Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
15 action.start_job = Start Job
16 action.revert = Revert
17 action.move_down = Move Down
18 action.move_up = Move Up
19 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
20 action.add_return_datatype = Add return datatype
21 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
24 action.new = New
25 action.open_file = Open file
26 action.show_unconserved = Show Unconserved
27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
29 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
30 action.close_all = Close all
31 action.load_project = Load Project
32 action.save_project = Save Project
33 action.save_project_as = Save Project as...
34 action.quit = Quit
35 label.quit_jalview = Quit Jalview?
36 action.expand_views = Expand Views
37 action.gather_views = Gather Views
38 action.page_setup = Page Setup...
39 action.reload = Reload
40 action.load = Load
41 action.open = Open
42 action.cancel = Cancel
43 action.create = Create
44 action.update = Update
45 action.delete = Delete
46 action.clear = Clear
47 action.accept = Accept
48 action.select_ddbb = --- Select Database ---
49 action.undo = Undo
50 action.redo = Redo
51 action.reset = Reset
52 action.remove_left = Remove left
53 action.remove_right = Remove right
54 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
55 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
56 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
57 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
58 action.boxes = Boxes
59 action.text = Text
60 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
61 action.by_id = By Id
62 action.by_length = By Length
63 action.by_group = By Group
64 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
65 action.set_as_reference = Set as Reference 
66 action.remove = Remove
67 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
68 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
69 action.user_defined = User Defined...
70 action.by_conservation = By Conservation
71 action.wrap = Wrap
72 action.show_gaps = Show Gaps
73 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
74 action.find = Find
75 action.undefine_groups = Undefine Groups
76 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
77 action.copy = Copy
78 action.cut = Cut
79 action.font = Font...
80 action.scale_above = Scale Above
81 action.scale_left = Scale Left
82 action.scale_right = Scale Right
83 action.by_tree_order = By Tree Order
84 action.sort = Sort
85 action.calculate_tree = Calculate Tree...
86 action.calculate_tree_pca = Calculate Tree or PCA...
87 action.help = Help
88 action.by_annotation = By Annotation...
89 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
90 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
91 action.show = Show
92 action.hide = Hide
93 action.ok = OK
94 action.set_defaults = Defaults
95 action.create_group = Create Group
96 action.remove_group = Remove Group
97 action.edit_group = Edit Group
98 action.border_colour = Border colour
99 action.edit_new_group = Edit New Group
100 action.hide_sequences = Hide Sequences
101 action.sequences = Sequences
102 action.ids = IDS
103 action.ids_sequences = IDS and sequences
104 action.reveal_all = Reveal All
105 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
106 action.find_all = Find all
107 action.find_next = Find next
108 action.file = File
109 action.view = View
110 action.annotations = Annotations
111 action.change_params = Change Parameters
112 action.apply = Apply
113 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
114 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
115 action.by_chain = By Chain
116 action.by_sequence = By Sequence
117 action.paste_annotations = Paste Annotations
118 action.format = Format
119 action.select = Select
120 action.new_view = New View
121 action.close = Close
122 action.add = Add
123 action.save_as = Save as...
124 action.save = Save
125 action.change_font = Change Font
126 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
127 action.colour = Colour
128 action.calculate = Calculate
129 action.select_all = Select all
130 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
131 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
132 action.deselect_all = Deselect all
133 action.invert_selection = Invert selection
134 action.using_jmol = Using Jmol
135 action.undo_changes_to_feature_settings = Undo all unapplied changes to feature settings
136 action.undo_changes_to_feature_settings_and_close_the_dialog = Undo all pending changes and close the feature settings dialog
137 action.link = Link
138 action.group_link = Group Link
139 action.show_chain = Show Chain
140 action.show_group = Show Group
141 action.fetch_db_references = Fetch DB References
142 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
143 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
144 label.structures_manager = Structures Manager
145 label.url = URL
146 label.url\: = URL:
147 label.input_file_url = Enter URL or Input File
148 label.select_feature = Select feature
149 label.name = Name
150 label.name\: = Name:
151 label.name_param = Name: {0}
152 label.group = Group
153 label.group\: = Group:
154 label.group_name = Group Name
155 label.group_description = Group Description
156 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
157 label.colour = Colour:
158 label.description = Description
159 label.description\: = Description:
160 label.start = Start:
161 label.end = End:
162 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
163 label.service_action = Service Action:
164 label.post_url = POST URL:
165 label.url_suffix = URL Suffix
166 label.per_seq = per Sequence
167 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
168 label.amend = Amend
169 label.undo_command = Undo {0}
170 label.redo_command = Redo {0}
171 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
172 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
173 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
174 label.choose_calculation = Choose Calculation
175 label.calc_title = {0} Using {1}
176 label.tree_calc_av = Average Distance
177 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
178 label.score_model_pid = % Identity
179 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
180 label.score_model_pam250 = PAM 250
181 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
182 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
183 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
184 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
185 label.status_bar = Status bar
186 label.out_to_textbox = Output to Textbox
187 label.occupancy = Occupancy
188 # delete Clustal - use FileFormat name instead
189 label.clustal = Clustal
190 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme, spaces removed
191 label.colourScheme_clustal = Clustalx
192 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
193 label.colourScheme_%identity = Percentage Identity
194 label.colourScheme_zappo = Zappo
195 label.colourScheme_taylor = Taylor
196 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
197 label.colourScheme_helixpropensity = Helix Propensity
198 label.colourScheme_strandpropensity = Strand Propensity
199 label.colourScheme_turnpropensity = Turn Propensity
200 label.colourScheme_buriedindex = Buried Index
201 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
202 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
203 label.colourScheme_t-coffeescores = T-Coffee Scores
204 label.colourScheme_rnahelices = By RNA Helices
205 label.colourScheme_sequenceid = Sequence ID Colour
206 label.blc = BLC
207 label.fasta = Fasta
208 label.msf = MSF
209 label.pfam = PFAM
210 label.pileup = Pileup
211 label.pir = PIR
212 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
213 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
214 label.show_annotations = Show annotations
215 label.hide_annotations = Hide annotations
216 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
217 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
218 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
219 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
220 label.hide_all = Hide all
221 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
222 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
223 label.colour_text = Colour Text
224 label.show_non_conserved = Show nonconserved
225 label.overview_window = Overview Window
226 label.none = None
227 label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold
228 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
229 label.nucleotide = Nucleotide
230 label.protein = Protein
231 label.nucleotides = Nucleotides
232 label.proteins = Proteins
233 label.CDS = CDS
234 label.to_new_alignment = To New Alignment
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236 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
237 label.modify_identity_threshold = Modify Identity Threshold...
238 label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
239 label.input_from_textbox = Input from textbox
240 label.centre_column_labels = Centre column labels
241 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
242 label.documentation = Documentation
243 label.about = About...
244 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
245 action.feature_settings = Feature Settings...
246 label.all_columns = All Columns
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248 label.selected_columns = Selected Columns 
249 label.selected_sequences = Selected Sequences
250 label.except_selected_sequences = All except selected sequences
251 label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)
252 label.selected_region = Selected Region
253 label.all_sequences_columns = All Sequences and Columns
254 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
255 label.show_selected_annotations = Show selected annotations
256 label.group_consensus = Group Consensus
257 label.group_conservation = Group Conservation
258 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
259 label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo
260 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
261 label.apply_all_groups = Apply to all groups
262 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
263 label.show_first = Show first
264 label.show_last = Show last
265 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
266 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
267 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
268 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
269 label.structure_viewer = Default structure viewer
270 label.double_click_to_browse = Double-click to browse for file
271 label.chimera_path = Path to Chimera program
272 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
273 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
274 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
275 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
276 label.min_colour = Minimum Colour
277 label.max_colour = Maximum Colour
278 label.no_colour = No Colour
279 label.use_original_colours = Use Original Colours
280 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
281 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
282 label.selection = Selection
283 label.group_colour = Group Colour
284 label.sequence = Sequence
285 label.view_pdb_structure = View PDB Structure
286 label.min_value = Min value
287 label.max_value = Max value
288 label.no_value = No value
289 label.new_feature = New Feature
290 label.match_case = Match Case
291 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
292 label.labels = Labels
293 label.output_values = Output Values...
294 label.output_points = Output points...
295 label.output_transformed_points = Output transformed points
296 label.input_data = Input Data...
297 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
298 label.protein_matrix = Protein matrix
299 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
300 label.show_distances = Show distances
301 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
302 label.fit_to_window = Fit To Window
303 label.newick_format = Newick Format
304 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
305 label.colours = Colours
306 label.view_mapping = View Mapping
307 label.wireframe = Wireframe
308 label.depthcue = Depthcue
309 label.z_buffering = Z Buffering
310 label.charge_cysteine = Charge & Cysteine
311 label.all_chains_visible = All Chains Visible
312 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
313 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
314 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
315 label.removed_columns = Removed {0} columns.
316 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
317 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
318 label.order_by_params = Order by {0}
319 label.html_content = <html>{0}</html>
320 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
321 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
322 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
323 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
324 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
325 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
326 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
327 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
328 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
329 label.paste_your = Paste your
330 label.finished_searching = Finished searching
331 label.search_results= Search results {0} : {1}
332 label.found_match_for = Found match for {0}
333 label.font = Font:
334 label.size = Size:
335 label.style = Style:
336 label.calculating = Calculating....
337 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
338 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
339 label.set_this_label_text = set this label text
340 label.sequences_from = Sequences from {0}
341 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
342 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
343 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
344 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
345 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
346 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
347 label.source_to_target = {0} ... {1}
348 label.per_sequence_only= Per-sequence only
349 label.to_file = to File
350 label.to_textbox = to Textbox
351 label.jalview = Jalview
352 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
353 label.status = Status
354 label.channels = Channels
355 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
356 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
357 label.session_update = Session Update
358 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
359 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
360 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
361 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
362 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
363 label.groovy_console = Groovy Console...
364 label.lineart = Lineart
365 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
366 label.select_character_rendering_style = {0} character rendering style
367 label.select_character_style_title = {0} Rendering options
368 label.invert_selection = Invert Selection
369 label.optimise_order = Optimise Order
370 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
371 label.load_colours = Load Colours
372 label.save_colours = Save Colours
373 label.load_colours_tooltip = Load feature colours and filters from file
374 label.save_colours_tooltip = Save feature colours and filters to file
375 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
376 label.database_param = Database: {0}
377 label.example = Example
378 label.example_param = Example: {0}
379 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
380 label.file_format_not_specified = File format not specified
381 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
382 label.error_saving_file = Error Saving File
383 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
384 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
385 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
386 label.invalid_selection = Invalid Selection
387 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
388 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
389 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
390 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
391 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
392 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
393 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
394 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
395 label.translation_failed = Translation Failed
396 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
397 label.implementation_error  = Implementation error:
398 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
399 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
400 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
401 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
402 label.view_name_original = Original
403 label.enter_view_name = Enter View Name
404 label.enter_label = Enter label
405 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
406 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
407 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
408 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
409 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
410 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
411 label.error_parsing_text = Error parsing text
412 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
413 label.input_alignment = Input Alignment
414 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
415 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
416 label.couldnt_locate = Couldn''t locate {0}
417 label.url_not_found = URL not found
418 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
419 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
420 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
421 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
422 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
423 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
424 label.invalid_url = Invalid URL !
425 label.error_loading_file = Error loading file
426 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
427 label.file_open_error = File open error
428 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
429 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
430 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
431 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
432 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
433 label.alignment_props = Alignment Properties
434 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
435 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
436 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
437 label.annotations = Annotations
438 label.structure_options = Structure Options
439 label.features = Features
440 label.overview_params = Overview {0}
441 label.paste_newick_file = Paste Newick file
442 label.load_tree_from_file = From File - 
443 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
444 label.selection_output_command = Selection output - {0}
445 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
446 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
447 label.pca_details = PCA details
448 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
449 label.user_defined_colours = User defined colours
450 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
451 label.jaview_build_date = Build date: {0}
452 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
453 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
454 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
455 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
456 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
457 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
458 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
459 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
460 label.right_click = Right click
461 label.to_add_annotation = to add annotation
462 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
463 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
464 label.label = Label
465 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
466 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
467 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
468 label.calculating_pca= Calculating PCA
469 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
470 label.jalview_applet = Jalview applet
471 label.loading_data = Loading data
472 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
473 label.calculating_tree = Calculating tree
474 label.state_queueing = queuing
475 label.state_running = running
476 label.state_completed = finished
477 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
478 label.state_job_error = job error!
479 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
480 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
481 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
482 label.structure_type = Structure type
483 label.settings_for_type = Settings for {0}
484 label.view_full_application = View in Full Application
485 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
486 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
487 label.load_vcf = Load SNP variants from plain text or indexed VCF data
488 label.load_vcf_file = Load VCF File
489 label.searching_vcf = Loading VCF variants...
490 label.added_vcf = Added {0} VCF variants to {1} sequence(s)
491 label.export_features = Export Features...
492 label.export_annotations = Export Annotations...
493 label.to_upper_case = To Upper Case
494 label.to_lower_case = To Lower Case
495 label.toggle_case = Toggle Case
496 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
497 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
498 label.edit_sequence = Edit Sequence
499 label.edit_sequences = Edit Sequences
500 label.insert_gap = Insert 1 gap
501 label.insert_gaps = Insert {0} gaps
502 label.delete_gap = Delete 1 gap
503 label.delete_gaps = Delete {0} gaps
504 label.sequence_details = Sequence Details
505 label.jmol_help = Jmol Help
506 label.chimera_help = Chimera Help
507 label.close_viewer = Close Viewer
508 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
509 label.all = All
510 label.sort_by = Sort alignment by
511 label.sort_by_score = Sort by Score
512 label.sort_by_density = Sort by Density
513 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
514 label.sort_ann_by = Sort annotations by
515 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
516 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
517 label.reveal = Reveal
518 label.hide_columns = Hide Columns
519 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
520 label.load_tree_file = Load a tree file
521 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
522 label.standard_databases = Standard Databases
523 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
524 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
525 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
526 label.connect_to_session = Connect to session {0}
527 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
528 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
529 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
530 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
531 label.adjust_threshold = Adjust threshold
532 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
533 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
534 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
535 label.open_url_param = Open URL {0}
536 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
537 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
538 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
539 label.dark_colour = Dark Colour
540 label.light_colour = Light Colour
541 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
542 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
543 label.copy_format_from = Copy format from
544 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
545 label.select_all_views = Select all views
546 label.select_many_views = Select many views
547 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
548 label.open_local_file = Open local file
549 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
550 label.listen_for_selections = Listen for selections
551 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
552 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
553 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
554 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
555 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
556 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
557 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
558 label.no_services = <No Services>
559 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
560 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
561 label.connect_to = Connect to
562 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
563 label.from_url = from URL
564 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
565 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
566 label.from_textbox = from Textbox
567 label.window = Window
568 label.preferences = Preferences
569 label.tools = Tools
570 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
571 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
572 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
573 label.collect_garbage = Collect Garbage
574 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
575 label.show_java_console = Show Java Console
576 label.show_jalview_news = Show Jalview News
577 label.take_snapshot = Take snapshot
578 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
579 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
580 label.monospaced_font= Monospaced
581 label.quality = Quality
582 label.maximize_window = Maximize Window
583 label.conservation = Conservation
584 label.consensus = Consensus
585 label.histogram = Histogram
586 label.logo = Logo
587 label.non_positional_features = List Non-positional Features
588 label.database_references = List Database References
589 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
590 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
591 label.gap_symbol = Gap Symbol
592 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
593 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
594 label.address = Address
595 label.port = Port
596 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
597 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
598 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
599 label.check_for_latest_version = Check for latest version
600 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
601 label.use_proxy_server = Use a proxy server
602 label.rendering_style = {0} rendering style
603 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
604 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
605 label.smooth_font = Smooth Font
606 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
607 label.pad_gaps = Pad Gaps
608 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
609 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
610 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
611 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
612 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
613 label.right_align_ids = Right Align Ids
614 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
615 label.open_overview = Open Overview
616 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
617 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
618 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
619 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
620 label.visual = Visual
621 label.connections = Connections
622 label.output = Output
623 label.editing = Editing
624 label.web_services = Web Services
625 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
626 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
627 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
628 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
629 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
630 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
631 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
632 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
633 label.new_service_url = New Service URL
634 label.edit_service_url = Edit Service URL
635 label.delete_service_url = Delete Service URL
636 label.details = Details
637 label.options = Options
638 label.parameters = Parameters
639 label.proxy_server = Proxy Server
640 label.file_output = File Output
641 label.select_input_type = Select input type
642 label.set_options_for_type = Set options for type
643 label.data_input_parameters = Data input parameters
644 label.data_returned_by_service = Data returned by service
645 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
646 label.parsing_errors = Parsing errors
647 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
648 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
649 label.input_parameter_name = Input Parameter name
650 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
651 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
652 label.brief_description_service = Brief description of service
653 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
654 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
655 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
656 label.gap_character = Gap character
657 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
658 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
659 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
660 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
661 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
662 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
663 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
664 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
665 label.input_output = Input/Output
666 label.cut_paste = Cut'n'Paste
667 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
668 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
669 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
670 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
671 label.from_file = From File
672 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
673 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
674 label.text_colour = Text Colour...
675 label.structure = Structure
676 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
677 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
678 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
679 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
680 label.sequence_name = Sequence Name
681 label.sequence_description = Sequence Description
682 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
683 label.spaces_converted_to_underscores = Spaces have been converted to _
684 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
685 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
686 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
687 label.web_browser_not_found = Web browser not found
688 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
689 label.html = HTML
690 label.wrap = Wrap
691 label.show_database_refs = Show Database Refs
692 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
693 label.save_png_image = Save As PNG Image
694 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
695 label.export_image = Export Image
696 label.vamsas_store = VAMSAS store
697 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
698 label.reverse = Reverse
699 label.reverse_complement = Reverse Complement
700 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
701 label.extract_scores = Extract Scores
702 label.get_cross_refs = Get Cross-References
703 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
704 label.add_sequences = Add Sequences
705 label.new_window = New Window
706 label.split_window = Split Window
707 label.set_as_default = Set as Default
708 label.show_labels = Show labels
709 action.background_colour = Background Colour...
710 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
711 label.link_name = Link Name
712 label.pdb_file = PDB file
713 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
714 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
715 label.superpose_structures = Superpose Structures
716 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
717 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
718 label.jmol = Jmol
719 label.chimera = Chimera
720 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
721 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
722 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
723 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
724 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
725 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
726 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
727 label.case_sensitive = Case Sensitive
728 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
729 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
730 label.index_by_host = Index by Host
731 label.index_by_type = Index by Type
732 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
733 label.display_warnings = Display Warnings
734 label.move_url_up = Move URL Up
735 label.move_url_down = Move URL Down
736 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
737 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
738 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
739 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
740 label.sequences_updated = Sequences updated
741 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
742 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
743 label.paste_new_window = Paste To New Window
744 label.settings_for_param = Settings for {0}
745 label.view_params = View {0}
746 label.aacon_calculations = AACon Calculations
747 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
748 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
749 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
750 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
751 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
752 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
753 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
754 label.all_views = All Views
755 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
756 label.realign_with_params = Realign with {0}
757 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
758 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
759 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
760 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
761 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
762 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
763 label.view_documentation = View documentation
764 label.select_return_type = Select return type
765 label.translation_of_params = Translation of {0} (Table {1})
766 label.features_for_params = Features for - {0}
767 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
768 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
769 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
770 label.varna_params = VARNA - {0}
771 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
772 label.sequence_feature_settings_for = Sequence Feature Settings for {0}
773 label.sequence_feature_settings_for_view = Sequence Feature Settings for view "{0}"
774 label.sequence_feature_settings_for_CDS_and_Protein = Sequence Feature Settings for CDS and Protein
775 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
776 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
777 label.points_for_params = Points for {0}
778 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
779 label.variable_color_for = Variable Feature Colour for {0}
780 label.select_background_colour = Select Background Colour
781 label.invalid_font = Invalid Font
782 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
783 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
784 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
785 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
786 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
787 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
788 label.example_query_param = Example query: {0}
789 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
790 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
791 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
792 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
793 label.select_columns_containing = Select columns containing
794 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
795 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
796 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
797 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
798 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
799 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
800 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
801 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
802 label.use_sequence_id_4 = 
803 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
804 label.switch_server = Switch server
805 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
806 label.services_at = Services at {0}
807 label.rest_client_submit = {0} using {1}
808 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
809 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
810 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
811 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
812 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
813 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
814 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
815 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
816 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
817 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
818 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
819 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
820 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
821 label.user_preset = User Preset
822 label.service_preset = Service Preset
823 label.run_with_preset = Run {0} with preset
824 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
825 action.by_title_param = By {0}
826 label.source_from_db_source = Sources from {0}
827 label.from_msname = from {0}
828 label.superpose_with = Superpose with
829 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
830 label.add_new_row = Add New Row
831 label.edit_label_description = Edit Label/Description
832 label.hide_row = Hide This Row
833 label.delete_row = Delete This Row
834 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
835 label.export_annotation = Export Annotation
836 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
837 label.helix = Helix
838 label.sheet = Sheet
839 label.rna_helix = RNA Helix
840 label.remove_annotation = Remove Annotation
841 label.colour_by = Colour by...
842 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
843 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
844 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
845 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
846 label.multiharmony = Multi-Harmony
847 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
848 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
849 label.prompt_each_time = Prompt each time
850 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
851 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
852 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
853 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
854 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
855 label.invalid_name = Invalid name
856 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
857 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
858 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
859 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
860 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
861 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
862 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
863 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
864 label.feature_type = Feature Type
865 label.show = Show
866 label.service_url = Service URL
867 label.copied_sequences = Copied sequences
868 label.cut_sequences = Cut Sequences
869 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
870 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
871 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
872 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
873 label.save_features_to_file = Save Features to File
874 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
875 label.save_pdb_file = Save PDB File
876 label.save_text_to_file = Save Text to File
877 label.save_state = Save State
878 label.restore_state = Restore State
879 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
880 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
881 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
882 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
883 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
884 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
885 label.select_startup_file = Select startup file
886 label.select_default_browser = Select default web browser
887 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
888 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
889 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
890 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
891 label.save_as_html = Save as HTML
892 label.recently_opened = Recently Opened
893 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
894 label.tree = Tree
895 label.tree_from = Tree from {0}
896 label.webservice_job_title = {0} using {1}
897 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
898 label.visible = Visible
899 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
900 label.visible_region_of = visible region of
901 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
902 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
903 label.loading_file = Loading File: {0}
904 label.edit_params = Edit {0}
905 label.as_percentage = As Percentage
906 error.not_implemented = Not implemented
907 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
908 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
909 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
910 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
911 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
912 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
913 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
914 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
915 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
916 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
917 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
918 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
919 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
920 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
921 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
922 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
923 error.implementation_error = Implementation error
924 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
925 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
926 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
927 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
928 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
929 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
930 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
931 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
932 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
933 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
934 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
935 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
936 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
937 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
938 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
939 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
940 label.cancelled_params = Cancelled {0}
941 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
942 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
943 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
944 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
945 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
946 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
947 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
948 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
949 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
950 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
951 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
952 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
953 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
954 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
955 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
956 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
957 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
958 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
959 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
960 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
961 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
962 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
963 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
964 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
965 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
966 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
967 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
968 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
969 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
970 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
971 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
972 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
973 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
974 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
975 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
976 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
977 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
978 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
979 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
980 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
981 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
982 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
983 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
984 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
985 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
986 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
987 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
988 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
989 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
990 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
991 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
992 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
993 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
994 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
995 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
996 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
997 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
998 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
999 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1000 label.toggled = Toggled
1001 label.marked = Marked
1002 label.containing = containing
1003 label.not_containing = not containing
1004 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found
1005 label.no_feature_found_selection = No features of type {0} found in selection
1006 label.submission_params = Submission {0}
1007 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1008 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1009 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1010 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1011 label.pca_calculating = Calculating PCA
1012 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1013 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1014 label.adjust_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1015 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1016 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1017 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1018 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1019 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1020 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1021 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1022 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1023 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1024 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1025 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1026 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1027 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1028 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1029 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1030 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1031 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1032 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1033 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1034 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1035 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1036 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1037 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1038 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1039 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1040 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1041 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1042 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1043 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1044 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1045 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1046 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1047 label.mapped = mapped
1048 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1049 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1050 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1051 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1052 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1053 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1054 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1055 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1056 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1057 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1058 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1059 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1060 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1061 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1062 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1063 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1064 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1065 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1066 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1067 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1068 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1069 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1070 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1071 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1072 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1073 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1074 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1075 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1076 label.remove_gaps = Remove Gaps
1077 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1078 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1079 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1080 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1081 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1082 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1083 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1084 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1085 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1086 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1087 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1088 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1089 warn.service_not_supported = Service not supported!
1090 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1091 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1092 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1093 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1094 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1095 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1096 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1097 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1098 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1099 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1100 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1101 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1102 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1103 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1104 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1105 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1106 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1107 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1108 label.eps_file = EPS file
1109 label.png_image = PNG image
1110 status.export_complete = {0} Export completed
1111 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1112 status.refreshing_news = Refreshing news
1113 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1114 status.opening_params = Opening {0}
1115 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1116 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1117 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1118 status.finshed_querying = Finished querying
1119 status.parsing_results = Parsing results.
1120 status.processing = Processing...
1121 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1122 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1123 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1124 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1125 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1126 status.opening_file_for = opening file for
1127 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1128 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1129 label.font_too_small = Font size is too small
1130 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1131 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1132 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1133 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1134 label.out_of_memory = Out of memory
1135 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1136 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1137 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1138 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1139 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1140 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1141 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1142 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1143 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1144 label.test_server = Test Server?
1145 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1146 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1147 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1148 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1149 label.file_already_exists = File exists
1150 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1151 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1152 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1153 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1154 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1155 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1156 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1157 label.delete_all = Delete all sequences
1158 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1159 label.add_annotations_for = Add annotations for
1160 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1161 label.choose_annotations = Choose Annotations
1162 label.find = Find
1163 label.invalid_search = Search string invalid
1164 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1165 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1166 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1167 label.show_group_logo = Show Group Logo
1168 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1169 label.show_histogram = Show Histogram
1170 label.show_logo = Show Logo
1171 label.normalise_logo = Normalise Logo
1172 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1173 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1174 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1175 label.open_split_window = Open split window
1176 action.no = No
1177 action.yes = Yes
1178 label.for = for
1179 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1180 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1181 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1182 label.alpha_helix = Alpha Helix
1183 label.beta_strand = Beta Strand
1184 label.turn = Turn
1185 label.select_all = Select All
1186 label.structures_filter = Structures Filter
1187 label.search_filter = Search Filter
1188 label.include_description= Include Description
1189 action.back = Back
1190 label.hide_insertions = Hide Insertions
1191 label.mark_as_representative = Mark as representative
1192 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1193 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1194 label.result = result
1195 label.results = results
1196 label.structure_chooser = Structure Chooser
1197 label.invert = Invert 
1198 label.select_pdb_file = Select PDB File
1199 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1200 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1201 label.search_result = Search Result
1202 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1203 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1204 label.start_jalview = Start Jalview
1205 label.biojs_html_export = BioJS
1206 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1207 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1208 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1209 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1210 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1211 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1212 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1213 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1214 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1215 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1216 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1217 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1218 action.export_groups = Export Groups
1219 action.export_annotations = Export Annotations
1220 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1221 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1222 action.export_features = Export Features
1223 label.export_settings = Export Settings
1224 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1225 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1226 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1227 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1228 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1229 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1230 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1231 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1232 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1233 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1234 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1235 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1236 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1237 label.run_groovy = Run Groovy console script
1238 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1239 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1240 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1241 action.next_page= >> 
1242 action.prev_page= << 
1243 label.next_page_tooltip=Next Page
1244 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1245 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1246 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1247 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1248 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1249 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1250 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1251 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1252 label.column = Column
1253 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1254 label.operation_failed = Operation failed
1255 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1256 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1257 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1258 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1259 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1260 action.customfilter = Custom only
1261 action.showall = Show All
1262 label.insert = Insert:
1263 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1264 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1265 label.primary = Double Click
1266 label.inmenu = In Menu
1267 label.id = ID
1268 label.database = Database
1269 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1270 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1271 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1272 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1273 label.urllinks = Links
1274 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1275 label.togglehidden = Show hidden regions
1276 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1277 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1278 label.consensus_descr = PID
1279 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1280 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1281 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1282 label.show_experimental = Enable experimental features
1283 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1284 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1285 label.overview_settings = Overview settings
1286 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1287 label.gap_colour = Gap colour:
1288 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1289 label.hidden_colour = Hidden colour:
1290 label.select_gap_colour = Select gap colour
1291 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1292 label.overview = Overview
1293 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1294 label.oview_calc = Recalculating overview...
1295 label.feature_details = Feature details
1296 label.matchCondition_contains = Contains
1297 label.matchCondition_notcontains = Does not contain
1298 label.matchCondition_matches = Matches
1299 label.matchCondition_notmatches = Does not match
1300 label.matchCondition_present = Is present
1301 label.matchCondition_notpresent = Is not present
1302 label.matchCondition_eq = =
1303 label.matchCondition_ne = not =
1304 label.matchCondition_lt = <
1305 label.matchCondition_le = <=
1306 label.matchCondition_gt = >
1307 label.matchCondition_ge = >=
1308 label.numeric_required = The value should be numeric
1309 label.filter = Filter
1310 label.filters = Filters
1311 label.join_conditions = Join conditions with
1312 label.delete_condition = Delete this condition
1313 label.score = Score
1314 label.colour_by_label = Colour by label
1315 label.variable_colour = Variable colour...
1316 label.select_colour_for = Select colour for {0}
1317 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1318 option.autosearch = Autosearch
1319 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1320 label.display_settings_for = Display settings for {0} features
1321 label.simple = Simple
1322 label.simple_colour = Simple Colour
1323 label.colour_by_text = Colour by text
1324 label.graduated_colour = Graduated Colour
1325 label.by_text_of = By text of
1326 label.by_range_of = By range of
1327 label.or = Or
1328 label.and = And
1329 label.sequence_feature_colours = Sequence Feature Colours
1330 label.best_quality = Best Quality
1331 label.best_resolution = Best Resolution
1332 label.most_protein_chain = Most Protein Chain
1333 label.most_bound_molecules = Most Bound Molecules
1334 label.most_polymer_residues = Most Polymer Residues
1335 label.cached_structures = Cached Structures
1336 label.free_text_search = Free Text Search
1337 label.annotation_name = Annotation Name
1338 label.annotation_description = Annotation Description 
1339 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1340 label.alignment = alignment
1341 label.pca = PCA
1342 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1343 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1344 label.backupfiles_confirm_delete = Confirm delete
1345 label.backupfiles_confirm_delete_old_files = Delete the following older backup files? (see the Backups tab in Preferences for more options)
1346 label.backupfiles_confirm_save_file = Confirm save file
1347 label.backupfiles_confirm_save_file_backupfiles_roll_wrong = Something possibly went wrong with the backups of this file.
1348 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_ok = The new saved file seems okay.
1349 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_not_ok = The new saved file might not be okay.
1350 label.backups = Backups
1351 label.backup = Backup
1352 label.backup_files = Backup Files
1353 label.enable_backupfiles = Enable backup files
1354 label.backup_filename_strategy = Backup filename strategy
1355 label.append_to_filename = Append to filename (%n is replaced by the backup number)
1356 label.append_to_filename_tooltip = %n in the text will be replaced by the backup number. The text will appear after the filename. See the summary box above.
1357 label.index_digits = Number of digits to use for the backup number (%n)
1358 label.summary_of_backups_scheme = Summary of backup scheme
1359 label.scheme_examples = Scheme examples
1360 label.increment_index = Increase appended text numbers - newest file has largest number.
1361 label.reverse_roll = "Roll" appended text numbers - newest backup file is always number 1.
1362 label.keep_files = Deleting old backup files
1363 label.keep_all_backup_files = Do not delete old backup files
1364 label.keep_only_this_number_of_backup_files = Keep only this number of most recent backup files
1365 label.autodelete_old_backup_files = Auto-delete old backup files:
1366 label.always_ask = Always ask
1367 label.auto_delete = Automatically delete
1368 label.filename = filename
1369 label.braced_oldest = (oldest)
1370 label.braced_newest = (most recent)
1371 label.configuration = Configuration
1372 label.configure_feature_tooltip = Click to configure variable colour or filters
1373 label.schemes = Schemes
1374 label.customise = Customise
1375 label.custom = Custom
1376 label.default = Default
1377 label.single_file = Single backup
1378 label.keep_all_versions = Keep all versions
1379 label.rolled_backups = Rolled backup files
1380 label.customise_description = Select Customise, make changes, and click on OK to save your own custom scheme
1381 label.custom_description = Your own saved scheme
1382 label.default_description = Keep the last three versions of the file
1383 label.single_file_description = Keep the last version of the file
1384 label.keep_all_versions_description = Keep all previous versions of the file
1385 label.rolled_backups_description = Keep the last nine versions of the file from _bak.1 (newest) to _bak.9 (oldest)
1386 label.cancel_changes_description = Cancel changes made to your last saved Custom scheme
1387 label.previously_saved_scheme = Previously saved scheme
1388 label.no_backup_files = NO BACKUP FILES
1389 label.include_backup_files = Include backup files
1390 label.cancel_changes = Cancel changes
1391 label.warning_confirm_change_reverse = Warning!\nIf you change the increment/decrement of the backup filename number, without changing the suffix or number of digits,\nthis may cause loss of backup files created with the previous backup filename scheme.\nAre you sure you wish to do this?
1392 label.change_increment_decrement = Change increment/decrement?
1393 label.was_previous = was {0}
1394 label.newerdelete_replacement_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted and replaced by apparently older file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1395 label.confirm_deletion_or_rename = Confirm deletion of ''{0}'' or rename to ''{1}''?
1396 label.newerdelete_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted but is newer than the oldest remaining backup file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1397 label.confirm_deletion = Confirm deletion of ''{0}''?
1398 label.delete = Delete
1399 label.rename = Rename
1400 label.keep = Keep
1401 label.file_info = (modified {0}, size {1})
1402 label.annotation_name = Annotation Name
1403 label.annotation_description = Annotation Description 
1404 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1405 label.alignment = alignment
1406 label.pca = PCA
1407 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1408 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1409 label.by_annotation_tooltip = Annotation Colour is configured from the main Colour menu
1410 label.show_linked_features = Show {0} features
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1412 label.include_linked_features = Include {0} features
1413 label.include_linked_tooltip = Include visible {0} features<br>converted to local sequence coordinates
1414 label.features_not_shown = {0} feature(s) not shown
1415 label.no_features_to_sort_by = No features to sort by