.select_gap_colour = Select gap colour
1323 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1324 label.overview = Overview
1325 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1326 label.oview_calc = Recalculating overview...
1327 label.feature_details = Feature details
1328 label.matchCondition_contains = Contains
1329 label.matchCondition_notcontains = Does not contain
1330 label.matchCondition_matches = Matches
1331 label.matchCondition_notmatches = Does not match
1332 label.matchCondition_present = Is present
1333 label.matchCondition_notpresent = Is not present
1334 label.matchCondition_eq = =
1335 label.matchCondition_ne = not =
1336 label.matchCondition_lt = <
1337 label.matchCondition_le = <=
1338 label.matchCondition_gt = >
1339 label.matchCondition_ge = >=
1340 label.numeric_required = The value should be numeric
1341 label.filter = Filter
1342 label.filters = Filters
1343 label.join_conditions = Join conditions with
1344 label.score = Score
1345 label.colour_by_label = Colour by label
1346 label.variable_colour = Variable colour...
1347 label.select_colour = Select colour
1348 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1349 option.autosearch = Autosearch
1350 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1351 label.display_settings_for = Display settings for {0} features
1352 label.simple = Simple
1353 label.simple_colour = Simple Colour
1354 label.colour_by_text = Colour by text
1355 label.graduated_colour = Graduated Colour
1356 label.by_text_of = By text of
1357 label.by_range_of = By range of
1358 label.filters_tooltip = Click to set or amend filters
1359 label.or = Or
1360 label.and = And
1361 label.sequence_feature_colours = Sequence Feature Colours
1362 label.best_quality = Best Quality
1363 label.best_resolution = Best Resolution
1364 label.most_protein_chain = Most Protein Chain
1365 label.most_bound_molecules = Most Bound Molecules
1366 label.most_polymer_residues = Most Polymer Residues
1367 label.cached_structures = Cached Structures
1368 label.free_text_search = Free Text Search
1369 label.hmmalign = hmmalign
1370 label.use_hmm = HMM profile to use
1371 label.hmmbuild = hmmbuild
1372 label.hmmsearch = hmmsearch
1373 label.installation = Installation
1374 label.hmmer_location = HMMER Binaries Installation Location
1375 label.cygwin_location = Cygwin Binaries Installation Location (Windows)
1376 label.information_annotation = Information Annotation
1377 label.ignore_below_background_frequency = Ignore Below Background Frequency
1378 label.information_description = Information content, measured in bits
1379 warn.no_hmm = No Hidden Markov model found.\nRun hmmbuild or load an HMM file first.
1380 label.no_sequences_found = No matching sequences, or an error occurred.
1381 label.hmmer = HMMER
1382 label.trim_termini = Trim Non-Matching Termini
1383 label.trim_termini_desc = If true, non-matching regions on either end of the resulting alignment are removed.
1384 label.no_of_sequences = Number of sequences returned
1385 label.reporting_cutoff = Reporting Cut-off
1386 label.freq_alignment = Use alignment background frequencies
1387 label.freq_uniprot = Use Uniprot background frequencies
1388 label.hmmalign_options = hmmalign options
1389 label.hmmsearch_options = hmmsearch options
1390 label.executable_not_found = The ''{0}'' executable file was not found
1391 warn.command_failed = {0} failed
1392 label.invalid_folder = Invalid Folder
1393 label.number_of_results = Number of Results to Return
1394 label.auto_align_seqs = Automatically Align Fetched Sequences
1395 label.use_accessions = Return Accessions
1396 label.seq_evalue = Sequence E-value Cut-off
1397 label.seq_score = Sequence Score Threshold
1398 label.dom_evalue = Domain E-value Cut-off
1399 label.dom_score = Domain Score Threshold
1400 label.number_of_results_desc = The maximum number of hmmsearch results to display
1401 label.auto_align_seqs_desc = If true, all fetched sequences will be aligned to the hidden Markov model with which the search was performed
1402 label.use_accessions_desc = If true, the accession number of each sequence is returned, rather than that sequence's name
1403 label.seq_e_value_desc = The E-value cutoff for returned sequences (hmmsearch -E)
1404 label.seq_score_desc = The score threshold for returned sequences (hmmsearch -T)
1405 label.dom_e_value_desc = The E-value cutoff for returned domains (hmmsearch --domE)
1406 label.dom_score_desc = The score threshold for returned domains (hmmsearch --domT)
1407 label.add_database = Add Database
1408 label.this_alignment = This alignment
1409 warn.invalid_format = This is not a valid database file format. The current supported formats are Fasta, Stockholm and Pfam.
1410 label.database_for_hmmsearch = The database hmmsearch will search through
1411 label.use_reference = Use Reference Annotation
1412 label.use_reference_desc = If true, hmmbuild will keep all columns defined as a reference position by the reference annotation
1413 label.hmm_name = Alignment HMM Name
1414 label.hmm_name_desc = The name given to the HMM for the alignment
1415 warn.no_reference_annotation = No reference annotation found
1416 label.hmmbuild_for = Build HMM for
1417 label.hmmbuild_for_desc = Build an HMM for the selected sets of sequences
1418 label.alignment = Alignment
1419 label.groups_and_alignment = All groups and alignment
1420 label.groups = All groups
1421 label.selected_group = Selected group
1422 label.use_info_for_height = Use Information Content as Letter Height