JAL-3010 fix up bad merge from develop
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
15 action.start_job = Start Job
16 action.revert = Revert
17 action.move_down = Move Down
18 action.move_up = Move Up
19 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
20 action.add_return_datatype = Add return datatype
21 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
24 action.new = New
25 action.open_file = Open file
26 action.show_unconserved = Show Unconserved
27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
29 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
30 action.close_all = Close all
31 action.load_project = Load Project
32 action.save_project = Save Project
33 action.quit = Quit
34 action.expand_views = Expand Views
35 action.gather_views = Gather Views
36 action.page_setup = Page Setup...
37 action.reload = Reload
38 action.load = Load
39 action.open = Open
40 action.cancel = Cancel
41 action.create = Create
42 action.update = Update
43 action.delete = Delete
44 action.clear = Clear
45 action.accept = Accept
46 action.select_ddbb = --- Select Database ---
47 action.undo = Undo
48 action.redo = Redo
49 action.reset = Reset
50 action.remove_left = Remove left
51 action.remove_right = Remove right
52 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
53 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
54 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
55 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
56 action.boxes = Boxes
57 action.text = Text
58 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
59 action.by_id = By Id
60 action.by_length = By Length
61 action.by_group = By Group
62 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
63 action.set_as_reference = Set as Reference 
64 action.remove = Remove
65 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
66 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
67 action.user_defined = User Defined...
68 action.by_conservation = By Conservation
69 action.wrap = Wrap
70 action.show_gaps = Show Gaps
71 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
72 action.find = Find
73 action.undefine_groups = Undefine Groups
74 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
75 action.copy = Copy
76 action.cut = Cut
77 action.font = Font...
78 action.scale_above = Scale Above
79 action.scale_left = Scale Left
80 action.scale_right = Scale Right
81 action.by_tree_order = By Tree Order
82 action.sort = Sort
83 action.calculate_tree = Calculate Tree...
84 action.calculate_tree_pca = Calculate Tree or PCA...
85 action.help = Help
86 action.by_annotation = By Annotation...
87 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
88 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
89 action.show = Show
90 action.hide = Hide
91 action.ok = OK
92 action.set_defaults = Defaults
93 action.create_group = Create Group
94 action.remove_group = Remove Group
95 action.edit_group = Edit Group
96 action.border_colour = Border colour
97 action.edit_new_group = Edit New Group
98 action.hide_sequences = Hide Sequences
99 action.sequences = Sequences
100 action.ids = IDS
101 action.ids_sequences = IDS and sequences
102 action.reveal_all = Reveal All
103 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
104 action.find_all = Find all
105 action.find_next = Find next
106 action.file = File
107 action.view = View
108 action.annotations = Annotations
109 action.change_params = Change Parameters
110 action.apply = Apply
111 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
112 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
113 action.by_chain = By Chain
114 action.by_sequence = By Sequence
115 action.paste_annotations = Paste Annotations
116 action.format = Format
117 action.select = Select
118 action.new_view = New View
119 action.close = Close
120 action.add = Add
121 action.save_as_default = Save as default
122 action.save_as = Save as...
123 action.save = Save
124 action.cancel_fetch = Cancel Fetch
125 action.change_font = Change Font
126 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
127 action.colour = Colour
128 action.calculate = Calculate
129 action.select_all = Select all
130 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
131 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
132 action.deselect_all = Deselect all
133 action.invert_selection = Invert selection
134 action.using_jmol = Using Jmol
135 action.link = Link
136 action.group_link = Group Link
137 action.show_chain = Show Chain
138 action.show_group = Show Group
139 action.fetch_db_references = Fetch DB References
140 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
141 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
142 label.structures_manager = Structures Manager
143 label.nickname = Nickname:
144 label.url = URL
145 label.url\: = URL:
146 label.input_file_url = Enter URL or Input File
147 label.select_feature = Select feature
148 label.name = Name
149 label.name\: = Name:
150 label.name_param = Name: {0}
151 label.group = Group
152 label.group\: = Group:
153 label.group_name = Group Name
154 label.group_description = Group Description
155 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
156 label.colour = Colour:
157 label.description = Description
158 label.description\: = Description:
159 label.start = Start:
160 label.end = End:
161 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
162 label.service_action = Service Action:
163 label.post_url = POST URL:
164 label.url_suffix = URL Suffix
165 label.sequence_source = Sequence Source
166 label.per_seq = per Sequence
167 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
168 label.amend = Amend
169 label.undo_command = Undo {0}
170 label.redo_command = Redo {0}
171 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
172 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
173 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
174 label.choose_calculation = Choose Calculation
175 label.treecalc_title = {0} Using {1}
176 label.tree_calc_av = Average Distance
177 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
178 label.select_score_model = Select score model
179 label.score_model_pid = % Identity
180 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
181 label.score_model_pam250 = PAM 250
182 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
183 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
184 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
185 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
186 label.status_bar = Status bar
187 label.out_to_textbox = Output to Textbox
188 label.occupancy = Occupancy
189 # delete Clustal - use FileFormat name instead
190 label.clustal = Clustal
191 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
192 label.colourScheme_clustal = Clustalx
193 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
194 label.colourScheme_%_identity = Percentage Identity
195 label.colourScheme_zappo = Zappo
196 label.colourScheme_taylor = Taylor
197 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
198 label.colourScheme_helix_propensity = Helix Propensity
199 label.colourScheme_strand_propensity = Strand Propensity
200 label.colourScheme_turn_propensity = Turn Propensity
201 label.colourScheme_buried_index = Buried Index
202 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
203 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
204 label.colourScheme_t-coffee_scores = T-Coffee Scores
205 label.colourScheme_rna_helices = By RNA Helices
206 label.blc = BLC
207 label.fasta = Fasta
208 label.msf = MSF
209 label.pfam = PFAM
210 label.pileup = Pileup
211 label.pir = PIR
212 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
213 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
214 label.show_annotations = Show annotations
215 label.hide_annotations = Hide annotations
216 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
217 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
218 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
219 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
220 label.hide_all = Hide all
221 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
222 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
223 label.colour_text = Colour Text
224 label.show_non_conserved = Show nonconserved
225 label.overview_window = Overview Window
226 label.none = None
227 label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold
228 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
229 label.nucleotide = Nucleotide
230 label.protein = Protein
231 label.nucleotides = Nucleotides
232 label.proteins = Proteins
233 label.to_new_alignment = To New Alignment
234 label.to_this_alignment = Add To This Alignment
235 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
236 label.modify_identity_threshold = Modify Identity Threshold...
237 label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
238 label.input_from_textbox = Input from textbox
239 label.centre_column_labels = Centre column labels
240 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
241 label.documentation = Documentation
242 label.about = About...
243 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
244 action.feature_settings = Feature Settings...
245 label.all_columns = All Columns
246 label.all_sequences = All Sequences
247 label.selected_columns = Selected Columns 
248 label.selected_sequences = Selected Sequences
249 label.except_selected_sequences = All except selected sequences
250 label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)
251 label.selected_region = Selected Region
252 label.all_sequences_columns = All Sequences and Columns
253 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
254 label.show_selected_annotations = Show selected annotations
255 label.group_consensus = Group Consensus
256 label.group_conservation = Group Conservation
257 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
258 label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo
259 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
260 label.apply_all_groups = Apply to all groups
261 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
262 label.show_first = Show first
263 label.show_last = Show last
264 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
265 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
266 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
267 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
268 label.structure_viewer = Default structure viewer
269 label.double_click_to_browse = Double-click to browse for file
270 label.chimera_path = Path to Chimera program
271 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
272 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
273 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
274 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
275 label.min_colour = Minimum Colour
276 label.max_colour = Maximum Colour
277 label.no_colour = No Colour
278 label.use_original_colours = Use Original Colours
279 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
280 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
281 label.selection = Selection
282 label.group_colour = Group Colour
283 label.sequence = Sequence
284 label.view_pdb_structure = View PDB Structure
285 label.min_value = Min value
286 label.max_value = Max value
287 label.no_value = No value
288 label.new_feature = New Feature
289 label.match_case = Match Case
290 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
291 label.labels = Labels
292 label.output_values = Output Values...
293 label.output_points = Output points...
294 label.output_transformed_points = Output transformed points
295 label.input_data = Input Data...
296 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
297 label.protein_matrix = Protein matrix
298 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
299 label.show_distances = Show distances
300 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
301 label.fit_to_window = Fit To Window
302 label.newick_format = Newick Format
303 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
304 label.colours = Colours
305 label.view_mapping = View Mapping
306 label.wireframe = Wireframe
307 label.depthcue = Depthcue
308 label.z_buffering = Z Buffering
309 label.charge_cysteine = Charge & Cysteine
310 label.all_chains_visible = All Chains Visible
311 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
312 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
313 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
314 label.removed_columns = Removed {0} columns.
315 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
316 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
317 label.order_by_params = Order by {0}
318 label.html_content = <html>{0}</html>
319 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
320 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
321 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
322 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
323 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
324 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
325 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
326 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
327 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
328 label.paste_your = Paste your
329 label.finished_searching = Finished searching
330 label.search_results= Search results {0} : {1}
331 label.found_match_for = Found match for {0}
332 label.font = Font:
333 label.size = Size:
334 label.style = Style:
335 label.calculating = Calculating....
336 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
337 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
338 label.set_this_label_text = set this label text
339 label.sequences_from = Sequences from {0}
340 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
341 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
342 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
343 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
344 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
345 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
346 label.source_to_target = {0} ... {1}
347 label.per_sequence_only= Per-sequence only
348 label.to_file = to File
349 label.to_textbox = to Textbox
350 label.jalview = Jalview
351 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
352 label.status = Status
353 label.channels = Channels
354 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
355 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
356 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
357 label.session_update = Session Update
358 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
359 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
360 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
361 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
362 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
363 label.groovy_console = Groovy Console...
364 label.lineart = Lineart
365 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
366 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
367 label.invert_selection = Invert Selection
368 label.optimise_order = Optimise Order
369 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
370 label.load_colours = Load Colours
371 label.save_colours = Save Colours
372 label.load_colours_tooltip = Load feature colours and filters from file
373 label.save_colours_tooltip = Save feature colours and filters to file
374 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
375 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
376 label.database_param = Database: {0}
377 label.example = Example
378 label.example_param = Example: {0}
379 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
380 label.file_format_not_specified = File format not specified
381 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
382 label.error_saving_file = Error Saving File
383 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
384 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
385 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
386 label.invalid_selection = Invalid Selection
387 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
388 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
389 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
390 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
391 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
392 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
393 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
394 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
395 label.translation_failed = Translation Failed
396 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
397 label.implementation_error  = Implementation error:
398 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
399 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
400 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
401 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
402 label.view_name_original = Original
403 label.enter_view_name = Enter View Name
404 label.enter_label = Enter label
405 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
406 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
407 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
408 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
409 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
410 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
411 label.error_parsing_text = Error parsing text
412 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
413 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
414 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
415 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
416 label.input_alignment = Input Alignment
417 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
418 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
419 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
420 label.url_not_found = URL not found
421 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
422 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
423 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
424 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
425 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
426 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
427 label.invalid_url = Invalid URL !
428 label.error_loading_file = Error loading file
429 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
430 label.file_open_error = File open error
431 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
432 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
433 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
434 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
435 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
436 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
437 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
438 label.alignment_props = Alignment Properties
439 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
440 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
441 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
442 label.annotations = Annotations
443 label.structure_options = Structure Options
444 label.features = Features
445 label.overview_params = Overview {0}
446 label.paste_newick_file = Paste Newick file
447 label.load_tree_from_file = From File - 
448 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
449 label.selection_output_command = Selection output - {0}
450 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
451 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
452 label.pca_details = PCA details
453 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
454 label.user_defined_colours = User defined colours
455 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
456 label.jaview_build_date = Build date: {0}
457 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
458 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
459 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
460 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
461 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
462 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
463 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
464 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
465 label.right_click = Right click
466 label.to_add_annotation = to add annotation
467 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
468 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
469 label.label = Label
470 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
471 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
472 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
473 label.calculating_pca= Calculating PCA
474 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
475 label.jalview_applet = Jalview applet
476 label.loading_data = Loading data
477 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
478 label.calculating_tree = Calculating tree
479 label.state_queueing = queuing
480 label.state_running = running
481 label.state_completed = finished
482 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
483 label.state_job_error = job error!
484 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
485 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
486 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
487 label.structure_type = Structure type
488 label.settings_for_type = Settings for {0}
489 label.view_full_application = View in Full Application
490 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
491 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
492 label.load_vcf = Load SNP variants from plain text or indexed VCF data
493 label.load_vcf_file = Load VCF File
494 label.searching_vcf = Loading VCF variants...
495 label.added_vcf = Added {0} VCF variants to {1} sequence(s)
496 label.export_features = Export Features...
497 label.export_annotations = Export Annotations...
498 label.to_upper_case = To Upper Case
499 label.to_lower_case = To Lower Case
500 label.toggle_case = Toggle Case
501 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
502 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
503 label.edit_sequence = Edit Sequence
504 label.edit_sequences = Edit Sequences
505 label.sequence_details = Sequence Details
506 label.jmol_help = Jmol Help
507 label.chimera_help = Chimera Help
508 label.close_viewer = Close Viewer
509 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
510 label.all = All
511 label.sort_by = Sort alignment by
512 label.sort_by_score = Sort by Score
513 label.sort_by_density = Sort by Density
514 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
515 label.sort_ann_by = Sort annotations by
516 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
517 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
518 label.reveal = Reveal
519 label.hide_columns = Hide Columns
520 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
521 label.load_tree_file = Load a tree file
522 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
523 label.standard_databases = Standard Databases
524 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
525 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
526 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
527 label.connect_to_session = Connect to session {0}
528 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
529 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
530 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
531 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
532 label.adjust_threshold = Adjust threshold
533 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
534 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
535 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
536 label.open_url_param = Open URL {0}
537 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
538 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
539 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
540 label.dark_colour = Dark Colour
541 label.light_colour = Light Colour
542 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
543 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
544 label.copy_format_from = Copy format from
545 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
546 label.select_all_views = Select all views
547 label.select_many_views = Select many views
548 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
549 label.open_local_file = Open local file
550 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
551 label.listen_for_selections = Listen for selections
552 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
553 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
554 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
555 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
556 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
557 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
558 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
559 label.no_services = <No Services>
560 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
561 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
562 label.connect_to = Connect to
563 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
564 label.from_url = from URL
565 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
566 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
567 label.from_textbox = from Textbox
568 label.window = Window
569 label.preferences = Preferences
570 label.tools = Tools
571 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
572 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
573 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
574 label.collect_garbage = Collect Garbage
575 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
576 label.show_java_console = Show Java Console
577 label.show_jalview_news = Show Jalview News
578 label.take_snapshot = Take snapshot
579 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
580 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
581 label.monospaced_font= Monospaced
582 label.quality = Quality
583 label.maximize_window = Maximize Window
584 label.conservation = Conservation
585 label.consensus = Consensus
586 label.histogram = Histogram
587 label.logo = Logo
588 label.non_positional_features = List Non-positional Features
589 label.database_references = List Database References
590 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
591 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
592 label.gap_symbol = Gap Symbol
593 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
594 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
595 label.address = Address
596 label.port = Port
597 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
598 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
599 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
600 label.check_for_latest_version = Check for latest version
601 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
602 label.use_proxy_server = Use a proxy server
603 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
604 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
605 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
606 label.smooth_font = Smooth Font
607 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
608 label.pad_gaps = Pad Gaps
609 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
610 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
611 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
612 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
613 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
614 label.right_align_ids = Right Align Ids
615 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
616 label.open_overview = Open Overview
617 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
618 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
619 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
620 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
621 label.visual = Visual
622 label.connections = Connections
623 label.output = Output
624 label.editing = Editing
625 label.das_settings = DAS Settings
626 label.web_services = Web Services
627 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
628 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
629 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
630 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
631 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
632 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
633 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
634 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
635 label.new_service_url = New Service URL
636 label.edit_service_url = Edit Service URL
637 label.delete_service_url = Delete Service URL
638 label.details = Details
639 label.options = Options
640 label.parameters = Parameters
641 label.available_das_sources = Available DAS Sources
642 label.full_details = Full Details
643 label.authority = Authority
644 label.type = Type
645 label.proxy_server = Proxy Server
646 label.file_output = File Output
647 label.select_input_type = Select input type
648 label.set_options_for_type = Set options for type
649 label.data_input_parameters = Data input parameters
650 label.data_returned_by_service = Data returned by service
651 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
652 label.parsing_errors = Parsing errors
653 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
654 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
655 label.input_parameter_name = Input Parameter name
656 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
657 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
658 label.brief_description_service = Brief description of service
659 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
660 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
661 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
662 label.gap_character = Gap character
663 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
664 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
665 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
666 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
667 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
668 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
669 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
670 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
671 label.input_output = Input/Output
672 label.cut_paste = Cut'n'Paste
673 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
674 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
675 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
676 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
677 label.from_file = From File
678 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
679 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
680 label.text_colour = Text Colour...
681 label.structure = Structure
682 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
683 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
684 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
685 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
686 label.sequence_name = Sequence Name
687 label.sequence_description = Sequence Description
688 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
689 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
690 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
691 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
692 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
693 label.web_browser_not_found = Web browser not found
694 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
695 label.html = HTML
696 label.wrap = Wrap
697 label.show_database_refs = Show Database Refs
698 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
699 label.save_png_image = Save As PNG Image
700 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
701 label.export_image = Export Image
702 label.vamsas_store = VAMSAS store
703 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
704 label.reverse = Reverse
705 label.reverse_complement = Reverse Complement
706 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
707 label.extract_scores = Extract Scores
708 label.get_cross_refs = Get Cross-References
709 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
710 label.add_sequences = Add Sequences
711 label.new_window = New Window
712 label.split_window = Split Window
713 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
714 label.use_registry = Use Registry
715 label.add_local_source = Add Local Source
716 label.set_as_default = Set as Default
717 label.show_labels = Show labels
718 action.background_colour = Background Colour...
719 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
720 label.link_name = Link Name
721 label.pdb_file = PDB file
722 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
723 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
724 label.superpose_structures = Superpose Structures
725 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
726 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
727 label.jmol = Jmol
728 label.chimera = Chimera
729 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
730 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
731 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
732 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
733 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
734 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
735 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
736 label.case_sensitive = Case Sensitive
737 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
738 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
739 label.index_by_host = Index by Host
740 label.index_by_type = Index by Type
741 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
742 label.display_warnings = Display Warnings
743 label.move_url_up = Move URL Up
744 label.move_url_down = Move URL Down
745 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
746 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
747 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
748 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
749 label.sequences_updated = Sequences updated
750 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
751 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
752 label.paste_new_window = Paste To New Window
753 label.settings_for_param = Settings for {0}
754 label.view_params = View {0}
755 label.aacon_calculations = AACon Calculations
756 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
757 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
758 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
759 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
760 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
761 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
762 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
763 label.all_views = All Views
764 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
765 label.realign_with_params = Realign with {0}
766 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
767 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
768 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
769 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
770 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
771 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
772 label.view_documentation = View documentation
773 label.select_return_type = Select return type
774 label.translation_of_params = Translation of {0}
775 label.features_for_params = Features for - {0}
776 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
777 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
778 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
779 label.varna_params = VARNA - {0}
780 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
781 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
782 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
783 label.points_for_params = Points for {0}
784 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
785 label.variable_color_for = Variable Feature Colour for {0}
786 label.select_background_colour = Select Background Colour
787 label.invalid_font = Invalid Font
788 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
789 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
790 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
791 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
792 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
793 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
794 label.example_query_param = Example query: {0}
795 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
796 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
797 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
798 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
799 label.select_columns_containing = Select columns containing
800 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
801 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
802 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
803 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
804 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
805 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
806 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
807 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
808 label.use_sequence_id_4 = 
809 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
810 label.switch_server = Switch server
811 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
812 label.services_at = Services at {0}
813 label.rest_client_submit = {0} using {1}
814 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
815 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
816 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
817 label.feature_settings_select_columns = Double click to select columns containing feature
818 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
819 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
820 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
821 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
822 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
823 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
824 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
825 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
826 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
827 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
828 label.user_preset = User Preset
829 label.service_preset = Service Preset
830 label.run_with_preset = Run {0} with preset
831 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
832 action.by_title_param = By {0}
833 label.source_from_db_source = Sources from {0}
834 label.from_msname = from {0}
835 label.superpose_with = Superpose with
836 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
837 label.add_new_row = Add New Row
838 label.edit_label_description = Edit Label/Description
839 label.hide_row = Hide This Row
840 label.delete_row = Delete This Row
841 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
842 label.export_annotation = Export Annotation
843 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
844 label.helix = Helix
845 label.sheet = Sheet
846 label.rna_helix = RNA Helix
847 label.remove_annotation = Remove Annotation
848 label.colour_by = Colour by...
849 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
850 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
851 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
852 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
853 label.multiharmony = Multi-Harmony
854 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
855 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
856 label.prompt_each_time = Prompt each time
857 label.use_source = Use Source
858 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
859 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
860 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
861 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
862 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
863 label.invalid_name = Invalid name
864 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
865 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
866 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
867 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
868 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
869 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
870 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
871 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
872 label.feature_type = Feature Type
873 label.show = Show
874 label.service_url = Service URL
875 label.copied_sequences = Copied sequences
876 label.cut_sequences = Cut Sequences
877 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
878 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
879 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
880 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
881 label.save_features_to_file = Save Features to File
882 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
883 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
884 label.save_pdb_file = Save PDB File
885 label.save_text_to_file = Save Text to File
886 label.save_state = Save State
887 label.restore_state = Restore State
888 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
889 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
890 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
891 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
892 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
893 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
894 label.select_startup_file = Select startup file
895 label.select_default_browser = Select default web browser
896 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
897 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
898 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
899 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
900 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
901 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
902 label.save_as_html = Save as HTML
903 label.recently_opened = Recently Opened
904 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
905 label.tree = Tree
906 label.tree_from = Tree from {0}
907 label.webservice_job_title = {0} using {1}
908 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
909 label.visible = Visible
910 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
911 label.visible_region_of = visible region of
912 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
913 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
914 label.loading_file = Loading File: {0}
915 label.edit_params = Edit {0}
916 label.as_percentage = As Percentage
917 error.not_implemented = Not implemented
918 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
919 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
920 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
921 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
922 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
923 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
924 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
925 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
926 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
927 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
928 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
929 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
930 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
931 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
932 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
933 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
934 error.implementation_error = Implementation error
935 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
936 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
937 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
938 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
939 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
940 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
941 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
942 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
943 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
944 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
945 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
946 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
947 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
948 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
949 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
950 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
951 label.cancelled_params = Cancelled {0}
952 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
953 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
954 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
955 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
956 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
957 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
958 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
959 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
960 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
961 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
962 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
963 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
964 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
965 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
966 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
967 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
968 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
969 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
970 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
971 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
972 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
973 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
974 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
975 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
976 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
977 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
978 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
979 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
980 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
981 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
982 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
983 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
984 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
985 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
986 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
987 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
988 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
989 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
990 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
991 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
992 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
993 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
994 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
995 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
996 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
997 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
998 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
999 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
1000 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
1001 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
1002 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
1003 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1004 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1005 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1006 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1007 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1008 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1009 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1010 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1011 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1012 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1013 label.toggled = Toggled
1014 label.marked = Marked
1015 label.containing = containing
1016 label.not_containing = not containing
1017 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1018 label.submission_params = Submission {0}
1019 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1020 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1021 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1022 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1023 label.pca_calculating = Calculating PCA
1024 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1025 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1026 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1027 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1028 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1029 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1030 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1031 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1032 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1033 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1034 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1035 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1036 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1037 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1038 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1039 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1040 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1041 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1042 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1043 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1044 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1045 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1046 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1047 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1048 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1049 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1050 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1051 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1052 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1053 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1054 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1055 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1056 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1057 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1058 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1059 label.mapped = mapped
1060 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1061 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1062 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1063 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1064 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1065 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1066 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1067 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1068 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1069 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1070 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1071 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1072 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1073 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1074 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1075 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1076 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1077 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1078 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1079 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1080 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1081 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1082 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1083 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1084 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1085 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1086 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1087 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1088 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1089 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1090 label.remove_gaps = Remove Gaps
1091 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1092 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1093 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1094 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1095 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1096 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1097 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1098 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1099 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1100 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1101 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1102 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1103 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1104 warn.service_not_supported = Service not supported!
1105 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1106 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1107 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1108 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1109 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1110 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1111 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1112 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1113 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1114 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1115 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1116 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1117 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1118 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1119 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1120 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1121 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1122 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1123 label.eps_file = EPS file
1124 label.png_image = PNG image
1125 status.saving_file = Saving {0}
1126 status.export_complete = {0} Export completed.
1127 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1128 status.refreshing_news = Refreshing news
1129 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1130 status.opening_params = Opening {0}
1131 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1132 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1133 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1134 status.finshed_querying = Finished querying
1135 status.parsing_results = Parsing results.
1136 status.processing = Processing...
1137 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1138 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1139 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1140 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1141 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1142 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1143 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1144 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1145 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1146 status.opening_file_for = opening file for
1147 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1148 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1149 label.font_too_small = Font size is too small
1150 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1151 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1152 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1153 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1154 label.out_of_memory = Out of memory
1155 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1156 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1157 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1158 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1159 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1160 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1161 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1162 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1163 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1164 label.test_server = Test Server?
1165 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1166 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1167 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1168 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1169 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1170 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1171 label.file_already_exists = File exists
1172 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1173 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1174 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1175 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1176 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1177 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1178 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1179 label.delete_all = Delete all sequences
1180 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1181 label.add_annotations_for = Add annotations for
1182 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1183 label.choose_annotations = Choose Annotations
1184 label.find = Find
1185 label.invalid_search = Search string invalid
1186 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1187 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1188 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1189 label.show_group_logo = Show Group Logo
1190 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1191 label.show_histogram = Show Histogram
1192 label.show_logo = Show Logo
1193 label.normalise_logo = Normalise Logo
1194 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1195 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1196 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1197 label.open_split_window = Open split window
1198 action.no = No
1199 action.yes = Yes
1200 label.for = for
1201 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1202 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1203 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1204 label.alpha_helix = Alpha Helix
1205 label.beta_strand = Beta Strand
1206 label.turn = Turn
1207 label.select_all = Select All
1208 label.structures_filter = Structures Filter
1209 label.search_filter = Search Filter
1210 label.include_description= Include Description
1211 action.back = Back
1212 label.hide_insertions = Hide Insertions
1213 label.mark_as_representative = Mark as representative
1214 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1215 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1216 label.result = result
1217 label.results = results
1218 label.structure_chooser = Structure Chooser
1219 label.invert = Invert 
1220 label.select_pdb_file = Select PDB File
1221 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1222 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1223 label.search_result = Search Result
1224 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1225 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1226 label.start_jalview = Start Jalview
1227 label.biojs_html_export = BioJS
1228 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1229 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1230 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1231 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1232 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1233 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1234 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1235 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1236 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1237 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1238 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1239 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1240 action.export_groups = Export Groups
1241 action.export_annotations = Export Annotations
1242 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1243 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1244 action.export_features = Export Features
1245 label.export_settings = Export Settings
1246 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1247 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1248 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1249 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1250 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1251 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1252 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1253 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1254 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1255 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1256 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1257 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1258 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1259 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1260 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1261 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1262 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1263 label.run_groovy = Run Groovy console script
1264 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1265 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1266 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1267 action.next_page= >> 
1268 action.prev_page= << 
1269 label.next_page_tooltip=Next Page
1270 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1271 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1272 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1273 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1274 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1275 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1276 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1277 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1278 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1279 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1280 label.column = Column
1281 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1282 label.operation_failed = Operation failed
1283 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1284 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1285 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1286 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1287 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1288 label.filter = Filter text:
1289 action.customfilter = Custom only
1290 action.showall = Show All
1291 label.insert = Insert:
1292 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1293 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1294 label.primary = Double Click
1295 label.inmenu = In Menu
1296 label.id = ID
1297 label.database = Database
1298 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1299 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1300 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1301 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1302 label.urllinks = Links
1303 label.default_cache_size = Default Cache Size
1304 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1305 label.togglehidden = Show hidden regions
1306 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1307 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1308 label.consensus_descr = PID
1309 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1310 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1311 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1312 label.show_experimental = Enable experimental features
1313 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1314 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1315 label.overview_settings = Overview settings
1316 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1317 label.gap_colour = Gap colour:
1318 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1319 label.hidden_colour = Hidden colour:
1320 label.select_gap_colour = Select gap colour
1321 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1322 label.overview = Overview
1323 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1324 label.oview_calc = Recalculating overview...
1325 label.feature_details = Feature details
1326 label.matchCondition_contains = Contains
1327 label.matchCondition_notcontains = Does not contain
1328 label.matchCondition_matches = Matches
1329 label.matchCondition_notmatches = Does not match
1330 label.matchCondition_present = Is present
1331 label.matchCondition_notpresent = Is not present
1332 label.matchCondition_eq = =
1333 label.matchCondition_ne = not =
1334 label.matchCondition_lt = <
1335 label.matchCondition_le = <=
1336 label.matchCondition_gt = >
1337 label.matchCondition_ge = >=
1338 label.numeric_required = The value should be numeric
1339 label.filter = Filter
1340 label.filters = Filters
1341 label.join_conditions = Join conditions with
1342 label.score = Score
1343 label.colour_by_label = Colour by label
1344 label.variable_colour = Variable colour...
1345 label.select_colour = Select colour
1346 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1347 option.autosearch = Autosearch
1348 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1349 label.display_settings_for = Display settings for {0} features
1350 label.simple = Simple
1351 label.simple_colour = Simple Colour
1352 label.colour_by_text = Colour by text
1353 label.graduated_colour = Graduated Colour
1354 label.by_text_of = By text of
1355 label.by_range_of = By range of
1356 label.filters_tooltip = Click to set or amend filters
1357 label.or = Or
1358 label.and = And
1359 label.sequence_feature_colours = Sequence Feature Colours
1360 label.best_quality = Best Quality
1361 label.best_resolution = Best Resolution
1362 label.most_protein_chain = Most Protein Chain
1363 label.most_bound_molecules = Most Bound Molecules
1364 label.most_polymer_residues = Most Polymer Residues
1365 label.cached_structures = Cached Structures
1366 label.free_text_search = Free Text Search
1367 label.summary_view = Summary View
1368 label.summary_view_tip = Show only top level ontology terms
1369 label.apply_to_subtypes = Apply changes also to sub-types of ''{0}''
1370 label.apply_also_to = Apply also to: