Merge branch 'features/JAL-2379pcaMemory' into develop
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
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2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 action.save_image = Save Image
7 action.paste = Paste
8 action.show_html_source = Show HTML Source
9 action.print = Print...
10 action.web_service = Web Service
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19 action.add_input_parameter = Add input parameter
20 action.edit = Edit
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22 action.open_file = Open file
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27 action.close_all = Close all
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29 action.save_project = Save Project
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36 action.open = Open
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45 action.redo = Redo
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48 action.remove_right = Remove right
49 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
50 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
51 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
52 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
53 action.boxes = Boxes
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59 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
60 action.set_as_reference = Set as Reference 
61 action.remove = Remove
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63 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
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65 action.by_conservation = By Conservation
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69 action.find = Find
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73 action.copy = Copy
74 action.cut = Cut
75 action.font = Font...
76 action.scale_above = Scale Above
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80 action.sort = Sort
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83 action.by_annotation = By Annotation...
84 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
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101 action.find_all = Find all
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107 action.apply = Apply
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109 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
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118 action.save_as_default = Save as default
119 action.save_as = Save as...
120 action.save = Save
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129 action.deselect_all = Deselect all
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147 label.name_param = Name: {0}
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171 label.treecalc_title = {0} Using {1}
172 label.tree_calc_av = Average Distance
173 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
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177 label.score_model_pam250 = PAM 250
178 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
179 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
180 label.status_bar = Status bar
181 label.out_to_textbox = Output to Textbox
182 # delete Clustal - use FileFormat name instead
183 label.clustal = Clustal
184 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
185 label.colourScheme_clustal = Clustalx
186 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
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207 label.show_annotations = Show annotations
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213 label.hide_all = Hide all
214 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
215 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
216 label.colour_text = Colour Text
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263 label.chimera_path = Path to Chimera program
264 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
265 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
266 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
267 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
268 label.min_colour = Minimum Colour
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305 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
306 label.removed_columns = Removed {0} columns.
307 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
308 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
309 label.order_by_params = Order by {0}
310 label.html_content = <html>{0}</html>
311 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
312 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
313 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
314 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
315 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
316 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
317 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
318 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
319 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
320 label.paste_your = Paste your
321 label.finished_searching = Finished searching
322 label.search_results= Search results {0} : {1}
323 label.found_match_for = Found match for {0}
324 label.font = Font:
325 label.size = Size:
326 label.style = Style:
327 label.calculating = Calculating....
328 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
329 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
330 label.set_this_label_text = set this label text
331 label.sequences_from = Sequences from {0}
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333 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
334 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
335 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
336 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
337 label.source_to_target = {0} ... {1}
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345 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
346 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
347 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
348 label.session_update = Session Update
349 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
350 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
351 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
352 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
353 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
354 label.groovy_console = Groovy Console...
355 label.lineart = Lineart
356 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
357 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
358 label.invert_selection = Invert Selection
359 label.optimise_order = Optimise Order
360 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
361 label.load_colours = Load Colours
362 label.save_colours = Save Colours
363 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
364 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
365 label.database_param = Database: {0}
366 label.example = Example
367 label.example_param = Example: {0}
368 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
369 label.file_format_not_specified = File format not specified
370 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
371 label.error_saving_file = Error Saving File
372 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
373 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
374 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
375 label.invalid_selection = Invalid Selection
376 label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences = Principal component analysis must take\nat least 4 input sequences.
377 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
378 label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!
379 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
380 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
381 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
382 label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.
383 label.sequences_not_aligned = Sequences not aligned
384 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
385 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
386 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
387 label.translation_failed = Translation Failed
388 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
389 label.implementation_error  = Implementation error:
390 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
391 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
392 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
393 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
394 label.view_name_original = Original
395 label.enter_view_name = Enter View Name
396 label.enter_label = Enter label
397 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
398 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
399 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
400 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
401 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
402 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
403 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
404 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
405 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
406 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
407 label.error_parsing_text = Error parsing text
408 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
409 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
410 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
411 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
412 label.input_alignment = Input Alignment
413 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
414 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
415 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
416 label.url_not_found = URL not found
417 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
418 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
419 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
420 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
421 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
422 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
423 label.invalid_url = Invalid URL !
424 label.error_loading_file = Error loading file
425 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
426 label.file_open_error = File open error
427 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
428 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
429 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
430 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
431 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
432 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
433 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
434 label.alignment_props = Alignment Properties
435 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
436 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
437 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
438 label.annotations = Annotations
439 label.structure_options = Structure Options
440 label.features = Features
441 label.overview_params = Overview {0}
442 label.paste_newick_file = Paste Newick file
443 label.load_tree_from_file = From File - 
444 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
445 label.selection_output_command = Selection output - {0}
446 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
447 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
448 label.pca_details = PCA details
449 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
450 label.user_defined_colours = User defined colours
451 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
452 label.jaview_build_date = Build date: {0}
453 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
454 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
455 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
456 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
457 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
458 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
459 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
460 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
461 label.right_click = Right click
462 label.to_add_annotation = to add annotation
463 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
464 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
465 label.label = Label
466 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
467 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
468 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
469 label.calculating_pca= Calculating PCA
470 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
471 label.jalview_applet = Jalview applet
472 label.loading_data = Loading data
473 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
474 label.calculating_tree = Calculating tree
475 label.state_queueing = queuing
476 label.state_running = running
477 label.state_completed = finished
478 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
479 label.state_job_error = job error!
480 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
481 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
482 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
483 label.structure_type = Structure type
484 label.settings_for_type = Settings for {0}
485 label.view_full_application = View in Full Application
486 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
487 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
488 label.export_features = Export Features...
489 label.export_annotations = Export Annotations...
490 label.to_upper_case = To Upper Case
491 label.to_lower_case = To Lower Case
492 label.toggle_case = Toggle Case
493 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
494 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
495 label.edit_sequence = Edit Sequence
496 label.edit_sequences = Edit Sequences
497 label.sequence_details = Sequence Details
498 label.jmol_help = Jmol Help
499 label.chimera_help = Chimera Help
500 label.close_viewer = Close Viewer
501 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
502 label.all = All
503 label.sort_by = Sort alignment by
504 label.sort_by_score = Sort by Score
505 label.sort_by_density = Sort by Density
506 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
507 label.sort_ann_by = Sort annotations by
508 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
509 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
510 label.reveal = Reveal
511 label.hide_columns = Hide Columns
512 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
513 label.load_tree_file = Load a tree file
514 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
515 label.standard_databases = Standard Databases
516 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
517 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
518 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Align structures using {0} linked alignment views
519 label.connect_to_session = Connect to session {0}
520 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
521 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
522 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
523 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
524 label.adjust_threshold = Adjust threshold
525 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
526 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
527 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
528 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
529 label.open_url_param = Open URL {0}
530 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
531 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
532 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
533 label.dark_colour = Dark Colour
534 label.light_colour = Light Colour
535 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
536 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
537 label.copy_format_from = Copy format from
538 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
539 label.select_all_views = Select all views
540 label.select_many_views = Select many views
541 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
542 label.open_local_file = Open local file
543 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
544 label.listen_for_selections = Listen for selections
545 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
546 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
547 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
548 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
549 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
550 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
551 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
552 label.no_services = <No Services>
553 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
554 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
555 label.connect_to = Connect to
556 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
557 label.from_url = from URL
558 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
559 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
560 label.from_textbox = from Textbox
561 label.window = Window
562 label.preferences = Preferences
563 label.tools = Tools
564 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
565 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
566 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
567 label.collect_garbage = Collect Garbage
568 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
569 label.show_java_console = Show Java Console
570 label.show_jalview_news = Show Jalview News
571 label.take_snapshot = Take snapshot
572 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
573 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
574 label.monospaced_font= Monospaced
575 label.quality = Quality
576 label.maximize_window = Maximize Window
577 label.conservation = Conservation
578 label.consensus = Consensus
579 label.histogram = Histogram
580 label.logo = Logo
581 label.non_positional_features = List Non-positional Features
582 label.database_references = List Database References
583 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
584 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
585 label.gap_symbol = Gap Symbol
586 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
587 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
588 label.address = Address
589 label.port = Port
590 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
591 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
592 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
593 label.check_for_latest_version = Check for latest version
594 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
595 label.use_proxy_server = Use a proxy server
596 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
597 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
598 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
599 label.smooth_font = Smooth Font
600 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
601 label.pad_gaps = Pad Gaps
602 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
603 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
604 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
605 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
606 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
607 label.right_align_ids = Right Align Ids
608 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
609 label.open_overview = Open Overview
610 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
611 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
612 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
613 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
614 label.visual = Visual
615 label.connections = Connections
616 label.output = Output
617 label.editing = Editing
618 label.das_settings = DAS Settings
619 label.web_services = Web Services
620 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
621 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
622 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
623 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
624 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
625 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
626 label.new_service_url = New Service URL
627 label.edit_service_url = Edit Service URL
628 label.delete_service_url = Delete Service URL
629 label.details = Details
630 label.options = Options
631 label.parameters = Parameters
632 label.available_das_sources = Available DAS Sources
633 label.full_details = Full Details
634 label.authority = Authority
635 label.type = Type
636 label.proxy_server = Proxy Server
637 label.file_output = File Output
638 label.select_input_type = Select input type
639 label.set_options_for_type = Set options for type
640 label.data_input_parameters = Data input parameters
641 label.data_returned_by_service = Data returned by service
642 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
643 label.parsing_errors = Parsing errors
644 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
645 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
646 label.input_parameter_name = Input Parameter name
647 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
648 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
649 label.brief_description_service = Brief description of service
650 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
651 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
652 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
653 label.gap_character = Gap character
654 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
655 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
656 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
657 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
658 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
659 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
660 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
661 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
662 label.input_output = Input/Output
663 label.cut_paste = Cut'n'Paste
664 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
665 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
666 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
667 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
668 label.from_file = From File
669 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
670 label.text_colour = Text Colour
671 action.set_text_colour = Text Colour...
672 label.structure = Structure
673 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
674 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
675 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
676 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
677 label.sequence_name = Sequence Name
678 label.sequence_description = Sequence Description
679 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
680 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
681 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
682 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
683 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
684 label.web_browser_not_found = Web browser not found
685 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
686 label.html = HTML
687 label.wrap = Wrap
688 label.show_database_refs = Show Database Refs
689 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
690 label.save_png_image = Save As PNG Image
691 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
692 label.export_image = Export Image
693 label.vamsas_store = VAMSAS store
694 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
695 label.reverse = Reverse
696 label.reverse_complement = Reverse Complement
697 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
698 label.extract_scores = Extract Scores
699 label.get_cross_refs = Get Cross-References
700 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
701 label.add_sequences = Add Sequences
702 label.new_window = New Window
703 label.split_window = Split Window
704 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
705 label.use_registry = Use Registry
706 label.add_local_source = Add Local Source
707 label.set_as_default = Set as Default
708 label.show_labels = Show labels
709 action.background_colour = Background Colour...
710 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
711 label.jalview_pca_calculation = Jalview PCA Calculation
712 label.link_name = Link Name
713 label.pdb_file = PDB file
714 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
715 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
716 label.align_structures = Align Structures
717 label.jmol = Jmol
718 label.chimera = Chimera
719 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
720 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
721 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
722 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
723 label.case_sensitive = Case Sensitive
724 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
725 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
726 label.index_by_host = Index by Host
727 label.index_by_type = Index by Type
728 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
729 label.display_warnings = Display Warnings
730 label.move_url_up = Move URL Up
731 label.move_url_down = Move URL Down
732 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
733 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
734 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
735 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
736 label.sequences_updated = Sequences updated
737 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
738 label.show_all_chains = Show all chains
739 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
740 label.paste_new_window = Paste To New Window
741 label.settings_for_param = Settings for {0}
742 label.view_params = View {0}
743 label.aacon_calculations = AACon Calculations
744 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
745 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
746 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
747 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
748 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
749 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
750 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
751 label.all_views = All Views
752 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
753 label.realign_with_params = Realign with {0}
754 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
755 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
756 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
757 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
758 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
759 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
760 label.view_documentation = View documentation
761 label.select_return_type = Select return type
762 label.translation_of_params = Translation of {0}
763 label.features_for_params = Features for - {0}
764 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
765 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
766 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
767 label.varna_params = VARNA - {0}
768 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
769 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
770 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
771 label.points_for_params = Points for {0}
772 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
773 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
774 label.select_background_colour = Select Background Colour
775 label.invalid_font = Invalid Font
776 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
777 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
778 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
779 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
780 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
781 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
782 label.example_query_param = Example query: {0}
783 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
784 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
785 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
786 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
787 label.select_columns_containing = Select columns containing
788 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
789 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
790 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
791 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
792 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
793 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
794 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
795 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
796 label.use_sequence_id_4 = 
797 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
798 label.switch_server = Switch server
799 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
800 label.services_at = Services at {0}
801 label.rest_client_submit = {0} using {1}
802 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
803 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
804 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
805 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
806 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
807 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
808 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
809 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
810 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
811 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
812 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
813 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
814 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
815 label.user_preset = User Preset
816 label.service_preset = Service Preset
817 label.run_with_preset = Run {0} with preset
818 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
819 action.by_title_param = By {0}
820 label.source_from_db_source = Sources from {0}
821 label.from_msname = from {0}
822 label.superpose_with = Superpose with
823 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
824 label.add_new_row = Add New Row
825 label.edit_label_description = Edit Label/Description
826 label.hide_row = Hide This Row
827 label.delete_row = Delete This Row
828 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
829 label.export_annotation = Export Annotation
830 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
831 label.helix = Helix
832 label.sheet = Sheet
833 label.rna_helix = RNA Helix
834 label.remove_annotation = Remove Annotation
835 label.colour_by = Colour by...
836 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
837 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
838 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
839 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
840 label.multiharmony = Multi-Harmony
841 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
842 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
843 label.prompt_each_time = Prompt each time
844 label.use_source = Use Source
845 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
846 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
847 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
848 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
849 label.pca_sequences_not_aligned = The sequences must be aligned before calculating PCA.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
850 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
851 label.invalid_name = Invalid name
852 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
853 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
854 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
855 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
856 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
857 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
858 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
859 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
860 label.feature_type = Feature Type
861 label.display = Display
862 label.service_url = Service URL
863 label.copied_sequences = Copied sequences
864 label.cut_sequences = Cut Sequences
865 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
866 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
867 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
868 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
869 label.save_features_to_file = Save Features to File
870 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
871 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
872 label.save_pdb_file = Save PDB File
873 label.save_text_to_file = Save Text to File
874 label.save_state = Save State
875 label.restore_state = Restore State
876 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
877 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
878 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
879 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
880 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
881 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
882 label.select_startup_file = Select startup file
883 label.select_default_browser = Select default web browser
884 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
885 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
886 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
887 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
888 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
889 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
890 label.save_as_html = Save as HTML
891 label.recently_opened = Recently Opened
892 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
893 label.tree_from = Tree from {0}
894 label.webservice_job_title = {0} using {1}
895 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
896 label.visible = Visible
897 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
898 label.visible_region_of = visible region of
899 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
900 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
901 label.loading_file = Loading File: {0}
902 label.edit_params = Edit {0}
903 error.not_implemented = Not implemented
904 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
905 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
906 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
907 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
908 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
909 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
910 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
911 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
912 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
913 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
914 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
915 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
916 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
917 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
918 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
919 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
920 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
921 error.implementation_error = Implementation error
922 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
923 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
924 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
925 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
926 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
927 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
928 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
929 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
930 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
931 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
932 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
933 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
934 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
935 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
936 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
937 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
938 label.cancelled_params = Cancelled {0}
939 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
940 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
941 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
942 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
943 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
944 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
945 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
946 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
947 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
948 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
949 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
950 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
951 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
952 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
953 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
954 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
955 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
956 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
957 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
958 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
959 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
960 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
961 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
962 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
963 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
964 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
965 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
966 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
967 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
968 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
969 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
970 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
971 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
972 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
973 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
974 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
975 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
976 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
977 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
978 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
979 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
980 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
981 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
982 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
983 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
984 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
985 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
986 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
987 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
988 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
989 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
990 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
991 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
992 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
993 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
994 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
995 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
996 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
997 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
998 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
999 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1000 label.toggled = Toggled
1001 label.marked = Marked
1002 label.containing = containing
1003 label.not_containing = not containing
1004 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1005 label.submission_params = Submission {0}
1006 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1007 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1008 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1009 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1010 label.pca_calculating = Calculating PCA
1011 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1012 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1013 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1014 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1015 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1016 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1017 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1018 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1019 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1020 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1021 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1022 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1023 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1024 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1025 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1026 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1027 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1028 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1029 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1030 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1031 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1032 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1033 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1034 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1035 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1036 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1037 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1038 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1039 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1040 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1041 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1042 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1043 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1044 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1045 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1046 label.mapped = mapped
1047 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1048 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1049 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1050 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1051 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1052 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1053 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1054 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1055 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1056 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1057 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1058 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1059 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1060 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1061 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1062 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1063 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1064 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1065 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1066 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1067 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1068 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1069 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1070 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1071 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1072 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1073 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1074 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1075 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1076 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1077 label.remove_gaps = Remove Gaps
1078 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1079 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1080 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1081 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1082 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1083 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1084 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1085 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1086 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1087 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1088 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1089 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1090 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1091 warn.service_not_supported = Service not supported!
1092 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1093 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1094 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1095 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1096 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1097 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1098 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1099 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1100 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1101 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1102 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1103 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1104 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1105 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1106 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1107 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1108 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1109 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1110 label.eps_file = EPS file
1111 label.png_image = PNG image
1112 status.saving_file = Saving {0}
1113 status.export_complete = {0} Export completed.
1114 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1115 status.refreshing_news = Refreshing news
1116 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1117 status.opening_params = Opening {0}
1118 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1119 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1120 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1121 status.finshed_querying = Finished querying
1122 status.parsing_results = Parsing results.
1123 status.processing = Processing...
1124 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1125 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1126 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1127 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1128 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1129 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1130 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1131 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1132 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1133 status.opening_file_for = opening file for
1134 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1135 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1136 label.font_too_small = Font size is too small
1137 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1138 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1139 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1140 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1141 label.out_of_memory = Out of memory
1142 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1143 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1144 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1145 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1146 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1147 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1148 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1149 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1150 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1151 label.test_server = Test Server?
1152 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1153 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1154 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1155 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1156 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1157 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1158 label.file_already_exists = File exists
1159 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1160 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1161 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1162 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1163 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1164 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1165 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1166 label.delete_all = Delete all sequences
1167 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1168 label.add_annotations_for = Add annotations for
1169 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1170 label.choose_annotations = Choose Annotations
1171 label.find = Find
1172 label.invalid_search = Search string invalid
1173 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1174 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1175 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1176 label.show_group_logo = Show Group Logo
1177 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1178 label.show_histogram = Show Histogram
1179 label.show_logo = Show Logo
1180 label.normalise_logo = Normalise Logo
1181 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1182 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1183 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1184 label.open_split_window = Open split window
1185 action.no = No
1186 action.yes = Yes
1187 label.for = for
1188 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1189 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1190 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1191 label.alpha_helix = Alpha Helix
1192 label.beta_strand = Beta Strand
1193 label.turn = Turn
1194 label.select_all = Select All
1195 label.structures_filter = Structures Filter
1196 label.search_filter = Search Filter
1197 label.include_description= Include Description
1198 action.back = Back
1199 label.hide_insertions = Hide Insertions
1200 label.mark_as_representative = Mark as representative
1201 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1202 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1203 label.result = result
1204 label.results = results
1205 label.structure_chooser = Structure Chooser
1206 label.select = Select : 
1207 label.invert = Invert 
1208 label.select_pdb_file = Select PDB File
1209 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1210 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1211 label.search_result = Search Result
1212 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1213 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1214 label.start_jalview = Start Jalview
1215 label.biojs_html_export = BioJS
1216 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1217 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1218 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1219 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1220 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1221 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1222 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1223 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1224 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1225 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1226 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1227 action.export_groups = Export Groups
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1229 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1230 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1231 action.export_features = Export Features
1232 label.export_settings = Export Settings
1233 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1234 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1235 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1236 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1237 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1238 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1239 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1240 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1241 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1242 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1243 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1244 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1245 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1246 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1247 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1248 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1249 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1250 label.run_groovy = Run Groovy console script
1251 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1252 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1253 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1254 action.next_page= >> 
1255 action.prev_page= << 
1256 label.next_page_tooltip=Next Page
1257 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1258 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1259 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1260 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1261 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1262 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1263 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1264 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1265 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1266 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1267 label.column = Column
1268 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1269 label.operation_failed = Operation failed
1270 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1271 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1272 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1273 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1274 exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} is a MIRIAM id and cannot be used as a custom url name
1275 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1276 label.filter = Filter text:
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1278 action.showall = Show All
1279 label.insert = Insert:
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1285 label.database = Database
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1287 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1288 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1289 label.invalid_name = Invalid Name !
1290 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1291 label.urllinks = Links